2. Vaststaande feiten
2.1 De heer en mevrouw X hebben ieder 50% van de aandelen in belanghebbende. Met haar dochtermaatschappijen Xx B.V. en Xz B.V. vormt belanghebbende een fiscale eenheid in de zin van art 15 Wet op de vennootschapsbelasting 1969 (hierna: Wet Vpb). In onderhavig jaar heeft belanghebbende in haar aangifte vennootschapsbelasting een belastbaar bedrag van ƒ 385.995 aangegeven.
2.2 Xz B.V. is eigenaar van een voormalige school, gelegen aan de A-traat, te Z hierna: de school). De school is in het jaar 1987 aangeschaft voor ƒ 363.760 en is tot en met het moment van aanvang van de verbouwing in 1998 in gebruik als bedrijfsruimte (kantoor en magazijn) voor de activiteiten van de tot de fiscale eenheid behorende vennootschappen. Xx B.V. exploiteert een groothandel in medische apparatuur. De activiteiten van belanghebbende werden voor genoemde aanschaf uitgeoefend in het op enkele honderden meters afstand gelegen woonpand van de heer en mevrouw X aan de B-straat in Z.
2.3 In de jaren 1998 tot en met 2000 werd de school door belanghebbende, op initiatief van en onder leiding van de heer X, voor een bedrag van ƒ 1.906.905 ingrijpend verbouwd (hierna: de verbouwing). De verbouwing hield onder andere in dat de begane grond met 40 centimeter werd verlaagd omdat anders de (woon)etage te laag zou zijn. De bij de bouwvergunningaanvraag gevoegde bouwtekening van de school duidt de te (ver)bouwen ruimtes aan als “verblijf-, verkeers- berg-, toilet-, en badruimte”.
2.4 In november 2000 heeft belanghebbende, in verband met de voorgenomen verkoop van de school aan de heer en mevrouw X, twee makelaars de opdracht gegeven de school te taxeren. Op 30 november 2000 is de onderhandse verkoopwaarde, vrij van huur en gebruik, door makelaar D getaxeerd op ƒ 1.406.000 en door makelaar C op ƒ 1.440.000. Op 2 februari 2001 verkoopt en levert belanghebbende de school aan de heer en mevrouw X voor een bedrag van ƒ 1.423.000 (hierna: de verkoop).
2.5 Op 1 maart 2005 heeft de Inspecteur bij belanghebbende een boekenonderzoek ingesteld, resulterend in een rapport boekenonderzoek gedateerd 5 april 2005. Op verzoek van de controlerend ambtenaar heeft E, taxateur bij de Belastingdienst, de school getaxeerd. Zijn taxatierapport van 22 maart 2005 vermeldt een waarde in het economische verkeer in vrij opleverbare staat van ƒ 2.157.432 (€ 979.000). In het rapport boekenonderzoek wordt voorgesteld het verschil tussen de taxatiewaarde van de heer E en de verkoopprijs, te weten ƒ 734.432 (€ 333.271), aan te merken als een vermomde uitdeling van winst en het aangegeven belastbare bedrag over het jaar 2001 hiermee te verhogen tot een gecorrigeerd belastbaar bedrag groot: ƒ 1.120.427 (€ 508.427). Dit voorstel is blijkens de in geding zijnde aanslag door de Inspecteur gevolgd.
2.6 In het als bijlage 9A bij het verweerschrift in eerste aanleg bijgevoegde afschrift van het verslag derdenonderzoek bij F staat, voorzover hier van belang, het volgende vermeld:
“…Mij was duidelijk dat het een verbouwing van voormalig kantoorpand naar woonhuis werd. In mijn berekeningen van de Energie Prestatie-waarde moet ik daarmee rekening houden omdat deze voor woonhuizen een lagere wettelijke NEN-norm hebben dan bijvoorbeeld kantoorgebouw of zorginstelling.
Voor de tekening gelden ook vaste afspraken voor de benoeming van de ruimten. “Verblijfsruimte” is bijvoorbeeld: ruimte waar mensen verblijven. Een showroom of een magazijn worden in het algemeen niet als “verblijfruimte” aangeduid. T.b.v. de berekeningen van ventilatie en energie gelden daarvoor ook andere normen. Bij het doorspreken van de opdracht met dhr. X en mijn contact met dhr. G (telefonisch) was mij de beoogde functie van het gebouw en de diverse ruimtes duidelijk. U ziet daarin overigens ook “badruimte” en “wasruimte” staan, typische woonbenamingen van ruimtes.”
2.7 In het als bijlage 9B bij het verweerschrift in eerste aanleg bijgevoegde afschrift van het verslag derdenonderzoek bij H staat voorzover hier van belang het volgende vermeld:
“…Ja, natuurlijk. Mij was duidelijk dat het een verbouwing van voormalig kantoorpand naar woonhuis werd.
Er is voor mij nooit twijfel geweest: de verbouwing had de bestemming woonhuis!”
2.8 In het als bijlage 9C bij het verweerschrift in eerste aanleg bijgevoegde afschrift van het verslag derdenonderzoek bij J staat voorzover hier van belang het volgende vermeld:
“…Voor mij was was echter uit besprekingen al duidelijk dat het een verbouwing van voormalig kantoorpand naar woonhuis voor de familie X betrof. Woonhuis met een mogelijke – beperkte- kantoorfunctie.”