2.1 Belanghebbende is als moedermaatschappij verenigd in een fiscale eenheid voor de vennootschapsbelasting als bedoeld in artikel 15 van de Wet op de vennootschapsbelasting 1969 (hierna: wet Vpb) met A B.V. en B B.V..
2.2 Belanghebbende heeft daarnaast – onder meer – een deelneming in C B.V. (hierna: C).
2.3 C heeft blijkens haar jaarrapport 2008 ultimo van dat jaar een eigen vermogen van negatief € 180.329 en een schuld aan groepsmaatschappijen van € 432.934. Haar resultaat over het jaar 2008 bedraagt blijkens de jaarrekening negatief € 29.663. Blijkens hetzelfde jaarrapport bedraagt het eigen vermogen van C, ultimo 2007 negatief € 150.666. Over het jaar 2009 is blijkens het jaarrapport 2009 een verlies geleden van € 47.864. Het eigen vermogen van C bedraagt volgens dat rapport per eind 2009 negatief € 228.193.
2.4 Aan belanghebbende is tot 1 mei 2010 uitstel verleend voor het doen van aangifte vennootschapsbelasting voor het jaar 2008.
2.5 Omdat de aangifte van belanghebbende op 1 mei 2010 nog niet door de Inspecteur was ontvangen, heeft deze aan belanghebbende met dagtekening 28 mei 2010 een herinnering tot het doen van aangifte gestuurd. Daarbij heeft de Inspecteur aan belanghebbende een nadere termijn voor het doen van aangifte gesteld tot 11 juni 2010.
2.6 Omdat de Inspecteur ook na de verzending van de herinnering geen aangifte van belanghebbende heeft ontvangen, heeft hij aan belanghebbende met dagtekening 23 augustus 2010 een aanmaning tot het doen van de aangifte vennootschapsbelasting 2008 gezonden. Daarbij heeft hij belanghebbende in de gelegenheid gesteld om alsnog, uiterlijk op 5 september 2010, aangifte te doen.
2.7 Daar ook na het verzenden van de aanmaning, van belanghebbende geen aangifte is ontvangen, heeft de Inspecteur met dagtekening 4 december 2010, aan belanghebbende een (ambtshalve) aanslag opgelegd naar een belastbaar bedrag van € 400.000. Tevens heeft de Inspecteur bij beschikking een bedrag van € 6.563 aan heffingsrente vastgesteld. Eveneens bij beschikking heeft de Inspecteur belanghebbende een verzuimboete opgelegd van € 567.
2.8 Belanghebbende heeft bij brief van 4 december 2010, door de Inspecteur ontvangen op 6 december 2010, bezwaar gemaakt tegen de opgelegde aanslag vennootschapsbelasting 2008 en de beschikkingen inzake de heffingsrente en de verzuimboete. In dit bezwaarschrift heeft belanghebbende – onder meer – aangegeven dat er nog onduidelijkheden bestaan tussen haar en haar accountant (D, thans D) over de jaarrekening 2007 van belanghebbende, dat de Inspecteur hierover is geïnformeerd en dat de aangifte vennootschapsbelasting 2008 hierdoor enige correctie behoeft en dat de correcte aangifte vennootschapsbelasting 2008 binnen drie weken zal worden ingediend.
2.9 Bij de behandeling van het door belanghebbende tegen de aanslag vennootschapsbelasting 2008 ingediende bezwaarschrift, heeft de Inspecteur op 10 augustus 2011 geconstateerd dat belanghebbende in de inmiddels voor het jaar 2009 ingediende aangifte vennootschapsbelasting, voor het (voorafgaande) jaar 2008 een belastbaar bedrag van € 509.854 heeft vermeld. Daarop heeft de Inspecteur bij in één geschrift vervatte uitspraken van 12 augustus 2011, de bezwaren van belanghebbende tegen de aanslag vennootschapsbelasting 2008 en de beschikkingen inzake de heffingsrente en de verzuimboete afgewezen.
2.10 Op 8 september 2011 is door belanghebbende (alsnog) een aangifte vennootschapsbelasting voor het jaar 2008 ingediend. Daarin wordt een belastbaar bedrag vermeld van € 286.495.
2.11 Met dagtekening 9 september 2011, bij de Rechtbank ontvangen op 12 september 2011, heeft belanghebbende beroep ingesteld tegen de uitspraken op bezwaar.
2.12 Bij uitspraak van 5 juli 2012, heeft de Rechtbank het beroep van belanghebbende ongegrond verklaard.