De rechtbank heeft het beroep van belanghebbende gegrond verklaard, waarbij zij, voor zover hier van belang, heeft overwogen:
“4.1. Eiseres (Hof: belanghebbende) heeft gesteld dat er naar aanleiding van een uitspraak van het Gerechtshof te Arnhem van 9 april 2001 op 19 december 2001 telefonisch contact is geweest met de heer D van de belastingdienst en dat toen voor wat betreft de jaren na 2001 is afgesproken dat weliswaar aangifte en afdracht omzetbelasting ter zake van bemiddeling zou worden gedaan, maar dat alsnog zou worden gehandeld conform de uitspraak van de Hoge Raad dat zou worden gewezen op het tegen de uitspraak van het Gerechtshof Arnhem ingestelde cassatieberoep. Toen de Hoge Raad in zijn arrest van 2 november 2007, in lijn met het voornoemde arrest van het Gerechtshof Arnhem, had bepaald dat omzetbelasting als in dit geding aan de orde, in beginsel niet behoefde te worden betaald, heeft eiseres bij brief van 18 december 2007 verzocht om ambtshalve vermindering van de omzetbelasting ter zake van de bemiddeling over de jaren 2002 tot en met 2006.
4.2 Verweerder (Hof: de inspecteur) ontkent dat de door eiseres gestelde afspraak is gemaakt. Hij heeft het verzoek om ambtshalve vermindering niet-ontvankelijk geacht voor zover het moet worden opgevat als te laat ingediend bezwaarschrift tegen de opgelegde omzetbelasting over de jaren 2002 tot en met 2006. Voor het overige heeft verweerder het verzoek om ambtshalve vermindering afgewezen. Als verzoek om ambtshalve vermindering heeft verweerder bovenvermeld verzoek afgewezen omdat voor de dagtekening van nieuwe jurisprudentie niet pleegt te worden teruggekomen op onherroepelijk vaststaande aanslagen, onder de mededeling dat aan ambtshalve besluit als het onderhavige niet aan bezwaar c.q. beroep onderhevig is.
4.3. Ter terechtzitting zijn op verzoek van verweerder zijn medewerker van de inspectie D en op verzoek van eiseres de toenmalige medewerker van het kantoor (…) Accountants en Belastingadviseurs - toen en ook thans behandelend kantoor voor eiseres - , mr. B, ter terechtzitting, na te zijn beëdigd, als getuige gehoord.
4.4. De door de getuige B afgelegde verklaring houdt in dat de heer D telefonisch heeft toegezegd dat met betrekking tot de aanslagen omzetbelasting van na de dagtekening van het bedoelde arrest van het Gerechtshof Arnhem, alsnog zou worden gehandeld conform hetgeen in rechte zou komen vast te staan door het arrest van de Hoge Raad op het tegen het arrest van het Gerechtshof Arnhem ingediende cassatieberoep en dat kon worden afgezien tegen het steeds weer tegen elke komende aanslag maken van bezwaar.
4.5. De heer D heeft ter terechtzitting verklaard dat hij:
- geen herinneringen meer heeft aan het contact met de heer B op 19 december 2001;
- het niet onwaarschijnlijk acht dat een telefonisch contact alstoen heeft plaatsgevonden;
- onwaarschijnlijk acht dat hij een toezegging heeft gedaan als door eiseres is gesteld en dat hij hoogstens gezegd kon hebben dat dan alsnog bezwaarschriften tegen de komende aanslagen dienden te worden ingediend.
4.6. De rechtbank is met verweerder van oordeel dat niet voor de hand ligt dat een medewerker als de heer D toezeggingen als door de heer B vermeld, zou hebben gedaan en dat merkwaardig is dat de heer B in geval van zo’n toezegging een en ander niet schriftelijk heeft bevestigd.
Voorgaande overweging doet er echter niet aan af dat de heer D geen herinnering meer heeft aan het bedoelde telefoongesprek en de door de heer B gestelde inhoud alleen voor onwaarschijnlijk houdt, terwijl de heer B stellig en zonder voorbehoud heeft verklaard omtrent de inhoud van het telefoongesprek. Daarbij komt dat namens eiseres is overgelegd een afdruk van een retour bericht op een door de heer B op 19 december 2001 gezonden e-mail, waaruit blijkt dat B aan een andere adviseur van eiseres mededeling doet van de gestelde afspraak met de heer D en vraagt wie van hen beiden eiseres zal informeren omtrent een en ander.
Deze gegevens bezien in onderling verband leiden tot de conclusie dat - hoezeer ook niet in overeenstemming met hetgeen binnen de belastingdienst gebruikelijk is - het standpunt van eiseres in rechte als juist moet worden aanvaard.
Op grond van het voorgaande had verweerder het verzoek van eiseres om restitutie van de betaalde omzetbelasting over de jaren 2002 tot en met 2006 niet niet-ontvankelijk kunnen verklaren als zijnde een te laat bezwaarschrift tegen de in die jaren opgelegde aanslagen en er evenmin van het mogen uitgaan dat die aanslagen onherroepelijk waren geworden.
Dat betekent dat het beroep van eiseres gericht tegen het niet-ontvankelijk verklaren van de schriftuur van eiseres als zijnde een te laat bezwaarschrift tegen de respectieve aanslagen omzetbelasting over de jaren 2002 tot en met 2006 gegrond moet worden verklaard en dat die beslissing daarom moet worden vernietigd.
Voor de goede orde merkt de rechtbank obiter dictum op dat de deze uitspraak uiteraard impliceert dat ook de aan de ambtshalve afwijzing ten grondslag gelegde motivering de grondslag is komen te ontvallen.”