De Regeling is op 1 maart 2017 in werking getreden en heeft tot doel de fosfaatproductie te begrenzen. Veehouders die te veel melkvee houden moeten de omvang van hun veestapel zoals die was op 1 oktober 2016 in vijf tweemaandelijkse stappen (de periodes) verminderen tot het referentieaantal. Het referentieaantal is het aantal op 2 juli 2015 (de peildatum) geregistreerde runderen, verminderd met 4% – met uitzondering van grondgebonden bedrijven – en omgerekend naar grootvee-eenheden (GVE). Voor de periodes van de Regeling (lopend van maart tot en met december 2017) legt verweerder een heffing op aan een melkveehouder die meer melkvee houdt dan het referentieaantal. Verweerder kent een bonusgeldsom toe indien een melkveehouder minder melkvee houdt dan het referentieaantal.
De Regeling kent twee soorten heffingen, de hoge geldsom en de solidariteitsgeldsom. Welke heffing wordt opgelegd is mede afhankelijk van de vraag of in de betreffende periode het doelstellingsaantal is behaald. Het doelstellingsaantal is het aantal op 1 oktober 2016 geregistreerde runderen, verminderd met het voor de betreffende periode vastgestelde verminderingspercentage, met dien verstande dat het doelstellingsaantal nooit lager is dan het referentieaantal. Verweerder legt een hoge geldsom op indien in de betreffende periode meer GVE worden gehouden dan het doelstellingsaantal. De hoogte van de hoge geldsom bedraagt € 480,- voor elke GVE boven het referentieaantal. Een bedrijf dat inkrimpt tot het doelstellingsaantal, maar niet tot het referentieaantal, krijgt een solidariteitsgeldsom opgelegd van € 112,- voor elke GVE boven het referentieaantal. De hoogte van de bonusgeldsom bedraagt € 120,- (periodes 1, 2 en 3) en € 300,- (periodes 4 en 5) voor elke GVE onder het referentieaantal, tot een daling van maximaal 10% ten opzichte van het referentieaantal.
Aan het besluit van 5 juli 2017 heeft verweerder ten grondslag gelegd dat het gemiddelde aantal GVE op het bedrijf van appellante hoger is dan het referentieaantal. Aan de besluiten van 3 augustus en 23 september 2017 heeft verweerder ten grondslag gelegd dat het gemiddelde aantal GVE op het bedrijf van appellante hoger is dan het doelstellingsaantal. Aan het besluit van 25 november 2017 heeft verweerder ten grondslag gelegd dat het gemiddelde aantal GVE op het bedrijf van appellante lager is dan het referentieaantal.
Aan het besluit van 25 juni 2018 heeft verweerder, voor zover in beroep nog van belang, ten grondslag gelegd dat appellante geen individuele en buitensporige last te dragen heeft, zodat de tenuitvoerlegging van de Regeling geen strijdigheid met artikel 1 van het Eerste Protocol bij het Verdrag tot bescherming van de rechten van de mens en fundamentele vrijheden (EP) oplevert. Van een individuele en buitensporige last is sprake als een melkveehouder wordt geconfronteerd met een zeer nijpende situatie in vergelijking met andere melkveehouders als gevolg van de te realiseren reductiedoelstelling en er daarbij bijzondere omstandigheden zijn die meebrengen dat de melkveehouder onevenredig wordt getroffen. Dat een melkveehouder een forse investeringsverplichting is aangegaan is onvoldoende om een dergelijke last aan te nemen, omdat de melkveehouder zich hiermee niet onderscheidt van andere melkveehouders. Hoewel de financiële gevolgen van de tenuitvoerlegging van de Regeling per melkveehouder kunnen verschillen is de omvang van deze gevolgen evenmin een reden om een individuele en buitensporige last aan te nemen, omdat de fosfaatproductiebeperkende maatregelen voorzienbaar waren. Appellante heeft verder geen bijzondere omstandigheden gesteld en die zijn ook niet gebleken. Verweerder ziet daarom geen aanleiding om gebruik te maken van de in artikel 13, derde lid, van de Landbouwwet neergelegde hardheidsclausule.
Appellante voert in beroep aan dat verweerder niet heeft onderkend dat de tenuitvoerlegging van de Regeling in haar geval een inbreuk op artikel 1 van het EP oplevert. Appellante is in 2013 begonnen met de uitbreiding van een stal. Deze werkzaamheden zijn in 2014 afgerond. Omdat appellante verwikkeld was in een procedure over de melkveefosfaatreferentie durfde zij haar veestapel een tijdlang niet uit te breiden. Zolang die procedure liep was appellante niet zeker of zij ontheffing zou krijgen. Zij kon haar veestapel daarom niet uitbreiden zonder dat zij het risico liep dat zij de extra mest moest verwerken of extra gronden moest aankopen. Pas in juli 2017 is aan appellante ontheffing verleend. Verweerder heeft met deze omstandigheden ten onrechte geen rekening gehouden in zijn besluitvorming, aldus appellante.