3. De beoordeling van de geschillen
3.1 Het College stelt allereerst vast dat appellante haar betoog dat de Regeling in strijd is met de Landbouwwet en het betoog dat de facturen in strijd zijn met Verordening (EG) nr. 882/2004 van het Europees Parlement en de Raad van 29 april 2004 inzake officiële controles op de naleving van de wetgeving inzake diervoeders en levensmiddelen en de voorschriften inzake diergezondheid en dierenwelzijn (Pb L 191 van 28 mei 2004) ter zitting heeft ingetrokken.
3.2 Appellante heeft zich op het standpunt gesteld dat de bedragen op de facturen, naar aanleiding van werkzaamheden op haar slachterij, in strijd met Richtlijn 85/73 in rekening zijn gebracht. Verweerder heeft dit standpunt gemotiveerd bestreden.
Het College overweegt als volgt.
3.2.1 Ter zitting is komen vast te staan dat verweerder met het heffen van de retributies toepassing heeft gegeven aan artikel 5, derde lid, van Richtlijn 85/73 gelezen in samenhang met Bijlage A, Hoofdstuk I, punt 4, aanhef en onder b, van deze Richtlijn. Dat houdt in dat verweerder, ter dekking van hogere kosten, een retributie heft die de werkelijk gemaakte kosten dekt. Het betoog van appellante dat niet is voldaan aan de voorwaarden die zijn gesteld in Bijlage A, Hoofdstuk I, punt 4, aanhef en onder a, van Richtlijn 85/73, zodat geen rechtvaardiging zou bestaan voor het verhogen van de forfaitaire tarieven, behoeft dan ook geen bespreking door het College, nu de in rekening gebrachte bedragen géén (verhoogde) forfaitaire tarieven betreffen
3.2.2 Voor zover appellante heeft aangevoerd dat de bedragen die verweerder in rekening heeft gebracht, hoger zijn dan de werkelijk gemaakte kosten, overweegt het College als volgt.
Op de facturen staan bedragen vermeld, die zijn te herleiden tot de werkzaamheden die de medewerkers van de VWA en de Kwaliteitskeuring Dierlijke Sector B.V. (hierna: KDS) hebben verricht. Voor het bepalen van de bedragen wordt de duur van de werkzaamheid vermenigvuldigd met een tarief. Om dit tarief te bepalen hanteert verweerder de zogenoemde kostenplaatsmethode. Deze algemene bedrijfseconomische methode houdt in dat op bepaalde afzonderlijke kostenplaatsen de kosten worden verzameld. Vervolgens worden deze kosten toegerekend aan de uiteindelijke werkzaamheden van de VWA, zoals keuringen.
Appellante heeft niet meer aangevoerd dan dat de door haar overgelegde VWA nacalculatie kostprijzen 2006 geen dan wel onvoldoende inzicht biedt in de opbouw, samenstelling en totstandkoming van de verschillende tarieven. Zonder nadere onderbouwing van deze stelling - terwijl ter zitting is gebleken dat appellante wel de beschikking had over meerdere voor- en nacalculaties, maar deze niet in het geding heeft gebracht - heeft appellante naar het oordeel van het College niet aannemelijk gemaakt dat de in rekening gebrachte bedragen bij appellante hoger zijn dan de werkelijk gemaakte kosten. Hetgeen appellante heeft aangevoerd biedt derhalve onvoldoende grondslag voor de conclusie dat verweerder in strijd met Richtlijn 85/73 deze retributies bij appellante heeft geheven.
Evenmin heeft appellante aannemelijk gemaakt dat de retributies die zijn geheven, de vorm van forfaitaire retributies hebben aangenomen. Immers, nu verweerder de kostenplaatsmethode, waarbij dus alle kosten worden verzameld en aan een bepaalde werkzaamheid worden toegerekend, hanteert voor het heffen van retributies, kan geen sprake zijn van het heffen van (de facto) forfaitaire retributies. Het beroep van appellante op jurisprudentie van (thans) het Hof van Justitie van de Europese Unie waarin is geoordeeld, dat indien een lidstaat wil afwijken van de in de bijlagen van Richtlijn 85/73 vastgestelde forfaitaire retributies, deze retributie niet de vorm van een forfaitair bedrag aan mag nemen, faalt dan ook.
3.2.3 Voorts valt naar het oordeel van het College niet in te zien dat, zoals appellante heeft betoogd, kosten die verband houden met het toezicht door dierenartsen niet op basis van Richtlijn 85/73 in rekening mogen worden gebracht. De omstandigheid dat de werkzaamheden in hoofdstuk I van Bijlage A bij Richtlijn 85/73 worden omschreven als keuringen en controles in verband met slachtwerkzaamheden, het uitsnijden en het opslaan van vlees, zodat het uitoefenen van toezicht op deze keuringen en controles hier niet onder zou vallen, biedt naar het oordeel van het College onvoldoende grondslag voor dit betoog van appellante. Het keuringssysteem, waarbij de dierenartsen toezicht houden op keuringswerkzaamheden van de assistenten, is ingericht conform het bepaalde in Verordening (EG) nr. 854/2004 van het Europees Parlement en de Raad van 29 april 2004 houdende vaststelling van specifieke voorschriften voor de organisatie van de officiële controles van voor menselijke consumptie bestemde producten van dierlijke oorsprong (Pb L 139 van 30 april 2004; hierna: Verordening (EG) nr. 854/2004). Immers, de officiële dierenarts voert de in artikel 4, lid 7, bedoelde audittaken en de in artikel 5, leden 1 en 2, van deze Verordening omschreven officiële controles uit. Blijkens artikel 5, lid 4, van deze Verordening kan de dierenarts zich in alle taken laten bijstaan door een officiële assistent onder de in Bijlage 1, sectie III, Hoofdstuk 1, omschreven restricties en specifieke voorschriften. Eén van die voorwaarden is dat de officiële dierenarts het werk van de officiële assistent regelmatig controleert. Uit het bestreden besluit van 19 juni 2008 blijkt dat de postmortem keuringswerkzaamheden worden verricht door de officiële assistenten van KDS, alsmede dat deze werkzaamheden onder verantwoordelijkheid van de officiële dierenarts plaatsvinden. Naar het oordeel van het College valt gelet op het voorgaande niet in te zien dat onvoldoende grondslag bestaat voor het doorberekenen van de toezichtkosten van de dierenartsen.
De verwijzing van appellanten in dit kader naar het rapport "Maat houden" kan niet tot een ander oordeel leiden. Het College verwijst daartoe naar zijn uitspraken van 20 juli 2007 (AWB 06/549 e.a., LJN: BB0069) en 20 juli 2010 (AWB 08/806, LJN: BO2683). Hierin heeft het College geoordeeld dat bedoeld rapport wenken bevat voor de regelgever bij het tot stand brengen van regelgeving op het gebied van het doorberekenen van bepaalde overheidskosten. Niet kan worden staande gehouden dat de geldigheid, dan wel de rechtmatigheid van deze regelgeving afhankelijk is van het voldoen aan deze wenken. Ook indien zou komen vast te staan dat de Regeling retributies inzake het doorberekenen van de kosten van toezicht niet aan de wenken in het rapport zou voldoen, vloeit uit dat enkele gegeven niet voort dat de Regeling retributies onrechtmatig zou zijn.
3.2.4 Voor zover appellante heeft gesteld dat een rechtstreeks verband tussen de in rekening gebrachte vergoedingen en de kosten van de concrete keuringswerkzaamheden ontbreekt, is het College van oordeel dat de juistheid van deze stelling door appellante niet aannemelijk is gemaakt. Evenmin heeft appellante aannemelijk gemaakt dat in de retributie kosten zijn verdisconteerd die niet zijn terug te voeren op de tariefelementen zoals deze blijken uit Richtlijn 85/73. Daartoe wordt overwogen dat ter zitting van het College is gebleken dat verweerder de door appellante gevraagde voor- en nacalculaties van de jaren 2006 en 2007 en de voorcalculatie 2008 bij brief van 17 december 2008 aan appellante heeft toegezonden. Appellante heeft evenwel, hoewel zij ruimschoots de gelegenheid heeft gehad, naar aanleiding van deze stukken geen nadere toelichting gegeven op haar standpunt. Het enkel noemen van een aantal kostenposten (zoals kosten voor dienstreizen naar het buitenland, representatiekosten, de kosten voor ontvangst van buitenlands bezoek, de kosten voor de beveiliging van de eigen gebouwen alsmede de transitiekosten voor de overdracht van de bandkeuring aan de KDS), biedt naar het oordeel van het College, zonder nadere concrete precisering, onvoldoende grondslag voor de conclusie dat deze kosten geen administratiekosten als bedoeld in artikel 5, eerste lid, van Richtlijn 85/73 betreffen.
Gelet op het voorgaande is het College van oordeel dat geen reden is aan te nemen dat verweerder niet aan zijn transparantieverplichting heeft voldaan, zoals appellante heeft aangevoerd. Vast staat immers dat verweerder de op verzoek van appellante verzochte voor- en nacalculaties aan appellante heeft verstrekt.
3.3 Het College volgt appellante niet in haar betoog dat de facturen niet inzichtelijk en leesbaar zijn. De Regeling bevat op zichzelf een helder systeem voor het bepalen van de retributiebedragen. De posten van de facturen zijn, met inachtneming van de motivering die verweerder bij de bestreden besluiten heeft gegeven, naar het oordeel van het College te herleiden tot de Regeling. In dit verband acht het College van belang dat appellante geen specifieke, op de verschillende op de facturen vermelde posten, betrekking hebbende gronden heeft aangevoerd, en evenmin heeft onderbouwd waarom de facturen, met inachtneming van de werkbonnen waar appellante over beschikt, niet inzichtelijk zijn. De enkele stelling van appellante dat de facturen strijdig zijn met het motiveringsbeginsel en het rechtszekerheidsbeginsel, slaagt dan ook niet.
3.4 Naar het oordeel van het College valt niet in te zien dat de retributie voor de werkzaamheden die de keurmeester verricht, een deugdelijke rechtsgrondslag ontbeert, zoals appellante heeft betoogd. Verweerder heeft bij het bestreden besluit van 19 juni 2008 gemotiveerd uiteengezet dat de vermelding "keurmeester" op de werkbon betrekking heeft op controles als bedoeld in artikel 34 van de Regeling en afgifte van geleidebiljetten. Met deze vermelding is niet bedoeld een retributie te heffen voor toezichtwerkzaamheden van een officiële assistent van KDS, die ter zake bijstand verleend aan de dierenarts.
3.5 Naar het oordeel van het College heeft appellante evenmin aannemelijk gemaakt dat voor het heffen van een retributie in verband met controle in de uitsnijderij een rechtsgrondslag in de Regeling ontbreekt. Met verweerder is het College van oordeel dat artikel 34 van de Regeling de rechtsgrondslag van deze retributie betreft. Dat er volgens appellante standaard controles werden uitgeoefend, althans standaard gefactureerd (gemiddeld 12 kwartier per dag), in plaats van vooraf aangekondigde en periodieke controles, zoals verwoord in artikel 34 van de Regeling, betekent op zich zelf niet dat de kosten van deze werkzaamheden niet op grond van artikel 34 van de Regeling kunnen worden geretribueerd. Naast het feit dat deze controles gelet op het bepaalde in artikel 5, eerste lid, van Verordening (EG) nr. 854/2004 moeten worden verricht en daarvoor vergoedingen moeten worden gevraagd, heeft verweerder gesteld dat meer toezicht op het bedrijf van appellante in verband met geconstateerde overtredingen nodig was. Appellante heeft in dit verband slechts aangevoerd dat verweerder dit niet heeft aangetoond, zonder te weerspreken dat dit extra toezicht nodig was in verband met geconstateerde overtredingen. Dit biedt naar het oordeel van het College onvoldoende grondslag voor de conclusie dat voor de uitgevoerde werkzaamheden niet op grond van artikel 34 van de Regeling vergoedingen gevraagd mochten worden.
3.6 Appellante heeft voorts betoogd dat een rechtsgrondslag voor het doorberekenen van pauzes van medewerkers van de VWA en KDS ontbreekt. Appellante stelt dat alleen voor werkzaamheden die daadwerkelijk zijn verricht, een retributie kan worden geheven. Wanneer de medewerkers pauzes hebben worden geen werkzaamheden verricht, zodat deze tijd niet kan worden geretribueerd. Het College volgt dit betoog niet en overweegt daartoe als volgt.
Onder verwijzing naar de uitspraak van 28 december 2005 (AWB 03/1228 e.a., LJN: AV0038), is het College met verweerder van oordeel dat het gaat om het in rekening brengen van kosten die verweerder heeft moeten maken om de gevraagde keuringscapaciteit beschikbaar te stellen en te houden ten behoeve van appellante. Dat de medewerkers niet gedurende die gehele periode werkzaamheden verrichten vanwege, op zichzelf geoorloofde en in een werkproces noodzakelijke, pauzes, doet niet af aan het beschikbaar stellen en houden van deze keuringscapaciteit.
3.7 Tot slot heeft appellante aangevoerd dat de begintijd van de werkzaamheden van medewerkers van KDS anders is dan de begintijd waarvan bij de facturen is uitgegaan. Het College overweegt dat op basis van het urenregistratiesysteem, waarin onder meer de starttijd is vermeld, het aantal gewerkte kwartieren per werkzaamheid wordt bepaald en de factuur wordt opgesteld. Appellante heeft niet gemotiveerd en geconcretiseerd, bijvoorbeeld door middel van stukken of getuigenverklaringen, dat de daadwerkelijke starttijd van de werkzaamheden anders was dan de starttijd, welke is neergelegd in het urenregistratiesysteem.
3.8 Gelet op al het vorenstaande dienen de beroepen ongegrond te worden verklaard. Voor een proceskostenveroordeling ziet het College geen aanleiding.