5. De beoordeling van het geschil
5.1 Ter beoordeling staat of verweerder bij het bestreden besluit de aan appellante opgelegde last onder dwangsom terecht heeft gehandhaafd. Het College overweegt daartoe als volgt.
5.2 Verweerder heeft aan de last, welke strekt ter voorkoming van een toekomstige overtreding van artikel 6, derde lid, gelezen in samenhang met bijlage I, hoofdstuk I, onder punt 1 en 2, onder a en b van de Verordening, een viertal overtredingen van dit voorschrift ten grondslag gelegd.
5.2.1 Voor het College is komen vast te staan dat appellante op 24 april 2007, 31 januari 2008, 23 december 2009 en 22 maart 2010 artikel 6, derde lid, gelezen in samenhang met bijlage I, hoofdstuk I, onder punt 1 en 2, onder a, respectievelijk b van de Verordening heeft overtreden. De desbetreffende diergeneeskundige verklaringen bevatten een uitgebreide beschrijving van de fysieke kenmerken van de dieren en de conclusies die de toezichthoudende dierenartsen daaraan hebben verbonden. Appellante heeft de bevindingen en conclusies van deze deskundigen onvoldoende gemotiveerd betwist. Voor zover appellante over de op 24 april 2007 en 31 januari 2008 geconstateerde overtredingen heeft aangevoerd dat de varkens wel vervoerd hadden kunnen worden, heeft zij die stellingname in het geheel niet met feiten onderbouwd, zodat daaraan wordt voorbij gegaan. Dat appellante stelt niet de beschikking te hebben gehad over de van belang zijnde stukken, kan niet tot een ander oordeel leiden. Appellante heeft vanaf de ontvangst van de betreffende schriftelijke waarschuwingen alle relevante stukken bij verweerder kunnen opvragen. In ieder geval zijn de stukken in beroep door verweerder in geding gebracht, zodat appellante ampel de gelegenheid heeft gehad in beroep deze stelling alsnog te onderbouwen.
Over de op 23 december 2009 geconstateerde overtreding heeft appellante aangevoerd dat het bewuste varken door een Belgische dierenarts is goedgekeurd voor vervoer. Nu appellante heeft nagelaten deze stellingname feitelijk te onderbouwen, bijvoorbeeld door overlegging van een verklaring van die dierenarts of het gezondheidscertificaat - dat volgens partijen behoort bij een koppel dieren dat vanuit België naar Nederland wordt vervoerd - kan niet worden vastgesteld of het varken daadwerkelijk door een daartoe bevoegde dierenarts is gecontroleerd en geschikt is bevonden voor vervoer. Dat het varken volgens appellante na aankomst in Nederland is goedgekeurd en is geslacht, brengt niet met zich dat het dier tevens geschikt moet zijn geweest voor vervoer van België naar Nederland. Dat laatste betreft een op zichzelf staand oordeel.
De op 22 maart 2010 geconstateerde overtreding heeft appellante bestreden met verklaringen van een dierenarts en een medewerker van het slachthuis. Naar het oordeel van het College komt evenwel aan deze verklaringen niet de bewijskracht toe die appellante daaraan toegekend wil zien, nu die verklaringen niet zijn ondertekend en evenmin van een datum zijn voorzien. Appellante heeft geenszins aannemelijk gemaakt dat dierenarts E bij het opladen van het varken aanwezig is geweest. Overigens doet de inhoud van voornoemde verklaringen niet af aan de bevindingen en conclusies in de betreffende diergeneeskundige verklaring van de toezichthoudende dierenartsen.
5.2.2 Het vorenstaande in aanmerking nemende heeft verweerder terecht en op goede gronden de vier geconstateerde overtredingen aan de onderhavige last ten grondslag gelegd.
5.3 De last strekt ter voorkoming van herhaling van de eerder begane overtredingen. Appellante heeft vier overtredingen begaan binnen een periode van drie jaar en het tijdsverloop tussen de voorlaatste overtreding op 23 december 2009 en de laatste overtreding op 22 maart 2010 bedraagt drie maanden. Het tijdsverloop is niet zodanig dat niet meer gesproken kan worden van een continuïteit in de overtredingen.
5.4 Appellante heeft gesteld dat zij niet als overtreder kan worden aangemerkt. Ook deze beroepsgrond faalt. De omstandigheid dat de overtredingen door werknemers van appellante zijn gepleegd, maakt niet dat deze niet aan appellante zouden kunnen worden toegerekend. Ingevolge artikel 2, aanhef en onder x, van de Verordening is een vervoerder een natuurlijke persoon of rechtspersoon die voor eigen rekening of voor rekening van een derde dieren vervoert. Het is de vervoerder die op grond van artikel 6, derde lid, van de Verordening de dieren dient te vervoeren in overeenstemming met de technische voorschriften in Bijlage I en die bepaalt of een dier geschikt is voor vervoer. Indien appellante die beslissing feitelijk overlaat aan haar werknemers ligt het op de weg van appellante om haar werkprocessen zodanig in te richten dat de betrokken werknemer steeds een juiste beslissing neemt.
De onderhavige last onder dwangsom is opgelegd wegens het vervoeren van varkens die ziek of gewond waren. Nu vast staat dat de normale bedrijfsvoering van appellante bestaat uit het vervoeren van varkens, valt niet in te zien dat de overtredingen niet aan appellante toegerekend zouden kunnen worden.
5.5 Dat in de last een begunstigingstermijn ontbreekt, maakt de last naar het oordeel van het College niet onrechtmatig, aangezien de last strekt ter voorkoming van herhaling van eerdere overtredingen van artikel 6, derde lid, gelezen in samenhang met Bijlage I, hoofdstuk I, onder punt 1 en 2, onder a en b van de Verordening. De overtredingen die aanleiding waren tot het opleggen van de last hadden reeds plaatsgevonden en konden niet meer ongedaan gemaakt worden. Het College ziet niet in, en appellante heeft dit ook niet betoogd, dat appellante niet terstond na het bekend worden met de last aan de betreffende wettelijke voorschriften zou kunnen voldoen zodat haar daartoe een begunstigingstermijn gegeven had moeten worden. De beschikking tot oplegging van de last bevat een termijn van drie jaar gedurende welke de last van toepassing is, waardoor deze is beperkt in de tijd.
5.6 Wat betreft de hoogte van de opgelegde dwangsom overweegt het College dat deze in redelijke verhouding staat tot de zwaarte van het geschonden belang en de beoogde werking van de dwangsomoplegging.
Het College slaat in dit verband mede acht op hetgeen in de toelichting op de Beleidsregels is vermeld over het doel van de dwangsom - het wegnemen van een gedeelte van de omzet waardoor naar verwachting een effectieve prikkel ontstaat om nieuwe overtredingen te voorkomen - en de omvang van het bedrijf. Hetgeen appellante heeft aangevoerd stuit derhalve op het voorgaande af. De omvang van het transportbedrijf van appellante in aanmerking nemende, valt niet in te zien dat de opgelegde dwangsom disproportioneel zou zijn.
5.7 De stelling van appellante dat sprake is van rechtsongelijkheid tussen grote en kleine transportbedrijven respectievelijk Nederlandse en andere Europese transportbedrijven wordt gepasseerd, nu appellante deze stelling niet met concrete feiten heeft onderbouwd.
5.8 Het beroep van appellante is ongegrond. Het College ziet geen aanleiding voor een proceskostenveroordeling.