2. De beoordeling van het geschil
2.1 Het College stelt voorop dat het beroep op grond van artikel 6:18 van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb) wordt geacht mede te zijn gericht tegen het besluit van 21 april 2011. Nu niet is gebleken dat appellant enig belang heeft behouden bij beoordeling van het oorspronkelijk bestreden besluit van 24 december 2010, is zijn procesbelang aan het daartegen gerichte beroep komen te ontvallen en dient dit daarom niet-ontvankelijk te worden verklaard. Het College zal hierna ingaan op het beroep voor zover dit is gericht tegen het besluit van 21 april 2011.
2.2 Appellant beschikte in 2009 over 31,12 toeslagrechten en heeft met het formulier "Gecombineerde opgave 2009" om uitbetaling hiervan verzocht. Hiervoor heeft hij de percelen genummerd 1 tot en met 19 aangekruist op het overzicht gewaspercelen met een totale oppervlakte van 32.79 ha. Daarnaast heeft hij de percelen 24 en 25 opgegeven op dit overzicht, maar niet aangekruist voor de uitbetaling van toeslagrechten. In het primaire besluit heeft dit geresulteerd in de volledige benutting van appellants toeslagrechten. Verweerder heeft in het nu bestreden besluit de oppervlakte van de voor bedrijfstoeslag in aanmerking gebrachte percelen herzien en vastgesteld op 31.38 ha. Het reeds uitbetaalde voorschotbedrag is gelijk aan het bedrag waarop appellant op basis van de nieuwe perceelsoppervlakte recht heeft. Zoals het College in de uitspraak van 26 september 2012, AWB 11/595, LJN: BY0527, heeft overwogen wordt echter voor alle geschillen over gemeten oppervlakten in besluiten die de bedrijfstoeslag over het jaar 2009 betreffen procesbelang aangenomen.
2.3 Het College komt daarom nu toe aan de vraag hier in geding, of verweerder in het bestreden besluit terecht de oppervlakte van de op de percelen gelegen taluds die grenzen aan sloten tweedimensionaal - dus in het platte vlak - heeft gemeten in plaats van driedimensionaal, en of verweerder hierdoor uitgaat van de juiste geconstateerde oppervlakte van de betreffende percelen. Tevens is in geschil of verweerder de oppervlakte van de percelen 20 tot en met 23 terecht niet in aanmerking heeft gebracht voor de uitbetaling van toeslagrechten.
2.4.1 Appellant voert aan dat verweerder de geconstateerde oppervlakten van de opgegeven percelen onjuist heeft vastgesteld. Appellants percelen grenzen aan sloten en de taluds langs die sloten hebben een hellingshoek van 22 graden. Een hellend vlak heeft een grotere oppervlakte dan een plat vlak. Verweerder dient daarom naar appellants mening de oppervlakte niet tweedimensionaal oftewel in het platte vlak te meten maar driedimensionaal, door met toepassing van een driepuntsmeting rekening te houden met de hoogteverschillen op de percelen. Nu verweerder de oppervlakte in het platte vlak heeft bepaald met gebruikmaking van een luchtfoto, dus zonder rekening te houden met de hellingshoek van de taluds op de percelen, leidt dit tot een vaststelling van de oppervlakte die circa 3200 m2 kleiner is dan de werkelijke oppervlakte.
Dat verweerder de oppervlakte onjuist heeft vastgesteld blijkt ook uit het door appellant ter zitting overgelegde meetrapport van Agro Expertiseburo van januari 2012, waarin voor de drie gemeten percelen per saldo een grotere oppervlakte is gemeten dan nu door verweerder vastgesteld. Verweerder had dit rapport in zijn beoordeling van appellants aanvraag moeten betrekken. Tevens merkt appellant op dat de door verweerder voor 2009 vastgestelde oppervlakten afwijken van die voor het jaar 2010 en dat de oppervlakten reeds vier keer gewijzigd zijn vastgesteld.
De te kleine vaststelling van de beteelbare oppervlakte van appellants percelen heeft nadelige gevolgen voor zijn mogelijkheden tot mestafzet.
2.4.2 Verweerder stelt dat de oppervlakten van de betreffende percelen, die zijn vastgesteld aan de hand van de geactualiseerde kaartlaag (Agrarisch Areaal Nederland, afgekort AAN) en vervolgens nogmaals nauwkeurig zijn vergeleken met de luchtfoto uit 2009 en ook met de referentiepercelen op de luchtfoto uit 2010, juist zijn. De reden dat de subsidiabele oppervlakte van appellants percelen nu kleiner is vastgesteld dan in eerdere jaren is dat toen ten onrechte de oppervlakte van sloten hierin werd begrepen. Net als voorheen zijn de oppervlakten van de op de percelen gelegen taluds van de sloten op de percelen van appellant tweedimensionaal gemeten. Dit houdt in dat het driedimensionale vlak van een perceel op een helling, dient te worden geprojecteerd naar een tweedimensionaal vlak. In de Europese verordeningen in het kader van de bedrijfstoeslagregeling staat niet beschreven hoe hellende oppervlakten dienen te worden gemeten bij een controle ter plaatse. Evenmin zijn in de consideransen van de betreffende Verordeningen aanknopingspunten te vinden voor de stelling dat verweerder driedimensionaal zou moeten meten. Verweerder is dan ook van mening dat hij op grond van EU-verordeningen niet verplicht is hellende oppervlakten driedimensionaal te meten. Het Gemeenschappelijk Onderzoeksbureau (Joint Research Centre) van de Europese Commissie heeft voorts op zijn internetsite Wikicap aangegeven dat er geen logische landbouwkundige reden is om hellende oppervlakten driedimensionaal te meten. Verweerder benadrukt tot slot dat - zoals het Gemeenschappelijk Onderzoeksbureau heeft bevestigd - geen enkele lidstaat een driedimensionale meting hanteert. Ook in landen als Oostenrijk, Duitsland en Italië, waar veel meer reliëf in het landschap aanwezig is, wordt gemeten in het platte vlak.
Het ter zitting overgelegde meetrapport kan niet leiden tot een andere vaststelling van de oppervlakte van appellants percelen. Dit rapport kan, anders dan ter zitting toegezegd, niet worden betrokken in de beoordeling van appellants bedrijfstoeslag voor 2009. Uit artikel 30, eerste lid, van genoemde Verordening vloeit voort dat de oppervlakte van percelen landbouwgrond enkel juist kan worden geconstateerd als sprake is van apparatuur die een meting garandeert van een kwaliteit die ten minste gelijkwaardig is aan die is voorgeschreven in een geldende technische norm die is opgesteld op het niveau van de Gemeenschap. Die norm is vastgelegd door het Gemeenschappelijk Centrum voor onderzoek van de Europese Commissie. Het meetrapport van appellant voldoet niet aan deze norm, aangezien dit is gebaseerd op metingen met meetlint en piketpaaltjes, en hiervan geen digitale meetbestanden beschikbaar zijn.
2.4.3 Het College stelt voorop dat de Europese regelgeving niet voorziet in de te hanteren meetmethode in het geval van hellende oppervlakten. Dit betekent dat verweerder niet verplicht is tot een bepaalde wijze van meten van hellende oppervlakten maar dat hij in beginsel vrij is om een keuze te maken uit de verschillende, in redelijkheid verdedigbare meetmethoden. Verweerders keuze voor een tweedimensionale meetmethode - in dit geval met gebruikmaking van een luchtfoto - acht het College dan ook toelaatbaar. Dat ook andere lidstaten, waaronder “berglanden” als Duitsland en Italië gekozen hebben voor een tweedimensionale meting pleit voor verweerders keuze. Het voorgaande zou anders kunnen zijn, indien verweerder zich in het verleden zou hebben gecommitteerd aan een andere meetmethode en appellant zou worden benadeeld doordat de subsidiabele oppervlakte nu, als gevolg van de wijziging in meetmethode, kleiner zou zijn vastgesteld. Dat verweerder in eerdere jaren zou zijn uitgegaan van een driedimensionale meting, is het College echter niet gebleken.
Ten aanzien van de juistheid van de geconstateerde oppervlakten en het feit dat verweerder het door appellant ter zitting overgelegde meetrapport niet heeft betrokken bij zijn beoordeling oordeelt het College als volgt. Nu de door appellant gestelde oppervlakten zijn gebaseerd op een andere meetmethode dan verweerder gekozen heeft, kan daaraan niet de conclusie verbonden worden dat de door verweerder geconstateerde oppervlakten onjuist zijn.
Het betoog dat verweerder de oppervlakten meermaals gewijzigd heeft vastgesteld maakt dit niet anders, omdat de verschillen, in ieder geval deels, kunnen worden verklaard door wijzigingen in het beleid ten aanzien van, onder meer, het meten van aan sloten gelegen percelen. Dat de vaststelling van een kleinere oppervlakte van appellants percelen gevolgen kan hebben voor zijn mestplaatsingsruimte wordt niet betwist. Dit staat echter niet ter beoordeling in deze procedure, aangezien de mestruimte voor 2009 geen onderdeel uitmaakt van de hier bestreden beslissing.
2.5 Tot slot stelt appellant in zijn brief van 23 mei 2011 dat verweerder ten onrechte de oppervlakte van de percelen 20 tot en met 23 niet heeft meegerekend in de geconstateerde oppervlakte in het bestreden besluit. Het College overweegt dat - zoals verweerder terecht opmerkt - deze percelen niet zijn opgegeven op het overzicht gewaspercelen behorend bij appellants aanvraag om bedrijfstoeslag. Voor zover appellants brief van 23 mei 2011 dient te worden opgevat als een verzoek om wijziging van de aanvraag is dit verzoek te laat ingediend. Buiten artikel 19 van Verordening (EG) nr. 796/2004 bestaat er rechtens geen mogelijkheid om een aanvraag na de indieningsperiode aan te passen. Een kennelijke fout in de zin van genoemd artikel is echter gesteld noch gebleken, zodat verweerder de betreffende percelen terecht niet heeft meegerekend in de geconstateerde oppervlakte van appellants percelen.
2.6 Het voorgaande leidt tot de conclusie dat verweerder mocht uitgaan van de door hem gehanteerde meetmethode en de op basis daarvan in het bestreden besluit vastgestelde geconstateerde oppervlakte van de betreffende percelen. Het beroep dient daarom ongegrond te worden verklaard. Voor een vergoeding van proceskosten ziet het College tot slot geen aanleiding.