5. De beoordeling van het geschil
5.1 Op grond van artikel 6:19 van de Awb wordt het beroep geacht mede te zijn gericht tegen het besluit van 17 januari 2012 waarbij het besluit van 19 oktober 2011 is ingetrokken. Gesteld noch gebleken is dat appellante nog belang heeft bij een beoordeling van het besluit van 19 oktober 2011 zodat het beroep in zoverre niet-ontvankelijk is.
5.2 Ter beoordeling staat of het besluit van 17 januari 2012 tot toepassing van een verlaging met 3% van de appellante toekomende subsidies voor 2010 in rechte stand kan houden.
5.3 Vast staat dat appellante heeft verzuimd om de bevoegde autoriteit tijdig in kennis te stellen van enkele mutaties in het veebestand op haar bedrijf. Een dergelijk verzuim is in beginsel aanleiding voor het toepassen van een randvoorwaardenkorting op alle voor het betreffende jaar van toepassing zijnde subsidieregelingen.
5.4 Uit artikel 74 van Verordening (EG) nr. 1122/2009 in verbinding met artikel 73, tweede lid, van die verordening volgt dat indien de landbouwer de bevoegde autoriteit schriftelijk meedeelt dat de in het gecomputeriseerde gegevensbestand voor runderen opgenomen gegevens fouten en omissies bevatten, de overeenkomstig hoofdstuk III toe te passen verlagingen en uitsluitingen niet van toepassing zijn, mits de landbouwer niet op de hoogte is gebracht van het voornemen van de bevoegde autoriteit een controle ter plaatse uit te voeren, en de bevoegde autoriteit de landbouwer niet reeds van onregelmatigheden in de aanvraag in kennis heeft gesteld. Uit de considerans van deze verordening (punten 94 en 95) blijkt duidelijk dat het niet de bedoeling is dat verlagingen worden toegepast ten aanzien van een landbouwer die zelf op enig tijdstip melding maakt van onjuistheden in de steunaanvraag mits die landbouwer nog niet op de hoogte is gebracht van eventuele door de bevoegde autoriteit geconstateerde onjuistheden, en evenmin door die autoriteit een controle is aangekondigd. Hetzelfde dient te gelden voor onjuistheden in het gecomputeriseerde gegevensbestand, zulks enerzijds ten aanzien van runderen waarvoor steun is aangevraagd en waarvoor de betrokken onregelmatigheden niet alleen een niet-naleving van een verplichting in het kader van de randvoorwaarden maar ook een inbreuk op een subsidiabiliteitscriterium betekenen, en anderzijds ten aanzien van runderen waarvoor geen steun is aangevraagd en waarvoor de betrokken onregelmatigheden slechts relevant zijn vanuit het oogpunt van de verplichtingen in het kader van de randvoorwaarden.
5.5 Gelet op het bepaalde in artikel 2 van Verordening (EG) nr. 1122/2009, de artikelen 3 en 5 van Verordening (EG) nr. 1760/2000 en artikel 14 van de Richtlijn 64/432/EEG, kan er geen misverstand over bestaan dat artikel 74 van Verordening (EG) nr. 1122/2009 ziet op het gecomputeriseerde gegevensbestand dat hier in Nederland wordt aangeduid als het I&R gegevensbestand.
5.5 Niet in geschil is dat appellante zelf in februari 2010 zowel telefonisch en schriftelijk contact heeft opgenomen met verweerders Dienst Regelingen met de mededeling dat verzuimd was om tijdig melding te maken van de geboorte van een rund. Naar aanleiding van die melding is op 20 mei 2010 een verkorte I&R controle uitgevoerd op het bedrijf van appellante. Daarbij werd volgens het bedrijfscontrolerapport van 20 mei 2010 met nummer 87/10/0019 een rund aangetroffen voorzien van vrije oormerken met de identificatiecode NL 5274 5130 7. Er was geen bedrijfsadministratie omtrent dit rund voorhanden. Het rund is alsnog in het I&R systeem opgenomen als niet-identificeerbaar rund.
Daarnaast heeft de AID op 20 mei 2010 een melding gekregen dat op het bedrijf van appellante een rund was gestorven dat (eveneens) nog niet was geregistreerd in de I&R- database. Dit rund was voorzien van een vrij merk met de ID-code NL 5274 5125 1. Na te zijn voorzien van een AID-merk is het kadaver door een destructiebedrijf opgehaald.
5.6 Uit het vorenstaande volgt dat beide bedrijfscontrolerapporten van 20 mei 2010 zijn opgesteld naar aanleiding van een melding van appellante waarvan de strekking was dat verzuimd was een rund aan te melden bij het I&R systeem. In een dergelijk geval is voor het opleggen van een randvoorwaardenkorting geen plaats. De omstandigheid dat de melding van appellante niet ook betrekking had op het andere, ten tijde van de bedrijfscontrole overleden rund, kan niet tot een ander oordeel leiden.
5.7 De stelling van verweerder ter zitting dat de eigen melding van appellante aan verweerder in dit geval geen invloed kan hebben op de toe te passen verlaging, omdat het fouten of omissies betreft die door de AID, na onderzoek, hersteld moesten worden en niet door appellante zelf hersteld konden worden, kan niet worden gevolgd. Fouten of omissies in het centrale gegevensbestand kunnen door landbouwers per definitie niet zelf hersteld worden, nu dit bestand wordt beheerd door de centrale autoriteit. Artikel 74 van Verordening (EG) nr. 1122/2009 ziet nu juist op dat gegevensbestand. Afgezien hiervan biedt de tekst van de bepalingen die een uitzondering maken op de toepassing van verlagingen geen steun voor de (niet nader onderbouwde) stelling van verweerder.
5.8 Het voorgaande leidt tot de slotsom dat verweerder in dit geval ten onrechte een korting heeft toegepast op de subsidies waarop appellante voor het jaar 2010 aanspraak heeft.
Hieruit volgt dat het beroep gegrond is. Het College ziet aanleiding om met toepassing van artikel 8:72, vierde lid, van de Algemene wet bestuursrecht (Awb) zelf in de zaak te voorzien door het primaire besluit van 31 augustus 2011 te herroepen.
5.9 Het College ziet aanleiding verweerder met toepassing van artikel 8:75 Awb te veroordelen in de proceskosten van appellante. Deze worden op de voet van het bepaalde in het Besluit proceskosten bestuursrecht berekend op € 874.- (1 punt voor het opstellen van het beroepschrift en 1 punt voor het bijwonen van de zitting; wegingsfactor 1).