2. De beoordeling van het geschil
2.1 Bij besluit van 8 april 2008 heeft verweerder op de aan appellante uitbetaalde bedrijfstoeslag 2006 een randvoorwaardenkorting van 100% toegepast en aangegeven dat het terug te betalen bedrag € 351.210,60 beloopt. Bij besluit van 19 juni 2009 heeft verweerder het hiertegen door appellante gemaakte bezwaar ongegrond verklaard. Appellante heeft tegen dit besluit beroep ingesteld bij het College. Het College beslist bij uitspraak van heden in de zaken AWB 09/926 tot en met 09/932 mede op dit beroep, waarbij het beroep ongegrond wordt verklaard.
2.2 Bij besluit van 22 december 2009 heeft verweerder deze geldschuld verrekend met de aan appellante verschuldigde bedrijfstoeslag 2009 van € 295.766,02 tot het beloop van laatstgenoemd bedrag. Het hiertegen gemaakte bezwaar heeft verweerder bij het bestreden besluit van 6 april 2010 niet-ontvankelijk verklaard.
2.3 Bij het besluit van 14 september 2010 heeft verweerder dit besluit herzien en het bezwaar van appellante ongegrond verklaard. Hiertoe heeft verweerder overwogen dat bij besluit van 8 april 2008 is beslist dat appellante ten onrechte € 351.210,60 heeft ontvangen en dat zij dit bedrag dient terug te betalen op grond van het ten tijde van belang geldende artikel 61 van de Regeling GLB-inkomenssteun 2006 en artikel 73 van Verordening (EG) nr. 796/2004. Het rechtsgevolg dat de aan appellante uitgekeerde bedrijfstoeslag 2006 volledig moet worden terugbetaald vloeit voort uit dit besluit. Aangezien appellante het bedrag nog niet zelf heeft terugbetaald en een beroep de werking van het besluit waartegen het is gericht niet schorst, is het verrekeningsbesluit van 22 december 2009 genomen. De verrekening is verplicht op grond van artikel 5 ter van Verordening (EG) nr. 885/2006.
Appellantes beroep op het gelijkheidsbeginsel slaagt niet. Van gelijke gevallen is geen sprake, omdat de gevallen waaraan zij refereert, betrekking hebben op andere subsidiejaren en het daarbij bovendien niet gaat om de verrekening van onverschuldigde betalingen, maar om kosten die de landbouwer zijn opgelegd op grond van Richtlijn 96/23/EG.
Er is appellante niet toegezegd dat de uitkomst van een beroepsprocedure zal worden afgewacht voordat de onverschuldigde betaling zal worden verrekend.
2.4 Naar het oordeel van het College valt niet in te zien welk belang appellante nog heeft bij een beoordeling van het besluit van 6 april 2010, zodat het beroep tegen dit besluit wegens het ontvallen van procesbelang niet-ontvankelijk verklaard zal worden.
2.5 Ten aanzien van het besluit van 14 september 2010 overweegt het College als volgt.
2.5.1 Het geschil spitst zich toe op de vraag of verweerder het bedrag dat in het kader van de bedrijfstoeslag 2006 van appellante is teruggevorderd mocht verrekenen met de aan appellante uit te keren bedrijfstoeslag voor het jaar 2009.
2.5.2 Artikel 5 ter van Verordening (EG) nr. 885/2006 van de Commissie van 21 juni 2006 houdende uitvoeringsbepalingen van Verordening (EG) nr. 1290/2005 van de Raad met betrekking tot de erkenning van de betaalorganen en andere instanties en de goedkeuring van de rekeningen inzake het ELGF en het ELFPO, bepaalt dat onverminderd de andere handhavingmaatregelen waarin het nationale recht voorziet, de lidstaten elke nog openstaande vordering op een begunstigde die overeenkomstig het nationale recht vast is komen te staan, verrekenen met welke betaling dan ook die het voor de inning van de vordering verantwoordelijke betaalorgaan in de toekomst aan dezelfde begunstigde moet doen. Dit artikel is ingevoegd bij Verordening (EG) nr. 1034/2008 van de Commissie van 21 oktober 2008.
2.5.3 Het besluit van 8 april 2008 heeft ertoe geleid dat appellantes bedrijfstoeslag 2006 alsnog op nul is vastgesteld. De reeds uitbetaalde bedrijfstoeslag 2006 was daarmee onverschuldigd betaald. In overeenstemming met artikel 73, eerste lid, van Verordening (EG) nr. 796/2004 heeft verweerder in datzelfde besluit beslist dat de reeds uitbetaalde bedrijfstoeslag 2006 terugbetaald moet worden. Het besluit is appellante door toezending bekendgemaakt en aldus in werking getreden. Vanaf dat moment was appellante derhalve verplicht tot (terug)betaling van het betrokken bedrag aan verweerder. De werking van dit besluit is, gelet op artikel 6:16 Awb, door het daartegen gemaakte bezwaar niet geschorst.
2.5.4 Naar Nederlands recht stond deze vordering derhalve vast in de zin van artikel 5 ter van Verordening (EG) nr. 885/2006, zodat verweerder gehouden was tot verrekening over te gaan. Appellantes stelling die erop neerkomt dat met 'vaststaan' in dat artikel wordt bedoeld dat het besluit dat de vordering tot gevolg heeft in rechte onaantastbaar moet zijn, volgt het College niet. Een dergelijke lezing zou immers betekenen dat het betaalorgaan, in geval van een vordering die naar nationaal recht opeisbaar is, gelet op de eerste zinsnede van dit artikel ("Onverminderd de andere handhavingmaatregelen waarin het nationale recht voorziet") daarvan wel de betaling kan afdwingen, maar niet bevoegd zou zijn deze vordering te verrekenen met een tegenvordering. Het is naar het oordeel van het College boven redelijke twijfel verheven dat dit met de strekking van het artikel - dat blijkens overweging 3 uit de considerans van Verordening (EG) 1034/2008 erop gericht is terugvordering doeltreffender en goedkoper te maken - niet verenigbaar is, waarbij nog opmerking verdient dat de Engelse ("debt [...] established in accordance with national law"), Franse ("montant de toute créance [...] établie conformément à la législation nationale") en Duitse ("Forderung [...] die im Einklang mit den nationalen Rechtsvorschriften festgestellt worden ist") versies van het artikel evenmin in de door appellante bepleite richting wijzen.
2.5.5 Appellante stelt dat verweerder haar heeft toegezegd dat pas na de beslissing op bezwaar de openstaande vordering zou worden verrekend. Het College stelt vast dat verweerder ruimschoots na de bewuste beslissing op bezwaar tot verrekening is overgegaan, zodat verweerder niet in strijd met deze toezegging heeft gehandeld. Voor zover appellante stelt dat verweerder heeft aangegeven - wat verweerder betwist - dat hij pas tot verrekening zou overgaan wanneer de beslissing op bezwaar in rechte onaantastbaar zou zijn geworden, geldt dat appellante niet voldoende aannemelijk heeft weten te maken dat toezeggingen van die strekking door of namens verweerder zijn gedaan.
2.5.6 Appellante beroept zich tot slot op het gelijkheidsbeginsel. De situatie waarop appellante doelt betreft het verhalen van kosten van controles en onderzoek als bedoeld in Richtlijn 96/23/EG ingeval - kort gezegd - op een bedrijf verboden stoffen worden aangetroffen. Naar het College begrijpt wacht verweerder bij het in rekening brengen van dergelijke kosten totdat de betrokken landbouwer de beschikbare rechtsmiddelen heeft uitgeput. Met verweerder is het College van oordeel dat het hier inhoudelijk verschillende situaties betreft en het dus niet om gelijke gevallen gaat, waarbij nog komt dat er onder omstandigheden goede redenen kunnen zijn om voorlopig af te zien van invordering dan wel uitstel van betaling te verlenen, zonder dat hieruit volgt dat het betrokken bestuursorgaan voortaan bij alle betalingsbeschikkingen aldus moet handelen.
2.6 Uit het voorgaande volgt dat verweerder zich terecht bevoegd heeft geacht - en zelfs verplicht was - om het bedrag dat in het kader van de bedrijfstoeslag 2006 van appellante is teruggevorderd, te verrekenen met de aan appellante uit te keren bedrijfstoeslag voor het jaar 2009.
2.7 Het beroep is ongegrond. Voor een proceskostenveroordeling bestaat geen aanleiding.