5. De beoordeling van het geschil
5.1 Het College overweegt in de eerste plaats dat het beroep, gelet op artikel 6:20, vierde lid, van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb), geacht wordt mede te zijn gericht tegen verweerders besluit van 17 februari 2009, en gelet op de artikelen 6:18 en 6:19 Awb tegen het besluit van 9 juni 2009.
5.2 Nu inmiddels een reëel besluit is genomen op het bezwaar van appellant heeft appellant naar het oordeel van het College geen belang meer bij de beoordeling van zijn beroep voor zover dit is gericht tegen het niet tijdig nemen van dit besluit. Het beroep dient in zoverre niet-ontvankelijk te worden verklaard.
5.3 Ten aanzien van het beroep tegen het besluit van 17 februari 2009 overweegt het College dat verweerder ter zitting heeft erkend dat ten onrechte is nagelaten om appellant te horen in de bezwaarprocedure en voorts dat de motivering van dat besluit gebrekkig was. Om deze gebreken te herstellen heeft verweerder een nieuw besluit genomen op 9 juni 2009. Gelet hierop heeft appellant evenmin belang bij een inhoudelijke beoordeling van het beroep voor zover dit is gericht tegen het besluit van 17 februari 2009 en dient dit beroep eveneens niet-ontvankelijk te worden verklaard.
Wel ziet het College in het voorgaande aanleiding om verweerder te veroordelen in de kosten van de procedure met toepassing van artikel 8:75 Awb. Op de voet van het Besluit proceskosten bestuursrecht worden de kosten van beroepsmatig verleende rechtsbijstand vastgesteld op € 322,-- (1 punt tegen een waarde van € 322,-- voor het indienen van het beroepschrift).
5.4.1 Voor zover het beroep is gericht tegen het besluit van 9 juni 2009 overweegt het College als volgt. Voor wijziging van appellants aanvraag om uitbetaling van de bedrijfstoeslag 2007 door het alsnog in aanmerking brengen van perceel 9 voor uitbetaling van zijn toeslagrechten is alleen plaats, indien sprake is van een kennelijke fout in de zin van artikel 19 van Verordening (EG) nr. 796/2004.
5.4.2 De Europese Commissie heeft een Werkdocument uitgebracht met betrekking tot de vraag wanneer een kennelijke fout als zodanig erkend moet worden. Dit document, met het kenmerk AGR 49533/2002, wordt door verweerder gehanteerd bij de beoordeling van verzoeken om na de uiterste indieningstermijn nog wijzigingen in een aanvraag te mogen aanbrengen. In vaste jurisprudentie heeft het College deze benadering aanvaardbaar geoordeeld.
Het College heeft het Werkdocument in eerdere jurisprudentie zo uitgelegd en samengevat, dat van een kennelijke fout over het algemeen alleen kan worden gesproken indien verweerder bij een summier onderzoek bij ontvangst van de aanvraag had kunnen vaststellen dat de aanvraag waarschijnlijk geen goede weergave was van hetgeen de aanvrager beoogde aan te vragen.
5.4.3 Ter beantwoording ligt dan de vraag voor of de aanvraag van appellant, die over 31,20 toeslagrechten beschikt en die over ruim voldoende grond beschikt om deze toeslagrechten uit te laten betalen, geacht kan worden een kennelijke fout in te houden, als hij slechts voor 24,89 van deze toeslagrechten om uitbetaling vraagt. Appellant heeft 8 van de 9 percelen uit het Overzicht gewaspercelen voor de uitbetaling van de toeslagrechten aangekruist. Hierdoor heeft appellant circa 80% van de totaalwaarde van zijn toeslagrechten laten uitbetalen. Naar het oordeel van het College is het verschil tussen hetgeen appellant aanvraagt en hetgeen hij maximaal kan aanvragen daarmee op zichzelf beschouwd niet zo groot, dat het bij een summier onderzoek door verweerder direct in het oog moet vallen. Dat betekent dat niet kan worden staande gehouden dat met een summier onderzoek na ontvangst van de aanvraag kon worden vastgesteld dat de aanvraag blijkbaar geen goede weergave was van hetgeen de aanvrager beoogde, zodat reeds om die reden geen sprake is van een kennelijk fout.
Het College neemt hierbij tevens in aanmerking dat perceel 9 in oppervlakte niet veel afwijkt van de overige 8 wel opgegeven percelen, dat er evenmin andere omstandigheden zijn gebleken op grond waarvan een kennelijke fout zou moeten worden aangenomen en dat appellant reeds gelegenheid heeft gehad om zijn aanvraag te herstellen en daarbij heeft verzuimd om perceel 9 alsnog op te geven.
5.4.4 Appellants betoog dat hij in de Gecombineerde opgave heeft aangegeven dat er problemen zijn geweest met het aanvinken/bevestigen van perceel 9 en hierover telefonisch contact heeft gehad met een medewerker van verweerder doet aan het voorgaande niet af. Hieruit kan naar het oordeel van het College slechts worden geconcludeerd dat appellant het betreffende perceel heeft willen opgeven op het overzicht gewaspercelen. Daarmee is niet gezegd dat hij dit tevens in aanmerking wilde brengen voor de uitbetaling van zijn toeslagrechten.
5.4.5 Het College is tot slot van oordeel dat het beroep van appellant op het vertrouwensbeginsel reeds niet slaagt, omdat - anders dan appellant stelt - uit de door appellant overgelegde brief van verweerder van 17 december 2007 niet kan worden afgeleid dat verweerder perceel 9 zou betrekken in de berekening van appellants bedrijfstoeslag.
5.5 Het voorgaande leidt tot de conclusie dat het beroep ongegrond dient te worden verklaard voor zover dit is gericht tegen het besluit van 9 juni 2009.