5. De beoordeling van het geschil
5.1 Het College stelt vast dat verweerder, hangende het beroep, besluit II heeft genomen waarbij appellante alsnog een S&O-verklaring van 550 uur als S&O-belastingplichtige is verstrekt. Op grond van de artikelen 6:18 en 6:19 van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb) wordt het beroep geacht mede te zijn gericht tegen besluit II.
5.2 Het College ziet zich allereerst voor de vraag gesteld of appellante nog belang heeft bij een inhoudelijk oordeel over de bestreden besluiten, nu verweerder appellante de gevraagde S&O-verklaringen van 350 uur als inhoudingsplichtige en 550 uur als belastingplichtige heeft verstrekt. Het College beantwoordt die vraag bevestigend en overweegt daartoe als volgt. In de bestreden besluiten heeft verweerder de aanvraag weliswaar toegewezen op basis van het vertrouwensbeginsel, maar tevens heeft verweerder overwogen dat appellante onvoldoende aannemelijk heeft gemaakt dat sprake is van een technisch nieuw product in de zin van de Wva. Verweerder heeft appellante daarbij te kennen gegeven dat zij het risico loopt dat een eventuele vervolgaanvraag op grond van dezelfde inhoudelijke bevindingen zal worden afgewezen. Onder verwijzing naar zijn uitspraak van 19 juni 2009, (AWB 08/721; < www.rechtspraak.nl >, LJN BJ0699), overweegt het College dat het belang van een inhoudelijk oordeel omtrent de rechtmatigheid van een besluit gelegen kan zijn in de omstandigheid dat het oordeel van het College kan worden betrokken bij eventuele toekomstige aanvragen. Het College neemt hierbij in aanmerking dat een S&O-verklaring telkens voor een beperkte periode wordt verleend en dat appellante te kennen heeft gegeven in de toekomst vergelijkbare aanvragen in te willen dienen.
5.3 Gelet hierop is de vraag aan de orde of verweerder terecht heeft geoordeeld dat appellante onvoldoende aannemelijk heeft gemaakt dat bij de werkzaamheden in het kader van het project "Aardappelveredeling" sprake is van speur- en ontwikkelingswerk in de zin van de Wva. Het College overweegt hieromtrent het volgende.
Om te kunnen beoordelen of de werkzaamheden waarvoor een verklaring wordt aangevraagd onder de werkingssfeer van de Wva vallen, is het voor verweerder noodzakelijk om van de aanvrager voldoende gegevens te verkrijgen met betrekking tot deze werkzaamheden. Bij de beoordeling van een aanvraag is allereerst van belang of uit hetgeen in de aanvraag beschreven is kan worden afgeleid welke speur- en ontwikkelingswerkzaamheden de aanvrager voornemens is te gaan verrichten (uitspraak van het College van 21 december 2004, AWB 03/1197; < www.rechtspraak.nl >, LJN AS2016). Daarnaast kan in voorkomende gevallen acht worden geslagen op informatie die in de beoordelingsfase door verweerder bij appellante is verkregen. In dit geval heeft verweerder herhaaldelijk aanvullende informatie ingewonnen over de aard van de werkzaamheden van appellante.
Ingevolge artikel 1, eerste lid, onder n, onder 2°, Wva, zijn speur- en ontwikkelingswerkzaamheden systematisch georganiseerde werkzaamheden, die direct en uitsluitend gericht zijn op de ontwikkeling van voor de aanvrager van een S&O-verklaring technisch nieuwe (onderdelen van) fysieke producten. In de bestreden besluiten heeft verweerder terecht overwogen dat het eigen technische kunnen en de eigen technische kennis van appellante bepalend zijn bij de toetsing van de werkzaamheden. Om de technische nieuwheid te kunnen beoordelen slaat verweerder acht op de aard van de werkzaamheden, de technische knelpunten die appellante ondervindt in het kader van het project en de mogelijke oplossingsrichtingen daarvoor.
Niet in geding is dat appellante in het kader van het project "Aardappelveredeling" kruisingen van aardappelrassen bij een derde koopt, van welke kruisingen zij vervolgens de eigenschappen bepaalt. Als een kruising niet de door haar gewenste eigenschappen heeft, koopt appellante een andere kruising. Blijkens de notitie van het telefoongesprek van 24 maart 2009 ervaart appellante zelf geen technische knelpunten. Appellante bepaalt zelf welke kruisingsproducten zij afneemt en test of deze voldoen aan de door haar gestelde eisen. De jaarlijkse veredelingsresultaten worden teruggekoppeld aan de derde, zodat op basis daarvan nieuwe kruisingen kunnen worden samengesteld. Appellante heeft in haar brief van 2 juli 2009 aangegeven dat zij ook zelf een bepaalde kruising kan voordragen, welke dan door de derde kan worden gemaakt en geleverd, doch hieruit blijkt niet dat zij daadwerkelijk zelf kruisingsschema's opstelt. In die brief wordt ook aangegeven dat het aanbod van de derde dusdanig groot is, dat er altijd wel kruisingen te vinden zijn die voldoen aan de veredelingsrichting die appellante wil inslaan. Ter zitting heeft verweerder nog verduidelijkt dat door appellante in 2004 is aangegeven dat zij zelf de ouders (van de zaailingen) koos en dat in het geval de gewenste kruisingen niet voorhanden waren, appellante daartoe opdracht gaf. Dit duidde op een eigen inhoudelijke inbreng in de kruisingsschema's en op een zelfstandige sturing door middel van eigen technisch onderzoek en kennis op het gewenste eindresultaat. Op grond van die informatie zijn de aanvragen in de jaren na 2004 gehonoreerd. Bij de onderhavige aanvraag voor 2009 is andere informatie naar voren gekomen. Op grond van de zich in het dossier bevindende gegevens die appellante in het kader van onderhavige aanvraag heeft verstrekt en het verhandelde ter zitting, komt het College tot de slotsom dat verweerder terecht heeft geconcludeerd dat appellante onvoldoende aannemelijk heeft gemaakt dat bij de werkzaamheden in het kader van het project "Aardappelveredeling" sprake is van speur- en ontwikkelingswerk in de zin van de Wva.
5.4 Het betoog van appellante dat uit het dictum van besluit I volgt dat aan appellante een proceskostenvergoeding van € 644,- moet worden toegekend, naast de proceskostenvergoeding toegekend aan de Gebroeders C B.V., faalt. Door verweerder zijn de zaken van appellante en Gebroeders C Beheer B.V. conform artikel 3, eerste lid, van het Besluit proceskosten bestuursrecht als samenhangende zaken beschouwd, hetgeen door appellante niet is betwist. Het College is van oordeel dat in besluit I voldoende duidelijk is aangegeven dat verweerder daarom éénmaal € 644,- aan de gemachtigde van appellante en Gebroeders C B.V. zal betalen.
5.5 Gelet op het voorgaande dient het beroep ongegrond te worden verklaard. Nu verweerder pas na het instellen van het beroep tegen besluit I aan appellante de gevraagde S&O verklaring van 550 uur als belastingplichtige heeft verstrekt, ziet het College aanleiding om verweerder te veroordelen in de proceskosten van appellante met toepassing van artikel 8:75 Awb. Op voet van het Besluit proceskosten bestuursrecht worden de kosten van beroepsmatig verleende bijstand vastgesteld op € 322,- (1 punt voor het indienen van het beroepschrift tegen een waarde van € 322,- per punt). Tevens zal worden bepaald dat verweerder aan appellante het betaalde griffierecht dient te vergoeden.