2. De beoordeling van het geschil
2.1 Uit artikel 9, aanhef en onder a van de Beleidsregels kostenvergoeding subsidie milieukwaliteit elektriciteitsproductie 2006 (hierna: Beleidsregels) volgt dat verweerder een beslissing tot kostenvergoeding intrekt of wijzigt, indien binnen vijf jaar na de inwerkingtreding van de Beleidsregels aan een verzoeker een subsidie wordt verleend die vergelijkbaar is met de MEP-subsidie. Dit geldt voor zover het kosten betreft die ook gemaakt moeten worden voor de met de MEP-subsidie vergelijkbare subsidie.
2.2 In het bestreden besluit van 8 juni 2009 heeft verweerder op grond van deze bepaling de kostenvergoeding van EUR 1.545.179,- die hij aanvankelijk aan appellante had toegekend gedeeltelijk ingetrokken en vastgesteld op een bedrag van EUR 2.500,-. De grond voor deze gedeeltelijke intrekking is dat verweerder na de toekenning van de kostenvergoeding aan appellante SDE-subsidie heeft verleend. Deze subsidie is naar zijn mening vergelijkbaar met de MEP-subsidie, omdat ten aanzien daarvan soortgelijke vereisten zijn gesteld, deze een vergelijkbaar oogmerk heeft en er voorts sprake is van eenzelfde soort steunintensiteit. Daarbij dient volgens verweerder overeenkomstig de definitiebepalingen in de Communautaire richtsnoeren inzake staatssteun voor milieu¬bescherming (2008/C 82/01) onder het begrip 'steunintensiteit' te worden verstaan het brutosteunbedrag, uitgedrukt als een percentage van de in aanmerking komende kosten.
2.3 In zijn tussenuitspraak heeft het College geoordeeld dat het besluit van 8 juni 2009 niet voldoet aan de vereisten van artikel 7:12, eerste lid, van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb). Daartoe heeft het College onder meer overwogen dat verweerder, in tegenstelling tot hetgeen in de richtsnoeren is bepaald, heeft nagelaten om de steunintensiteit met betrekking tot beide subsidieregelingen ten aanzien van de op appellante betrekking hebbende concrete situatie te berekenen en aldus ten aanzien van appellante niet inzichtelijk heeft gemaakt in welke mate de steunintensiteit met betrekking tot beide subsidieregelingen overeenkomt. Het College heeft appellante opgedragen dit gebrek in het bestreden besluit te herstellen.
2.4 Ter uitvoering van deze tussenuitspraak heeft verweerder bij brief van 20 augustus 2010 een nadere motivering van zijn besluit van 8 juni 2009 ingediend. Hierin werkt verweerder zijn standpunt dat de SDE-subsidie en de MEP-subsidie in de situatie van appellante eenzelfde soort steunintensiteit kennen verder uit. Verweerder geeft een berekening van de te verwachten netto contante waarde van de SDE-subsidie en de MEP-subsidie voor appellante. Volgens deze berekening komt het totaalbedrag voor de MEP-subsidie uit op € 30.271.047, 49 en het totaalbedrag voor de SDE-subsidie op € 29.889.670,42. Verweerder betoogt dat deze totaalbedragen nagenoeg gelijk zijn. Verder voert verweerder aan dat het percentage van de in aanmerking komende kosten onder beide subsidies honderd bedraagt, omdat met beide subsidies wordt beoogd om de gehele onrendabele top weg te nemen.
2.5 Het College stelt voorop dat het beroep van appellante, gezien het in de tussenuitspraak gegeven oordeel dat het bestreden besluit van 8 juni 2009 niet voldoet aan de vereisten van artikel 7:12, eerste lid, Awb, gegrond is en dat het bestreden besluit van 8 juni 2009 om die reden zal worden vernietigd. Ter beoordeling staat thans of de door verweerder ingediende motivering toereikend is om het in de tussenuitspraak geconstateerde gebrek in het besluit van 8 juni 2009 te herstellen. Het College is van oordeel dat dit niet het geval is en overweegt daartoe als volgt.
In de nadere motivering heeft verweerder een berekening gegeven van de contante waarde van de MEP-subsidie en de SDE-subsidie voor appellante en uit de uitkomst daarvan afgeleid dat de MEP-subsidie en de SDE-subsidie eenzelfde soort steunintensiteit kennen. Ter zitting heeft verweerder het standpunt ingenomen dat het niet zinvol is om aan de hand van een vergelijking van de daadwerkelijke hoogte van de MEP-subsidie dan wel SDE-subsidie te beoordelen of er sprake is van eenzelfde soort steunintensiteit, omdat een dergelijke vergelijking tussen de beide regelingen onmogelijk is. Verweerder heeft dus bij de beantwoording van de vraag of sprake is van een zelfde soort steunintensiteit een maatstaf gehanteerd die daarvoor naar zijn eigen zeggen ongeschikt is. De aan het bestreden besluit van 8 juni 2009 ten grondslag gelegde nadere motivering kan dit besluit, gelet hierop, dan ook niet dragen.
2.6 Het College ziet niettemin aanleiding om de rechtsgevolgen van het besluit van 8 juni 2009 in stand te laten en overweegt hiertoe als volgt.
Zoals het College hiervoor onder 2.1 reeds heeft overwogen, volgt uit artikel 9, aanhef en onder a van de Beleidsregels dat verweerder een beslissing tot kostenvergoeding intrekt of wijzigt, indien binnen vijf jaar na de inwerkingtreding van de Beleidsregels aan een verzoeker een subsidie wordt verleend die vergelijkbaar is met de MEP-subsidie. Het gaat hierbij om een intrekking of wijziging voor zover het kosten betreft die ook gemaakt moeten worden voor de met de MEP-subsidie vergelijkbare subsidie. De vraag of sprake is van eenzelfde soort steunintensiteit levert, blijkens het vorenstaande, geen bruikbaar criterium op om te toetsen of sprake is van een vergelijkbare regeling, zodat het College deze in de toelichting neergelegde maatstaf buiten beschouwing zal laten.
Niet in geschil is dat appellante de (thans nog niet vergoede) kosten die zij heeft gemaakt om de MEP-subsidie aan te vragen ook diende te maken voor de aanvraag SDE- subsidie. De SDE-subsidie is naar het oordeel van het College vergelijkbaar met de MEP-subsidie. Hoewel de systematiek van de beide regelingen verschilt, hebben deze – zoals verweerder terecht heeft opgemerkt – hetzelfde doel, te weten het bevorderen van de productie van duurzame elektriciteit door het wegnemen van de onrendabele top. Verweerder heeft de kostenvergoeding derhalve terecht ingetrokken.
2.7 Gelet op het voorgaande zal het College het beroep van appellante tegen het besluit van 8 juni 2009 gegrond verklaren, dit besluit vernietigen en met toepassing van artikel 8:72, derde lid, Awb bepalen dat de rechtsgevolgen daarvan in stand blijven. Het College zal tevens bepalen dat verweerder het door appellante betaalde griffierecht vergoedt. Voor een proceskostenveroordeling ziet het College geen aanleiding, nu de gemachtigde van appellante bij haar in dienstbetrekking is.
2.8 Het beroep tegen het oorspronkelijk bestreden besluit van 23 november 2007 zal het College niet-ontvankelijk verklaren omdat daaraan het procesbelang is ontvallen. Hiertoe overweegt het College dat dit besluit bij het besluit van 8 juni 2009, waarvan de rechtsgevolgen in stand worden gelaten, is ingetrokken en dat niet is gebleken dat appellante belang heeft behouden bij vernietiging van het oorspronkelijk bestreden besluit.