5. De beoordeling van het geschil
5.1 Ten aanzien van het procesbelang van appellante overweegt het College dat het feit dat voor het project van appellante in 2010 alsnog subsidie is verleend niet reeds met zich brengt dat appellante geen belang meer heeft bij de beoordeling van het bestreden besluit. Dat besluit heeft immers betrekking op de afwijzing van de subsidieaanvraag uit het jaar 2009 en appellante heeft tot op zekere hoogte aannemelijk gemaakt dat zij schade heeft geleden als gevolg van de afwijzing van haar aanvraag.
5.2 Het College stelt vast dat, gelet op vraag 4f van het aanvraagformulier en artikel 56, tweede lid, aanhef en onder c, van het Besluit, bij een aanvraag voor subsidie een door het bevoegd gezag verleende milieuvergunning dient te worden overgelegd, indien de betreffende productie-installatie, al dan niet zelfstandig, milieuvergunningplichtig is. Indien een milieuvergunning niet door het daartoe bevoegde bestuursorgaan is verleend, heeft dit, anders dan appellante lijkt te veronderstellen, echter niet reeds tot gevolg dat bedoelde productie-installatie niet op grond van die vergunning in werking zou mogen zijn. Slechts indien tegen bedoelde vergunning rechtsmiddelen worden aangewend en deze vergunning bij wijze van voorlopige voorziening wordt geschorst dan wel in de bodemprocedure wordt vernietigd, mag van de vergunning geen gebruik worden gemaakt. Een onbevoegd verleende milieuvergunning is immers niet nietig, maar vernietigbaar. Gelet hierop is het College van oordeel dat verweerder in deze procedure in het kader van de subsidieverlening voor duurzame energieproductie geen verdergaande toets ten aanzien van de overgelegde milieuvergunningen hoeft te verrichten dan hij thans heeft gedaan. Daarbij merkt het College nog op dat in het kader van de subsidieverlening voor productie-installaties, die beschikken over een milieuvergunning, met name van belang is of de opgegeven energieproductie, gelet op de capaciteit van de installatie, op grond van die vergunning mogelijk is en dat verweerder dit heeft bezien. Het betoog van appellante over de mogelijk onbevoegd verleende milieuvergunningen en de toets van verweerder op dit punt in deze procedure faalt.
5.3 Voor zover appellante betoogt dat de procedure ten aanzien van een milieuvergunning waarbij het college van burgemeester en wethouders het bevoegd gezag is korter is dan in het geval van verlening van een milieuvergunning door het college van gedeputeerde staten, en dat dit in deze procedure een nadeel oplevert voor inrichtingen die een provinciale milieuvergunning nodig hebben, overweegt het College als volgt. De Wet milieubeheer, zoals ten tijde van belang, gelezen in samenhang met de Awb, bepaalt de procedure voor de verlening van een milieuvergunning en daarbij wordt wat termijnen betreft geen onderscheid gemaakt tussen de verlening van een vergunning door het college van burgemeester en wethouders of het college van gedeputeerde staten. Voorts is in dit verband van belang dat voor het verkrijgen van een subsidie voor duurzame energieproductie op grond van de SDE-regeling een aanvrager, voor zover vereist, dient te beschikken over een milieuvergunning en dat het zijn eigen verantwoordelijkheid is om deze vergunning tijdig aan te vragen, zodat hij deze bij zijn aanvraag kan voegen. Daarbij is niet van belang of betreffende milieuvergunning door het college van burgemeester en wethouders of door het college van gedeputeerde staten is verleend. Gelet op het voorgaande ziet het College geen aanleiding voor het oordeel dat verlening van een milieuvergunning door het college van gedeputeerde staten in plaats van het college van burgemeester en wethouders een beletsel dan wel een onevenredig nadeel zou zijn bij het doen van een aanvraag voor subsidie op grond van de SDE-regeling.
5.4 Het betoog dat verweerder een onjuiste procedure ter verdeling van het beschikbare subsidiebedrag heeft gevolgd, slaagt. Uit artikel 58, eerste en tweede lid, van het Besluit, gelezen in samenhang met artikel 29, tweede lid, van de Regeling en de bij artikel 58 van het Besluit behorende toelichting volgt dat in dit geval een loting had dienen plaats te vinden tussen alle volledige aanvragen die op 6 april 2009 zijn ontvangen, nu vast is komen te staan dat bij honorering van al deze aanvragen het beschikbare subsidieplafond zou worden overschreden. Op de door verweerder gebruikte lotingslijst staat een aantal aanvragen met een latere ontvangstdatum dan 6 april 2009. Voorts is door verweerder erkend dat ook enkele aanvragen die op 6 april 2009 onvolledig waren, hebben meegeloot. Deze handelwijze is in strijd met artikel 58, eerste en tweede lid, van het Besluit, gelezen in samenhang met de artikelen 29 en 30 van de Regeling. Het bestreden besluit komt dan ook voor vernietiging in aanmerking.
5.5 Het College ziet evenwel aanleiding om op grond van artikel 8:72, derde lid, Awb de rechtsgevolgen van het bestreden besluit in stand te laten. Daartoe overweegt het College het volgende. Uit de lotingslijst blijkt dat een aantal onvolledige aanvragen van 6 april 2009 en een aantal volledige aanvragen die een ontvangstdatum hebben van na
6 april 2009 ten onrechte hebben meegeloot. Uit deze lijst valt echter ook af te leiden dat uitsluitend volledige aanvragen met een ontvangstdatum van 6 april 2009 in aanmerking zijn gekomen voor subsidie. Verweerder heeft blijkens deze lijst immers het beschikbare subsidiebudget op volgorde van lotingsnummer verdeeld over de volledige aanvragen met een ontvangstdatum en ontvankelijkheidsdatum van 6 april 2009 en andere aanvragen zijn niet in aanmerking gekomen voor subsidie. De kans dat de aanvraag van appellante in het geval dat de loting alleen met volledige aanvragen had plaatsgevonden, in aanmerking zou komen voor toewijzing is echter, anders dan appellante heeft betoogd, niet anders dan in de situatie waarin, zoals nu is gebeurd, ook onvolledige aanvragen hebben meegeloot, maar deze aanvragen vervolgens niet bij de verdeling van het budget zijn betrokken. Dat de aanvraag van appellante niet in aanmerking is gekomen voor subsidie is naar het oordeel van het College niet een gevolg van het ten onrechte toelaten van onvolledige aanvragen en aanvragen van na 6 april 2009 in de loting, maar is het gevolg van het feit dat er zodanig veel volledige aanvragen met een ontvangstdatum van 6 april 2009 waren dat deze niet allemaal voor subsidieverlening in aanmerking konden komen zonder dat het subsidieplafond zou worden overschreden.
5.6 Het voorgaande leidt tot de slotsom dat het beroep van appellante gegrond is en dat het bestreden besluit wegens strijd met artikel 58, eerste en tweede lid, van het Besluit dient te worden vernietigd, maar dat de rechtsgevolgen hiervan in stand blijven.
5.7 Het College acht termen aanwezig om verweerder met toepassing van artikel 8:75 Awb te veroordelen in de door appellante gemaakte proceskosten. Deze worden op grond van het bepaalde in het Besluit proceskosten bestuursrecht vastgesteld op € 874,-- (1 punt voor het indienen van het beroepschrift en 1 punt voor het verschijnen ter zitting, met een wegingsfactor 1, ad € 437,-- per punt).