5. De beoordeling van het geschil
5.1 Hangende het beroep van appellante tegen het besluit van 23 november 2007 heeft verweerder de bij dit besluit toegekende kostenvergoeding bij besluit van 8 juni 2009 gewijzigd. Uit het bepaalde in de artikelen 6:18, eerste lid en 6:19 van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb) vloeit voort dat het besluit van 8 juni 2009 eveneens onderwerp van het onderhavige geding is.
5.2 Het College beoordeelt allereerst de grieven van appellante die zich richten tegen het in laatstgenoemd besluit weergegeven oordeel van verweerder, inhoudende dat de intrekking van de eerder aan appellante toegekende kostenvergoeding gehandhaafd dient te blijven voor zover die kostenvergoeding een bedrag van EUR 2.500,- te boven gaat. Partijen verschillen niet van mening dat de kostenvergoeding ten behoeve van de gemaakte accountantskosten ten bedrage van EUR 2.500,- terecht aan appellante is toegekend.
5.3 In het bestreden besluit van 8 juni 2009 heeft verweerder de intrekking van de kostenvergoeding gegrond op het standpunt dat de SDE subsidie vergelijkbaar is met de MEP-subsidie. Dit standpunt is gebaseerd op de overweging dat ten aanzien van beide subsidies soortgelijke vereisten zijn gesteld, beide subsidies een vergelijkbaar oogmerk hebben en dat er voorts sprake is van eenzelfde soort steunintensiteit.
5.3.1 Appellante heeft de eerste twee in de vorige paragraaf genoemde overwegingen van verweerder, inhoudende dat ten aanzien van beide subsidies soortgelijke vereisten zijn gesteld en dat het oogmerk van de SDE-subsidie vergelijkbaar is aan het oogmerk van de MEP subsidie, te weten het bevorderen van de productie van duurzame elektriciteit, niet weersproken. Aldus is dit standpunt van verweerder in de onderhavige zaak niet in geding en dient hiervan bij de verdere beoordeling van het geschil uitgegaan te worden.
5.3.2 Het geschil spitst zich daarmee toe op de vraag of ten aanzien van beide subsidies sprake is van eenzelfde soort steunintensiteit. Ter zitting heeft verweerder desgevraagd verklaard dat bij gebreke van een definitiebepaling in de Beleidsregels en de Toelichting op de Beleidsregels het begrip 'steunintensiteit' dient te worden uitgelegd conform de definitiebepaling van dit begrip in de richtsnoeren. Volgens randnummer 70, onder punt 19, van de richtsnoeren wordt onder steunintensiteit verstaan het brutosteunbedrag, uitgedrukt als een percentage van de in aanmerking komende kosten. Voorts bepalen de richtsnoeren dat de steunintensiteit per begunstigde wordt berekend. Volgens verweerder bepaalt de mate waarin de steunintensiteit overeenkomt of sprake is van eenzelfde soort steunintensiteit. Appellante kan zich met de door verweerder gegeven uitleg van dit begrip verenigen. Het College zal in het navolgende dan ook van deze betekenis uitgaan.
Ter onderbouwing van zijn standpunt dat in deze zaak sprake is van eenzelfde soort steunintensiteit heeft verweerder in het bestreden besluit erop gewezen dat beide subsidieregelingen voorzien in een vergoeding per geproduceerde eenheid energie. Beide subsidieregelingen kennen weliswaar verschillen met betrekking tot de systematiek maar die verschillen leiden volgens verweerder niet tot de conclusie dat sprake moet zijn van een andersoortige steunintensiteit.
Het College stelt vast dat verweerder met de hiervoor weergegeven motivering slechts in algemene bewoordingen heeft beargumenteerd waarom beide subsidieregelingen met elkaar vergelijkbaar zijn. In tegenstelling tot hetgeen in de richtsnoeren is bepaald, heeft verweerder daarbij voorts nagelaten om de steunintensiteit met betrekking tot beide subsidieregelingen ten aanzien van de op appellante betrekking hebbende concrete situatie te berekenen. Aldus heeft verweerder ten aanzien van appellante niet inzichtelijk gemaakt in welke mate de steunintensiteit met betrekking tot beide subsidieregelingen overeenkomt. Hieruit volgt dat verweerder naar het oordeel van het College onvoldoende heeft onderbouwd waarom er met betrekking tot de MEP-subsidie en de SDE subsidie in de op appellante van toepassing zijnde situatie sprake is van eenzelfde soort steunintensiteit. Daarmee heeft verweerder evenmin voldoende onderbouwd waarom de aan appellante verleende SDE subsidie in de onderhavige zaak vergelijkbaar is met de MEP-subsidie voor 18 augustus 2006.
5.4 Het voorgaande leidt tot de conclusie dat het bestreden besluit van 8 juni 2009 niet voldoet aan de vereisten van artikel 7:12, eerste lid, Awb.
5.5 Ingevolge artikel 19, zesde lid, van de Wet bestuursrechtspraak bedrijfsorganisatie (hierna: Wbb) kan het College het bestuursorgaan opdragen een gebrek in het bestreden besluit te herstellen of te laten herstellen.
5.6 Overeenkomstig de op 1 januari 2010 in werking getreden Wet bestuurlijke lus ziet het College in het belang bij een spoedige beëindiging van het geschil aanleiding verweerder op grond van artikel 19, zesde lid, van de Wbb op te dragen het gebrek in het bestreden besluit te herstellen. Verweerder dient hiertoe het besluit van 8 juni 2009 te voorzien van een deugdelijke motivering dan wel een ander besluit te nemen. Hiertoe zal een termijn worden gesteld.
5.7 Nadat het besluit van 8 juni 2009 is hersteld of vervangen zal op het beroep tegen het besluit van 23 november 2007 worden beslist. In de einduitspraak zal tevens worden beslist over de proceskosten en vergoeding van het griffierecht.