5. De beoordeling van het geschil
5.1 Bij de beoordeling van het beroep stelt het College voorop dat appellant niet heeft bestreden dat de bij het bestreden besluit gehandhaafde heffingen zijn opgelegd in overeenstemming met de Regeling tarieven I&R. Het betoog van appellant strekt ertoe dat de door verweerder vastgestelde tarieven, op basis waarvan de heffingen zijn opgelegd, in strijd zijn met het recht van de Europese Unie.
5.2 Voor de beoordeling van het beroep is van belang dat verordening (EG) 1760/2000 verplicht tot vaststelling van een identificatie- en registratieregeling voor runderen. Deze regeling omvat oormerken om dieren individueel te identificeren, gecomputeriseerde gegevensbestanden, dierpaspoorten en individuele registers op elk bedrijf. Ingevolge artikel 9 van verordening (EG) 1760/2000 kunnen de lidstaten bepalen dat de kosten die zijn verbonden aan deze regeling en aan de controles, bedoeld in titel I van deze verordening, in rekening worden gebracht aan de houders.
5.3 Wat betreft de vraag of de heffingen waarop het bestreden besluit ziet, moeten worden gekwalificeerd als een verboden heffing van gelijke werking als een douanerecht dan wel als een verboden discriminerende binnenlandse belasting, zij eraan herinnerd, dat volgens vaste rechtspraak van het Hof van Justitie (zie, onder meer, arrest van het Hof van Justitie van 17 juli 1997, Haahr Petroleum, C-90/94, Jur. blz. I-4085, punt 19) de bepalingen betreffende heffingen van gelijke werking en die betreffende discriminerende binnenlandse belastingen niet cumulatief toepasselijk zijn, zodat eenzelfde heffing in het systeem van het Verdrag niet gelijktijdig tot beide categorieën kan behoren.
Een heffing kan worden gekwalificeerd als een door artikel 25 EG (thans: artikel 30 VWEU) verboden heffing van gelijke werking als een douanerecht, indien het betreft een eenzijdig opgelegde geldelijke last ongeacht de benaming of structuur ervan, die wegens grensoverschrijding over goederen worden geheven en geen douanerecht stricto sensu is (onder meer arrest Haahr Petroleum, reeds aangehaald, punt 20).
Ingevolge artikel 4, lid 1, verordening (EG) 1760/2000 worden dieren, als gedefinieerd in artikel 2 van deze verordening, geïdentificeerd met een door de bevoegde autoriteit goedgekeurd merk in elk oor. Dieren afkomstig uit een andere lidstaat behouden, blijkens artikel 4, lid 4, verordening (EG) 1760/2000 hun oorspronkelijke oormerk. Iedere lidstaat dient ingevolge artikel 5 verordening (EG) 1760/2000 een gecomputeriseerd nationaal gegevensbestand op te zetten waarin de identiteit van het dier, alle bedrijven op het grondgebied van de lidstaat en alle verplaatsingen van dieren worden opgenomen. Uit artikel 2 Regeling tarieven I&R blijkt dat het jaarlijks verschuldigde bedrag betrekking heeft op het voorhanden of in voorraad hebben van runderen, dat dit bedrag verschuldigd is door de houder van deze runderen en dat de hoogte van dit bedrag bestaat uit een vast bedrag per aan de houder toegekend UBN alsmede een bedrag afhankelijk van het aantal runderen waarbij onderscheid wordt gemaakt naar gelang het rund op het bedrijf van de houder is geboren, is aangevoerd vanuit Nederland of is aangevoerd uit het buitenland. De identificatie- en registratieregeling voor runderen - tot financiering waarvan het bedrag dat de houder verschuldigd is strekt - betreft alle runderen ongeacht of zij binnenslands worden geboren, worden aangevoerd of worden aangevoerd uit het buitenland hetgeen bevestigt dat, anders dan appellant betoogt, sprake is van een samenhangend stelsel van heffingen en dat de component van het verschuldigde bedrag dat betreft de aanvoer van runderen uit het buitenland, niet als bedrag in verband met deze aanvoer doch in verband met de door verordening (EG) 1760/2000 verplichte registratie van deze runderen in het nationale gegevensbestand, wordt geheven. Zoals door verweerder gesteld kan artikel 2, lid 2, aanhef en onder c, Regeling tarieven I&R ook worden gelezen als rund dat niet in Nederland is geregistreerd, omdat een rund dat is aangevoerd vanuit Nederland ingevolge de geboorte in het nationale gegevensbestand is opgenomen terzake waarvan ingevolge artikel 2, lid 2, aanhef en onder a, Regeling tarieven I&R een bedrag is verschuldigd. Ook hierdoor wordt bevestigd dat artikel 2 Regeling tarieven I&R een onderling samenhangend systeem vormt dat samenhangt met de verplichting uit hoofde van verordening (EG) 1760/200 en dat het “scherp onderscheid” dat volgens appellant kan worden gemaakt tussen het voor alle runderen geldende tarief en het voor geïmporteerde runderen geldende additionele bestanddeel, deze samenhang miskent. Uit dit een en ander blijkt dat de jaarlijks verschuldigde heffing is verschuldigd terzake van het voorhanden of in voorraad hebben van runderen ongeacht de herkomst van de runderen zodat het verschuldigde bedrag niet uitsluitend betreft ingevoerde runderen. Bovendien is van belang dat het bedrag dat berekend is op basis van het aantal runderen dat wordt aangevoerd uit het buitenland, integraal deel uitmaakt van het tarief dat de houder van de dieren jaarlijks verschuldigd is en daarnaast geen zelfstandige betekenis heeft. Deze omstandigheid brengt dan ook niet mee dat het bedrag dat is verschuldigd ter zake van het voorhanden of in voorraad hebben van één of meer runderen, een bedrag is dat is verschuldigd ter zake van grensoverschrijding zodat het verschuldigde bedrag daarom niet kan worden gekwalificeerd als een heffing van gelijke werking in het verkeer tussen de lidstaten onderling. Derhalve is de vraag aan de orde of het jaarlijks verschuldigde bedrag ter zake van het voorhanden of het in voorraad hebben van runderen, verenigbaar is met artikel 90 EG (thans: artikel 110 VWEU).
5.5 Volgens vaste rechtspraak van het Hof van Justitie is een belastingstelsel slechts verenigbaar met artikel 90 EG als het zodanig is ingericht dat hoe dan ook is uitgesloten dat ingevoerde producten zwaarder worden belast dan soortelijke binnenlandse producten (zie onder meer arrest van het Hof van Justitie van 17 juni 1998, Grundig Italiana, C-68/96, Jur. blz. I-3775, punt 12 en arrest van het Hof van Justitie van 3 februari 2000, C. Dounias, C-228/98, Jur. blz. I-577, punt 40). Volgens eveneens vaste rechtspraak van het Hof van Justitie wordt artikel 90 EG geschonden als de belasting op het ingevoerde product en die op het soortgelijke nationale product op verschillende wijze en volgens verschillende modaliteiten worden berekend, waardoor het ingevoerde product, zij het slechts in sommige gevallen, hoger wordt belast (zie onder meer arrest van het Hof van 23 oktober 1997, Commissie/Griekenland, C-375/95, Jur. blz. I-5981, punten 20 en 29; arrest van het Hof van Justitie van 2 april 1998, Outokumpu, C-213/96, Jur. blz. I-1777, punt 34, arrest van het Hof van Justitie van 22 februari 2001, Gomes Valente, C-393/98, Jur. blz. I-1327, punt 21, arrest van het Hof van Justitie van 29 april 2004, Weigel, C-387/01, Jur. blz. I-4981, punt 67). Bijgevolg kan de Regeling tarieven I&R enkel worden geacht in overeenstemming te zijn met artikel 90 EG als vaststaat dat het daarin neergelegde stelsel zodanig is ingericht, dat in alle gevallen is uitgesloten dat het houden van een rund zwaarder wordt belast indien het betreft een rund aangevoerd uit een andere lidstaat dan wanneer het gaat om een rund dat is aangevoerd vanuit Nederland. De enkele omstandigheid dat belastingen op het ingevoerde product en het gelijksoortige nationale product op verschillende wijze worden berekend brengt om deze reden op zich niet reeds mee dat deze heffing onverenigbaar is met artikel 90 EG (vergelijk arrest van het Hof van 26 juni 1991, Commissie/Luxemburg, C-152/89, Jur. blz. I-3141, met name punten 20 en 21).
5.6 Het College is van oordeel dat de Regeling tarieven I&R, voor zover aan de orde, aan deze voorwaarde voldoet. Het houden van een rund anders dan afkomstig uit het buitenland wordt belast terzake van de registratie bij de geboorte van het rund en vervolgens nogmaals belast, indien het wordt aangevoerd uit Nederland. Het verschuldigde bedrag per rund bedraagt aldus € 1,980 per rund dat is geboren in Nederland maar vervolgens niet is aangevoerd bij een andere houder en € 1,980 vermeerderd met € 0,087 is € 2,067 per rund als het na de geboorte in Nederland is aangevoerd bij een andere houder in Nederland. In beide gevallen is dit bedrag hoger dan het bedrag dat in aanmerking wordt genomen terzake van het houden van een rund aangevoerd uit het buitenland, in welk geval het verschuldigde bedrag € 0,962 bedraagt. Hierbij is van belang dat de Regeling tarieven I&R niet geïsoleerd kan worden beschouwd van de verplichting van verweerder ingevolge verordening (EG) 1760/2000 om runderen die worden aangevoerd uit andere landen in het nationale gegevensbestand op te nemen, terwijl deze verordening niet in die verplichting voorziet als de betreffende runderen - na hun geboorte - zijn opgenomen in het nationale gegevensbestand van een andere lidstaat zodat verweerder zijn verplichtingen ingevolge verordening (EG) 1760/2000 zou verzaken als hij van opname in het nationale gegevensbestand zou afzien. Zowel bij geboorte als bij aanvoer van een rund uit het buitenland betreft het een eerste registratie van het betreffende rund in het nationale gegevensbestand. Het verschuldigde bedrag wordt derhalve voor nationale runderen en uit een andere lidstaat aangevoerde runderen vastgesteld volgens dezelfde, door de doelstelling van de heffing objectief gerechtvaardigde maatstaven. Hierbij is voorts van belang dat verweerder in het tarief per rund dat is aangevoerd uit het buitenland tot uitdrukking brengt dat voor opname in het nationale I&R systeem noodzakelijke gegevens (voor een deel) kunnen worden verkregen door samenwerking met beheerders van nationale gegevensbestanden in andere lidstaten en dat daardoor de registratie van runderen die in het gegevensbestand van een andere lidstaat waren opgenomen minder inspanningen van verweerder vergt dan het opnemen in het nationale systeem van runderen na hun geboorte (vergelijk arrest van het Hof van Justitie van 28 januari 1981, Kortmann, 32/80, Jur. blz. 251, punt 24).
5.7 De stelling van appellant dat het bestreden besluit in strijd is met het marktordeningsrecht, omdat het tariefverschil tussen aanvoer van runderen vanuit Nederland en aanvoer van runderen uit het buitenland niet wordt gerechtvaardigd door artikel 9 verordening (EG) 1760/2000 moet worden verworpen voor zover zij berust op het uitgangspunt dat sprake is van een heffing van gelijke werking als een invoerrecht op de gronden als hiervoor vermeld. Voor zover deze stelling berust op het argument dat aan deze bepaling niet de bevoegdheid kan worden ontleend om de kosten van de visuele controles op discriminerende wijze ten laste van de import te brengen moet zij worden verworpen omdat zij berust op de zoals hiervoor overwogen, onjuiste opvatting dat het tarief terzake van de aanvoer van runderen uit het buitenland zonder meer op één lijn kan worden gesteld met het tarief ter zake van een rund dat is aangevoerd vanuit Nederland. Voor zover appellant betoogt dat aan artikel 9 verordening (EG) 1760/2000 niet de bevoegdheid kan worden ontleend tot visuele controles op runderen aangevoerd uit het buitenland is van belang dat deze verordening, voor zover hier van belang, voor elke lidstaat de verplichting bevat tot vaststelling van een identificatie- en registratieregeling voor runderen. Deze regeling beoogt onder meer de traceerbaarheid van deze dieren en rundvleesproducten te verbeteren (overwegingen 4, 5 en 8 van de preambule verordening (EG) 1760/2000). Ter bereiking van deze doelstelling is het absoluut noodzakelijk dat de identificatie- en registratieregeling voor runderen steeds volledig doeltreffend en betrouwbaar is, met name om de bevoegde autoriteit in staat te stellen bij uitbraak van een dierziekte de herkomst van en dier snel te traceren en onmiddellijk de nodige maatregelen te treffen ter vermijding van elk risico voor de volksgezondheid (arrest van het Hof van Justitie van 24 mei 2007, Schonewille-Prins, C-45/05, Jur. blz. I-3997, punt 41). Artikel 22, lid 1, verordening 1760/2000 verplicht lidstaten de nodige maatregelen te nemen om de naleving van deze verordening te garanderen. Ingevolge artikel 22, lid 6, verordening (EG) 1760/2000 heeft de Commissie bij verordening (EG) 1082/2003 nadere bepalingen ter uitvoering van dit voorschrift vastgesteld. In verordening (EG) 1082/2003 is bepaald dat de in de identificatie- en registratieregeling voor runderen vastgestelde controles voldoen aan de in artikelen 2 tot en met 5 van deze verordening vastgestelde minimumpeilen om een passende uitvoering van de identificatie- en registratieregeling voor runderen te garanderen (artikel 1 en overweging 2 van de preambule, verordening (EG) 1082/2003). Uit het samenstel van deze bepalingen blijkt dat lidstaten verplicht zijn alle nodige maatregelen te nemen om te komen tot een effectieve identificatie- en registratieregeling. Deze verplichting is niet beperkt tot hetgeen is geëxpliciteerd in verordening (EG) 1082/2003 aangezien hierin slechts is vastgelegd het minimale peil van de nodige maatregelen. Lidstaten zijn verplicht maatregelen vast te stellen die nodig zijn voor een regeling die steeds volledig doeltreffend en betrouwbaar is, ook indien zij uitgaan boven het peil dat is voorzien in verordening (EG) 1082/2003. De werkzaamheden die verweerder verricht terzake van runderen aangevoerd uit het buitenland zijn dus niet vanwege de omstandigheid dat zij niet uitdrukkelijk zijn voorzien in verordening (EG) 1082/2003 in strijd met deze verordening of anderszins ontoelaatbaar. Niet is aannemelijk geworden dat de bedoelde werkzaamheden in redelijkheid niet zouden kunnen worden aangemerkt als maatregelen die nodig zijn om de naleving van verordening (EG) 1760/2000 te garanderen zodat het College niet aannemelijk acht dat het betreft maatregelen waartoe de lidstaat ingevolge artikel 22 verordening (EG) 1760/2000 niet gehouden was. Aangezien deze verplichting deel uitmaakt van het toepasselijke marktordeningsrecht en verordening (EG) 1760/2000 uitdrukkelijk bepaalt dat lidstaten de kosten verbonden aan de identificatie- en registratieregelingen en aan de bedoelde controles in rekening kunnen brengen aan de houders, is het College van oordeel dat de stelling dat het in rekening brengen van deze kosten in strijd zou zijn met het marktordeningsrecht, ongegrond is.
5.8 Het beroep moet derhalve ongegrond worden verklaard.
5.9 Voor een proceskostenveroordeling bestaat geen aanleiding.