5. De beoordeling van het geschil
5.1 Ter zitting heeft appellante met een beroep op het arrest Sopropé het primaire standpunt ingenomen dat haar rechten van verdediging zijn geschonden, omdat zij niet in de gelegenheid is gesteld te reageren op verweerders voornemen over te gaan tot intrekking en terugvordering van uitbetaalde restituties. Het College is van oordeel dat deze beroepsgrond te laat is ingediend en niet bij de beoordeling kan worden betrokken. Appellante heeft niet gesteld dat en verklaard waarom zij deze grond niet eerder, in het (aanvullend) beroepschrift had kunnen aanvoeren. Afgezien hiervan treft de stelling van appellante geen doel. Onderwerp van geschil in deze procedure is of verweerder bij besluit van 3 februari 2009 terecht zijn beslissing heeft gehandhaafd waarbij het verzoek van appellante terug te komen van het besluit van 13 september 1999 is afgewezen. De beslissing van verweerder van 12 april 1996 is in deze procedure niet aan de orde en valt buiten de omvang van het geding, zodat grieven tegen dit besluit ook om die reden geen doel kunnen treffen.
5.2 Met betrekking tot de stelling dat verweerder, gelet op latere jurisprudentie van het Hof van Justitie, gehouden was het besluit van 13 september 1999 te herzien, oordeelt het College als volgt.
Uit vaste jurisprudentie van het Hof van Justitie, waaronder het eerdergenoemde arrest van het Hof van Justitie in de zaak Willy Kempter KG, blijkt dat lidstaten op grond van het rechtszekerheidsbeginsel mogen eisen dat een verzoek tot heronderzoek en intrekking van een definitief geworden bestuursbesluit dat in strijd is met het gemeenschapsrecht, zoals later door het Hof van Justitie uitgelegd, binnen een redelijke termijn wordt ingediend bij het bevoegde bestuursorgaan.
Met betrekking tot de vraag of het onderhavige verzoek binnen een redelijke termijn is ingediend sluit het College aan bij de jurisprudentie (vergelijk onder meer de uitspraak van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State van 16 maart 1999, H01.98.1833, onder meer gepubliceerd in AB 1999/214) inzake een verzoek tot herziening van een definitief onherroepelijk geworden rechterlijke uitspraak. Volgens deze jurisprudentie mag een verzoek tot herziening niet onredelijk laat worden ingediend.
Het verzoek om terug te komen van het besluit van 13 september 1999 is ingediend naar aanleiding van het arrest Emsland-Stärke van 14 december 2000. De (toenmalige) gemachtigde van appellante was, naar moet worden aangenomen nu dit niet wordt bestreden, korte tijd later met dit arrest bekend. Het verzoek om terug te komen van het besluit van 13 september 1999 is bij brief van 9 mei 2003 gedaan, derhalve meer dan 28 maanden na de uitspraak van het Hof van Justitie. Naar het oordeel van het College is dit onredelijk laat. Van bijzondere omstandigheden die de te late indiening van het verzoek zouden kunnen rechtvaardigen is het College niet gebleken. Daartoe kan niet dienen dat appellante de nationale implementatie van het arrest Emsland-Stärke wilde afwachten alvorens een verzoek tot heroverweging in te dienen.
Nu het verzoek onredelijk laat is ingediend, en verweerder het verzoek om terug te komen van zijn besluit van 13 september 1999 alleen al om die reden terecht heeft afgewezen, behoeven de andere grieven van appellante geen bespreking.
5.3 Het College ziet geen aanleiding voor een proceskostenveroordeling.