5. De beoordeling van het geschil
5.1 Het College stelt vast dat uit de Gecombineerde opgave niet blijkt dat appellante gebruik wilde maken van haar toeslagrechten. Appellante heeft derhalve met het indienen van de Gecombineerde opgave geen steunaanvraag gedaan. Eerst met het verzoek tot uitbetaling van de toeslagrechten van 11 december 2006 heeft appellante de steunaanvraag gedaan.
5.2 Nu ten tijde van het indienen van de steunaanvraag op 11 december 2006 sprake was van een termijnoverschrijding van meer dan 25 kalenderdagen, dient op grond van artikel 21, eerste lid, laatste volzin, van Verordening (EG) nr. 796/2004 de aanvraag te worden afgewezen.
5.3 Voorzover appellante zich beroept op het bestaan van een kennelijke fout in de door verweerder op 12 mei 2006 ontvangen Gecombineerde opgave – in die zin dat duidelijk moet zijn geweest dat wel beoogd is het gebruik van de toeslagrechten te vragen – ziet zij er aan voorbij dat de vraag of sprake is van een kennelijke fout als bedoeld in artikel 19 van Verordening (EG) nr. 796/2004, gelet op de bewoordingen van dat artikel, eerst aan de orde is als een steunaanvraag is ingediend.
Nu met de op 12 mei 2006 ontvangen Gecombineerde opgave geen verzamelaanvraag en dus geen steunaanvraag is gedaan, is voor de beoordeling of sprake is van een kennelijke fout als bedoeld in artikel 19 van Verordening (EG) nr. 796/2004 in die Gecombineerde opgave geen plaats.
5.4 Verweerder heeft in situaties dat de landbouwer niet met een kruisje aangaf zijn toeslagrechten te willen gebruiken, maar tegelijk in dezelfde Gecombineerde opgave op andere wijze onmiskenbaar aangaf wel uitbetaling van de bedrijfstoeslag te wensen, aangenomen dat een aanvraag tot uitbetaling van de bedrijfstoeslag is gedaan. Ten onrechte trekt appellante daaruit de conclusie dat haar Gecombineerde opgave, waaruit op geen enkele wijze blijkt dat zij beoogde daarmee bedrijfstoeslag te vragen, ook als aanvraag had moeten worden aangemerkt.
5.5 Aangaande appellantes beroep op de door PZ gevolgde handelwijze om melkveehouders die verzuimd hadden om tijdig aan te kruisen dat zij uitbetaling van melkpremie wensten, te bellen en in de gelegenheid te stellen dit verzuim te herstellen, overweegt het College als volgt.
Allereerst geldt dat appellante verweerders betoog dat medewerkers van de Dienst Regelingen niet betrokken waren bij de gang van zaken rond de melkveehouders die eind 2006 door PZ zijn benaderd met de vraag of zij echt geen melkpremie wilden aanvragen, niet heeft weersproken. Hetzelfde geldt voor verweerders uiteenzetting dat PZ, als betaalorgaan van de melkpremie, zelfstandig en zonder inmenging van verweerder over de aanvragen voor uitbetaling van melkpremie heeft beslist. Het College ziet geen aanleiding om te twijfelen aan de door verweerder ter zake gegeven uiteenzetting.
Tegen deze achtergrond is er geen grondslag voor het oordeel dat verweerder, die ter zake een eigen verantwoordelijkheid heeft, in strijd met het recht gehandeld zou hebben door de handelwijze van PZ niet te volgen. Appellantes beroep op het gelijkheidsbeginsel faalt derhalve.
5.6 Het beroep dat appellante doet op het feit dat zij pas in november 2006 vernam dat toeslagrechten met bijzondere voorwaarden waren vastgesteld, kan niet slagen.
Uit de vraagstelling in de Gecombineerde opgave, de brochure daarbij en het door verweerder – aan het College ambtshalve bekende – verspreide voorlichtingsmateriaal kon appellante niet afleiden dat zij de vraag of zij haar toeslagrechten wenste te gebruiken, niet mocht invullen, zo lang zij geen besluit tot vaststelling van toeslagrechten had ontvangen. Verweerder heeft immers steeds uitdrukkelijk aangegeven dat iedere landbouwer op het moment dat hij de Gecombineerde opgave zou invullen nog geen besluit zou hebben ontvangen op zijn aanvraag vaststelling toeslagrechten (zie onder meer de brochure bij de Gecombineerde opgave, pagina 9). Dit betekent dat de uitbetaling van bedrijfstoeslag 2006 in alle gevallen diende te worden aangevraagd op basis van nog niet definitief vastgestelde toeslagrechten.
Voorzover appellante niettemin twijfelde of zij uitbetaling kon vragen van de nog niet vastgestelde toeslagrechten met bijzondere voorwaarden, had het op haar weg gelegen bij verweerder of anderszins nadere informatie te vragen. Dat appellante er voor heeft gekozen om op basis van haar veronderstelling dat een aanvraag nog niet mogelijk zou zijn, geen aanvraag in te dienen, dient voor haar risico te komen.
5.7 Voorzover appellante met haar betoog dat zij door het niet ontvangen van de bedrijfstoeslag onevenredig zwaar wordt getroffen, een beroep op het evenredigheidsbeginsel, zoals opgenomen in artikel 3:4 van de Awb, heeft willen doen, kan dit niet slagen.
De belangenafweging die in dit verband dient plaats te vinden, wordt ingevolge het eerste lid van dit artikel beperkt voorzover dit voortvloeit uit een wettelijk voorschrift. Zoals hiervoor is overwogen, was verweerder op grond van de toepasselijke Europese regels gehouden de aanvraag af te wijzen nu deze te laat was ingediend en niet gesteld is dat dit te wijten is aan overmacht.
Voorzover deze grief mede betrekking heeft op de mededeling ten overvloede in het bestreden besluit dat het gedeelte van de toeslagrechten afkomstig uit de nationale reserve vervalt aan de nationale reserve, merkt het College het volgende op. Het gaat hier om een mededeling van feitelijke aard, die is gedaan buiten het in beroep bestreden besluit tot ongegrondverklaring van appellantes bezwaar tegen de afwijzing van haar aanvraag bedrijfstoeslag op grond van de Regeling en derhalve in deze procedure niet ter beoordeling kan worden voorgelegd. Overigens heeft appellante ter zitting van 1 juli 2009 een besluit van 31 maart 2009 overgelegd, waaruit blijkt dat verweerder de vervallen verklaarde toeslagrechten per 15 mei 2007 weer aan appellante heeft toegekend.
5.8 Het College komt tot de slotsom dat het beroep ongegrond dient te worden verklaard.
Voor het toekennen van een proceskostenveroordeling ziet het College geen aanleiding.