3. De beoordeling van het geschil
3.1 Het College verwijst naar hetgeen reeds in de verwijzingsuitspraak is overwogen. In het bijzonder wijst het College erop dat in de verwijzingsuitspraak is overwogen dat het besluit van de Directeur RVV tot verdachtverklaring, vaccinatie en doding van de evenhoevige dieren op het bedrijf van appellant is gegrond op de besmetverklaring van de dieren op het bedrijf van C te B. Deze besmetverklaring was gebaseerd op de inhoud van een door de RVV van het onderzoekslaboratorium I.D. Lelystad B.V. (hierna: ID-Lelystad) ontvangen faxbericht van 28 maart 2001. Het College heeft geoordeeld - samengevat weergegeven - (-) dat de grief van appellant dat ten onrechte de aan verweerders ministerie gemelde klinische verschijnselen van mkz van invloed zijn geweest op het besluit van verweerder inzake de besmetverklaring van de dieren op het bedrijf van C, geen doel treft, (-) dat het College geen aanknopingspunt heeft kunnen vinden voor de juistheid van de stelling dat ID-Lelystad de resultaten van de laboratoriumonderzoeken anders heeft geïnterpreteerd dan zij zonder de op het formulier vermelde anamnese zou hebben gedaan, (-) dat het College voldoende aannemelijk acht dat zowel het heparinemonster als de ingezonden kalverkop afkomstig zijn van één en hetzelfde kalf met levensnummer 2979 3247 1, en dat dit kalf op 20 en 22 maart 2001 op het bedrijf van C was gestald, (-) dat verweerder voldoende aannemelijk heeft gemaakt dat bij het opmaken van het secundaire dossier bij de RVV en de verwerking daarin van de van ID-Lelystad afkomstige gegevens, administratieve fouten zijn gemaakt waardoor de besmet bevonden monsters ten onrechte als negatief getest voor mkz zijn ingeboekt, alsmede dat de naderhand opgemaakte RVV-gegevens geen invloed hebben gehad op de besluitvorming, (-) dat contaminatie of verwisseling van de door ID-Lelystad besmet bevonden monsters niet aannemelijk is te achten, (-) alsmede dat de procedures niet volgens de in het draaiboek mkz neergelegde procedures zijn verlopen het bestreden besluit niet onrechtmatig maakt.
In de verwijzingsuitspraak heeft het College er voorts opgewezen dat in de zaken AWB 02/392, 02/1824, 02/1853 de rechtmatigheid van besluiten die juridisch vergelijkbaar zijn met het thans bestreden besluit, is betwist op gronden ontleend aan het gemeenschapsrecht, hetgeen ertoe heeft geleid dat het College in die zaken bij uitspraak van 18 januari 2005 (<www.rechtspraak.nl> LJN AS3610) prejudiciële vragen heeft gesteld aan het Hof van Justitie. Deze gronden betroffen - samengevat weergegeven - de status en de bevoegdheid van ID-Lelystad in verband met de omstandigheid dat dit laboratorium niet is vermeld op bijlage B bij richtlijn 85/511/EEG. Omdat deze gronden niet door appellanten zijn aangevoerd, liggen zij naar nationaal recht bezien buiten de grenzen van de geschillen, zoals die ter beslissing aan het College zijn voorgelegd. Dit heeft ertoe geleid dat het College bij de verwijzingsuitspraak prejudiciële vragen heeft gesteld aan het Hof van Justitie, die in de eerste plaats betrekking hebben op een mogelijkerwijs uit het gemeenschapsrecht voortvloeiende verplichting tot ambtshalve toetsing aan gronden die zijn ontleend aan richtlijn 85/511/EEG. De beantwoording van die vragen door het Hof van Justitie en de daarop gegeven reactie van partijen geven het College aanleiding het volgende te overwegen.
3.2 Gelet op de door het Hof van Justitie gegeven antwoorden op de prejudiciële vragen in de verwijzingsuitspraak, vloeit uit het gemeenschapsrecht niet de verplichting voort om bedoelde gronden ambtshalve bij het geschil, dat door partijen aan het College is voorgelegd, te betrekken en te beoordelen.
Het College is voorts van oordeel dat de uitspraak van 9 september 2008 (<www.rechtspraak.nl> LJN BF0067), die is gedaan met toepassing van de antwoorden van het Hof van Justitie op de prejudiciële vragen die zijn gesteld bij meergenoemde uitspraak van 18 januari 2005, neergelegd in het arrest 15 juni 2006 (C-28/05), betekenis heeft voor onderhavige zaak. Immers, in deze uitspraak is geoordeeld (-) dat de Directeur RVV weliswaar op grond van de inhoud van het in die zaken van belang zijnde faxbericht van ID-Lelystad van 28 maart 2001 gehouden was tot het onverwijld nemen van maatregelen, zonder dat de betrokken veehouders vooraf in de gelegenheid behoefden te worden gesteld kennis te nemen van de feiten en omstandigheden waarop de in dat faxbericht vervatte uitslag van het laboratoriumonderzoek was gebaseerd en daarop te reageren, doch (-) dat het beginsel van eerbiediging van rechten van de verdediging met zich brengt dat zij in het kader van de behandeling van hun tegen die maatregelen ingediende bezwaarschriften die gelegenheid alsnog dienden te krijgen.
3.3 In de bezwaarprocedure die door appellant aanhangig is gemaakt naar aanleiding van de maatregelen die verweerder had genomen vanwege de besmetverklaring van de dieren op het bedrijf van C, heeft appellant gesteld dat uit de verstrekte informatie van verweerder en ID-Lelystad niet blijkt dat in B mkz op correctie wijze is vastgesteld. Hierin was naar het oordeel van het College te meer aanleiding gelegen om appellant eerderbedoelde gelegenheid te bieden kennis te nemen van feiten en omstandigheden waarop de in het faxbericht van 28 maart 2001 vervatte uitslag van het laboratoriumonderzoek was gebaseerd en daarop te reageren, aangezien destijds reeds duidelijk was dat in de omgeving van dat bedrijf in B beroering was ontstaan die verband hield met de twijfel aan de daadwerkelijke aanwezigheid van mkz op dat bedrijf, waarbij ook de juistheid van de laboratoriumdiagnostiek door ID-Lelystad in twijfel werd getrokken. In dat kader was de Stichting Onderzoek MKZ Crisis Kootwijkerbroek opgericht en had zij activiteiten ontplooid teneinde meer duidelijkheid te verkrijgen over de gang van zaken rond de vaststelling van die besmetting. Ook was reeds voorafgaand aan het nemen van de bestreden besluiten ID-Lelystad geconfronteerd geweest met een verzoek om verstrekking van de laboratoriumgegevens op grond van de Wet openbaarheid van bestuur, welke informatie door ID-Lelystad was geweigerd. Daarnaast was in verschillende voorlopige voorzieningsprocedures bij de president van het College, als uiting van deze bij betrokkenen in B bestaande gevoelens, reeds aanstonds na het nemen van de maatregelbesluiten twijfel naar voren gebracht aangaande de juistheid van de uitslag van de laboratoriumonderzoeken (onder meer in zaken <www.rechtspraak.nl> AWB 01/300-1, LJN AB1544, en AWB 01/228, LJN AB1026). Hetgeen appellant in bezwaar heeft aangevoerd moet mede bij dit licht worden bezien.
Niettegenstaande dit alles, is appellant niet de gelegenheid geboden kennis te nemen van bedoelde laboratoriumgegevens, die weliswaar niet bij verweerder maar bij ID-Lelystad aanwezig waren, doch waarover verweerder wel de beschikking had kunnen krijgen.
Gelet op hetgeen het Hof van Justitie in meergenoemd arrest van 15 juni 2006 heeft overwogen en voor recht heeft verklaard, moet worden geoordeeld dat appellant ten onrechte die gelegenheid is onthouden en dat hem ook ten onrechte de gelegenheid is onthouden op die gegevens te reageren. Hoewel aan de zijde van verweerder in de bezwaarprocedure de nodige inspanningen zijn verricht om aan te tonen dat de monsterneming en het daarop volgende onderzoek zo zorgvuldig mogelijk hebben plaatsgevonden, en om aannemelijk te maken dat de door ID-Lelystad uitgevoerde laboratoriumtesten betrouwbaar zijn, ontbreken de voor de beoordeling van de gang van zaken met betrekking tot de laboratoriumdiagnostiek in concreto vereiste gegevens, zoals die - naar mag worden aangenomen - zijn neergelegd in de onderzoeksdossiers van het laboratorium.
3.4 Gelet op het vorenstaande is het College van oordeel dat van de zijde van verweerder bij de voorbereiding van het bestreden besluit, in strijd met het bepaalde in artikel 3:2 van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb), niet de nodige kennis omtrent de relevante feiten en de af te wegen belangen is vergaard. Deze kennis betreft zowel de hiervoor bedoelde gegevens als de reactie van appellant daarop (en onderbouwing daarvan).
Om deze reden zal het College het beroepen gegrond verklaren en het bestreden besluit vernietigen.
Verweerder zal worden opgedragen met inachtneming van deze uitspraak opnieuw op de bezwaren van appellant te beslissen. Het College wijst erop dat verweerder appellant in het kader van de heropende bezwaarprocedure alsnog in de gelegenheid zal moeten stellen kennis te nemen van de onderzoeksgegevens van ID-Lelystad en daarop te reageren. Verweerder zal zich aan de hand van die gegevens en eventueel daarop te geven reactie een oordeel behoren te vormen over de gang van zaken in het laboratorium en de juistheid van de in het faxbericht van 28 maart 2008 gegeven uitslag. De in de onderhavige procedure reeds door het College beslechte kwesties kunnen niet opnieuw voorwerp van discussie zijn.
3.5 Het College acht voorts termen aanwezig voor een proceskostenveroordeling met toepassing van artikel 8:75 Awb. De kosten van door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand worden op de voet van het Besluit proceskosten bestuursrecht (hierna: Bpr) vastgesteld op € 483,--. Daarbij is uitgegaan van 1 procespunt (ad € 322,-- per punt) voor de procedure in beroep (appellant is alleen ter zitting op 24 maart 2009 bij het College bijgestaan door een derde die beroepsmatig rechtsbijstand heeft verleend) en is het gewicht van de zaak op zwaar gesteld (wegingsfactor 1,5).