3. De beoordeling van het beroep
3.1 In de bestreden tuchtbeslissing is overwogen dat de eerste toetsing van het kantoor van appellant - onder de naam Accountantskantoor A, gedreven als eenmanszaak - in 2001 heeft plaatsgevonden, onder de werking van de Verordening Collegiale Toetsing (hierna: VCT). In 2004 en 2005 zijn hertoetsingen uitgevoerd. De raad van tucht houdt het er voor dat de in 2004 en 2005 uitgevoerde toetsingen zijn uitgevoerd op basis van de sinds 1 januari 2003 geldende Verordening op de Kwaliteitstoetsing (VK), al had dit op grond van de overgangsbepaling van de VK anders kunnen zijn. Aan de inhoud van de uitgevoerde toetsing doet dit niet af.
Het College is van oordeel dat de raad van tucht hiermee geen blijk heeft gegeven van een onjuiste opvatting omtrent de inhoud en strekking van artikel 25, eerste lid, van de VK. In dit verband verwijst het College naar zijn uitspraak van 20 december 2007 inzake AWB 06/705 (www.rechtspraak.nl, LJN BC2488). Voor gevallen als hier aan de orde, waarin de eerste toetsing is aangevangen onder de werking van de VCT en de (laatste) hertoetsing(en) heeft (hebben) plaatsgehad onder de werking van de VK, is uit deze uitspraak duidelijk dat, gelet op het in artikel 25, eerste lid, van de VK neergelegde overgangsrecht, op de procedurele afhandeling van de toetsing de VCT van toepassing blijft, doch dat wat betreft de materiële normstelling en de bevoegdheid van het toetsingscollege de VK onmiddellijke werking heeft. Het College heeft uit de stukken, hoewel deze op dit punt niet geheel eenduidig zijn, opgemaakt dat de procedurele afhandeling van de in het geval van appellant uitgevoerde toetsing heeft plaatsgevonden onder de werking van de VCT. De bij de toetsingen gehanteerde materiële normstelling komt overeen met de normstelling als neergelegd in de VK, waarin - evenals in de VCT - is voorzien in een open norm ten aanzien van de aan een intern stelsel van kwaliteitsbeheersing te stellen eisen. Hoewel de opvatting van de raad van tucht dat de beide hertoetsingen zijn uitgevoerd op basis van de VK derhalve niet (ten volle) wordt onderschreven, stelt het College vast dat bij de beide hertoetsingen een juiste toepassing aan het in de VK neergelegde overgangsrecht is gegeven.
3.2 Appellant heeft in zijn beroepschrift niet bestreden het oordeel van de raad van tucht dat vast staat dat de in 2001 uitgevoerde toetsing als uitkomst had dat hij - althans: het kantoor waarin hij optreedt - niet beschikte over een intern stelsel van kwaliteitsbeheersing dat voldeed aan de eraan te stellen eisen en dat bij de toetsingen in 2004 en 2005 - de laatste toetsing na indiening van een verbeterplan - wederom is vastgesteld dat het interne stelsel van kwaliteitsbeheersing niet voldeed. Weliswaar heeft appellant ter zitting van het College gesteld dat bij de hertoetsingen ten aanzien van bepaalde aspecten ruimte was voor twijfel en dat die twijfel ook wel in zijn voordeel hadden kunnen worden uitgelegd, maar met deze niet onderbouwde en, als gezegd, eerst ter zitting betrokken stelling, kan het resultaat van de hertoetsingen niet worden aangetast.
3.3 Het beroep richt zich tegen de opgelegde maatregel. Appellant acht de hem opgelegde maatregel "onzinnig" en voert daartoe aan dat klagers organisatie wordt gedomineerd door grote accountantskantoren die de eisen inzake dossiervastlegging en kwaliteitsbeheersing bepalen. Het kantoor van appellant houdt zich vrijwel uitsluitend bezig met samenstellingsopdrachten voor kleinere bedrijven en eenmanszaken en heeft daarnaast slechts twee beoordelingsopdrachten. Appellant stelt dat hij zijn praktijk, gezien de aard en omvang daarvan, op alleszins verantwoorde wijze voert en dat hij heeft voorzien in een waarnemingsovereenkomst met een andere registeraccountant voor het geval een van zijn relaties zou doorgroeien naar controleplicht. Bovendien heeft appellant zich door aansluiting bij Extendum verzekerd van een stevige partner op alle accountancy-gebieden. De eer van de stand wordt door de bedrijfsvoering van appellant niet bedreigd. De toetsing waaraan zijn kantoor onderworpen is geweest, gaat uit van de eisen die met name gesteld worden aan dossiervorming ten behoeve van controleopdrachten, maar aangezien die in appellants praktijk niet voorkomen wordt daaraan niet (ten volle) voldaan, hetgeen als een "zwaar vergrijp" is aangemerkt. Ten tijde van de toetsingen waren zaken als opdrachtbevestigingen en identificatie van oude relaties van het kantoor nog niet volledig gerealiseerd, maar inmiddels is daarin verbetering gebracht. Appellant wijst er op dat er binnen klagers organisatie discussie plaatsvindt over de problematiek van de kleine kantoren en initiatieven worden ontwikkeld om daaraan tegemoet te komen. Hij wijst onder andere op de aanbeveling van de commissie-Verdiessen om naar de inhoud en niet naar de formaliteit te kijken.
3.4 Deze grieven slagen niet. Appellant is gehouden er zorg voor te dragen dat het accountantskantoor waarin hij optreedt, beschikt over een intern stelsel van kwaliteitsbeheersing dat voldoet aan in Nederland algemeen aanvaarde normen voor de beroepsuitoefening. Deze verplichting was in artikel 3, eerste lid, van de VCT opgenomen en geldt thans op grond van artikel 2, eerste lid, van de VK. Aan het door appellant benadrukte gegeven dat zijn kantoor wordt gedreven als eenmanszaak met een naar aard en omvang beperkte praktijk, gericht op het kleinbedrijf, kan niet de betekenis toekomen dat hij niet, dan wel niet onverkort, deze verplichting behoort na te leven. De door appellant bedoelde discussie en initiatieven hebben tot dusverre niet geleid tot concrete resultaten. Appellant kan daaraan geen argumenten ontlenen, om het feit dat hij niet aan zijn verplichting voldoet, te rechtvaardigen.
3.5 Het College is van oordeel dat appellant ruimschoots tijd is gegund om, na de eerste toetsing in 2001, alsnog te voldoen aan de op hem rustende verplichting. Appellant is, na de hertoetsing in 2004 en het daarna opgestelde verbeterplan, blijkens de laatste toets in 2005 in gebreke gebleven met de naleving van zijn verplichting. Ter zitting van het College heeft appellant verklaard dat hij inmiddels wel verbeteringen in zijn praktijkvoering heeft doorgevoerd en dat hij nu aan de te stellen eisen kan voldoen. Appellant heeft deze stelling echter niet onderbouwd met gegevens en is er mede om die reden niet in geslaagd de juistheid van zijn stelling aannemelijk te maken. Bovendien laat zijn standpunt zich moeilijk rijmen met het feit dat hij zich, blijkens zijn brief van 11 september 2008 aan klagers gemachtigde, per 29 augustus 2008 heeft laten uitschrijven uit het accountantsregister.