5. De beoordeling van het geschil
5.1 Het College wijst er allereerst op dat in het onderhavige geschil enkel de oplegging aan appellante van oud-voor-nieuw verplichtingen in verband met het in de vaart brengen van de "Marla" ter discussie staat. De appellante in verband met het in de vaart brengen van het motorvrachtschip "Grindelwald" opgelegde oud-voor-nieuw verplichtingen zijn onderwerp van geschil in de uitspraken van het College van heden inzake AWB 04/69 en AWB 04/70.
5.2 Nu verweerder niet langer onverkort aan het bestreden besluit vasthoudt, moet het daartegen gerichte beroep gegrond worden verklaard en dient het bestreden besluit in zoverre worden vernietigd. Op grond van de artikelen 6:18 en 6:19 van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb) wordt het beroep tegen het bestreden besluit van 23 december 2003 mede gericht geacht tegen het besluit van 16 november 2005, waarmee het bestreden besluit van 23 december 2003 is gewijzigd.
5.3 Het College verwerpt het betoog van appellante dat zij erop mocht vertrouwen dat de oud-voor-nieuw regeling van Verordening (EEG) nr. 1101/89, die op 28 april 1999 afliep, niet door een nieuwe verordening met gelijksoortige verplichtingen zou worden opgevolgd. Het College verwijst hiervoor naar paragraaf 5.1 van zijn uitspraak van 25 februari 2005 (AWB 03/1179, <www.rechtspraak.nl>, LJN: AT1003).
5.4 Het betoog van appellante inzake de bevoegdheid van verweerder wordt eveneens verworpen met verwijzing naar de uitspraak van 25 februari 2005 (AWB 03/1180, <www.rechtspraak.nl>, LJN: AT1035), in het bijzonder naar paragraaf 5.3 daarvan.
5.5 Het College heeft niet kunnen constateren dat appellante door het instellen van bezwaar of beroep in een ongunstiger situatie is komen te verkeren dan die waarin zij had verkeerd als zij dit achterwege had gelaten. Bij het primaire besluit van 14 juni 1999 is haar een speciale bijdrage opgelegd van ƒ 83.301,00 (€ 37.800,35), welke oplegging bij het bestreden besluit is gehandhaafd. Bij het nadere besluit van 16 november 2005 is uiteindelijk een bijdrage opgelegd van
€ 35.013,36. Per saldo is appellant dus gunstiger behandeld, zodat haar beroep op schending van het verbod op reformatio in peius faalt.
5.6 Het vorenstaande doet evenwel niet aan af aan de vaststelling dat verweerder bij de berekening van de hoogte van de speciale bijdrage in het nadere besluit van 16 november 2005 ten onrechte met een tarief van € 138,00 per ton heeft gerekend. Hiermee heeft verweerder naar het oordeel van het College in strijd met het rechtszekerheidsbeginsel gehandeld. Weliswaar heeft verweerder bij het nadere besluit van 16 november 2005 op zichzelf de appellante verschuldigde oud-voor-nieuw verplichtingen terecht berekend in overeenstemming met de uitspraak van het College van 15 oktober 2003 inzake AWB 02/1763, doch in het onderhavige geval had verweerder ten aanzien van appellante moeten rekenen met een tarief van € 84,00 per ton, welk tarief haar kennelijk was toegezegd, hetgeen ondermeer kan worden afgeleid uit de omstandigheid dat dit tarief in het primaire besluit van 14 juni 1999 de basis voor de berekening vormde. Tegen de toepassing van het tarief van € 84,00 per ton waren de bezwaren van appellante ook niet gericht, zodat dit bij het bestreden besluit van 23 december 2003 terecht niet tot wijzigingen heeft geleid. Het stond verweerder niet vrij op dit punt ten nadele van appellante terug te komen bij het primaire besluit van 16 november 2005.
5.7 Gelet op het voorgaande dient het beroep gegrond te worden verklaard en het nadere besluit van 16 november 2005 te worden vernietigd. Verweerder zal opnieuw op het bezwaar van appellante dienen te beslissen met inachtneming van deze uitspraak.
5.8 Het College acht termen aanwezig verweerder met toepassing van artikel 8:75 Awb te veroordelen in de proceskosten aan de zijde van appellante. Deze kosten worden op voet van het bepaalde in het Besluit proceskosten bestuursrecht vastgesteld op € 644,-- (1 punt voor het indienen van het beroepschrift en 1 punt voor het verschijnen ter zitting, met wegingsfactor 1 met een gemiddeld gewicht, ad € 322,-- per punt).