5. De beoordeling van het geschil
5.1 Tussen partijen is niet in geschil en voor het College staat vast dat de "Mariska" segmentsgewijs is vernieuwd. Het oorspronkelijke voor en middenschip zijn immers gesloopt en vervangen door een nieuw voor en middenschip. Op grond van artikel 4 van de Raadsverordening zijn oud-voor-nieuw verplichtingen verschuldigd voor het in de vaart brengen van een nieuw schip, waaronder volgens vaste jurisprudentie van het College moet worden begrepen een schip waarvan een segment is vervangen door een nieuw gedeelte (zie laatstelijk de uitspraak van het College van 13 december 2006 (AWB 04/931, <www.rechtspraak.nl>, LJN: AZ5819)).
5.2 Het College verwerpt het betoog van appellante dat verweerder ten onrechte het toegevoegde laadvermogen van het vernieuwde voor en middenschip van de "Mariska" op 71,992 ton heeft vastgesteld, omdat de "Mariska" na de segmentsgewijze vernieuwing ongeveer vijf meter korter is geworden en dieper is komen liggen, waardoor het gehandhaafde achterschip nu dus meer bijdraagt aan het drijfvermogen van het schip.
Het College overweegt hiertoe dat verweerder bij de berekening van de aan appellante op te leggen oud voor-nieuw verplichtingen de toevoeging van tonnage door verdieping van het achterschip terecht niet van oud voor nieuw verplichtingen heeft vrijgesteld. Slechts wanneer een schip uitsluitend wordt verdiept, en dus in het geheel geen segmentsgewijze vernieuwing plaatsvindt, is onder het regime van de Raadsverordening geen oud voor nieuw verplichtingen verschuldigd (zie laatstelijk de uitspraak van het College van 1 maart 2006 (AWB 04/782, <www.rechtspraak.nl> LJN: AV3666)).
Verweerder heeft zich bij de berekening van het compenserende tonnage mogen baseren op de gegevens, zoals deze zijn neergelegd in de tot hem gerichte brief van 29 januari 2004 van het Hoofd Scheepsmeting. Niet is gebleken dat de berekening op onjuiste uitgangspunten is gebaseerd.
5.3 De grief dat verweerder ten onrechte geen verlaging met 30% heeft toegepast omdat de aan de vloot toegevoegde tonnage minder dan 450 ton bedraagt, faalt. Niet de toegevoegde tonnage is voor de toepassing van artikel 2, tweede lid, van de Commissieverordening, van belang, maar het laadvermogen van het nieuwe of segmentsgewijze vernieuwde schip. (zie de uitspraak van het College van 15 oktober 2003 (AWB 02/1763, <www.rechtspraak.nl>, LJN: AN8972)).
5.4 Met betrekking tot de door verweerder van appellante verlangde accountantsverklaring, waarmee zou moeten worden aangetoond dat in de periode na de hermeting van de "Mariska" (25 januari 2002) tot en met 29 april 2003 het oorspronkelijke laadvermogen van 1.260,117 niet door appellante is overschreden, overweegt het College het volgende.
Het College stelt vast dat appellante de door verweerder verlangde accountantsverklaring niet heeft overgelegd. Appellante heeft volstaan met het bij verweerder indienen van een door HB&G Accountants en Belastingadviseurs B.V. opgesteld 'rapport van bevindingen' betreffende een overzicht van geladen tonnages.
Naar het oordeel van het College heeft verweerder niet in redelijkheid aan het alsnog overleggen van een accountantsverklaring kunnen vasthouden. Gelet op de stukken de brief van 16 december 2004 van HB&G Accountants en Belastingadviseurs B.V. aan verweerder in het bijzonder en het verhandelde ter zitting is voor het College genoegzaam komen vast te staan dat het voor een bedrijf als dat van appellante feitelijk onmogelijk is om de door verweerder verlangde accountantsverklaring te laten opstellen en over te leggen. Verweerder heeft appellante derhalve met een voor haar onuitvoerbare bewijslevering belast.
Op grond van eerdergenoemde brief van 16 december 2004 van HB&G Accountants en Belastingadviseurs B.V. acht het College voldoende aannemelijk geworden dat een accountantsrapportage in de vorm van een 'rapport van bevindingen' in het geval van een kleine onderneming als die van appellante de aangewezen weg is om te voldoen aan hetgeen verweerder van appellante verlangt. Het lag derhalve op de weg van verweerder om in het bestreden besluit gemotiveerd in te gaan op de inhoud van dit 'rapport van bevindingen' en aan te geven waarom, als verweerder dit vindt, het aangeboden bewijs niet slaagt. Nu verweerder dit heeft nagelaten, gaat het bestreden besluit mank aan een motiveringsgebrek.
5.5 Het vorenstaande leidt tot de slotsom dat het beroep gegrond is en dat het bestreden besluit wegens strijd met artikel 7:12 van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb) dient te worden vernietigd. Verweerder zal opnieuw op het bezwaar van appellante dienen te beslissen, met inachtneming van hetgeen in deze uitspraak is overwogen.
5.6 Het College acht termen aanwezig verweerder met toepassing van artikel 8:75 Awb te veroordelen in de proceskosten van appellante. Deze kosten worden op de voet van het bepaalde in het Besluit proceskosten bestuursrecht vastgesteld op € 644,-- (1 punt voor het indienen van het beroepschrift en 1 punt voor het verschijnen ter zitting, met een wegingsfactor 1, ad € 322,-- per punt).