5. De beoordeling van het geschil
5.1 Nu appellantes bezwaar bij besluit van 20 februari 2006 alsnog ontvankelijk is verklaard en enig belang bij een beoordeling van het beroep tegen het oorspronkelijk bestreden besluit van 16 februari 2005 gesteld noch gebleken is, is het beroep in zoverre niet-ontvankelijk.
Met betrekking tot het beroep, dat ingevolge artikel 6:19, eerste lid, van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb) mede is gericht tegen de herziene beslissing op bezwaar van 20 februari 2006, overweegt het College als volgt.
5.2 In de uitspraak van 21 november 2006 inzake AWB 05/316 (<www.rechtspraak.nl>, LJN: AZ3841) heeft het College geoordeeld dat de Raadsverordening ruimte laat voor oplegging van oud-voor-nieuw verplichtingen als tijdens de looptijd ervan met hetzelfde schip nog weer extra laadvermogen aan de binnenvaartvloot wordt toegevoegd. Een andere uitleg zou in het licht van de doelstelling en strekking van de Raadsverordening aan de nuttige werking van deze verordening ernstig afbreuk doen en de saneringsregeling aan effectiviteit doen inboeten. Dat de Raadsverordening op dit punt geen specifieke bepalingen bevat, doet niet af aan de bevoegdheid van verweerder op de naleving van de verplichtingen van de Raadsverordening toe te zien.
Het College wijst er in dit verband op dat verweerder in zijn besluit van 13 juli 1999 inzake de oplegging van oud-voor-nieuw verplichtingen wegens het in de vaart brengen van de ondergeijkte "Amistade", de toenmalige eigenaar van het schip, Scheepvaartbedrijf C en Zonen B.V., reeds in het vooruitzicht heeft gesteld dat bij de opheffing van de onderijking van de "Amistade" alsnog voor het extra laadvermogen oud voor nieuw verplichtingen zullen moeten worden voldaan. Dat ten tijde van de hermeting van de "Amistade" in 2001 het schip niet langer aan Scheepvaartbedrijf C en Zonen B.V. in eigendom toebehoorde, maar aan appellante als opvolgend eigenaar, leidt er niet toe dat appellante voor het aan de markt toevoegen van het extra laadvermogen van oplegging van oud voor nieuw verplichtingen verschoond zou moeten blijven. Ingevolge artikel 4 van de Raadsverordening rust immers op de eigenaar van een schip waarmee laadvermogen aan de binnenvaartvloot wordt toegevoegd de plicht om de verschuldigde oud-voor-nieuw verplichtingen te voldoen.
5.3 Het College verwerpt het betoog van appellante dat haar in verband met de hermeting van de "Amistade" geen oud voor nieuw verplichtingen kunnen worden opgelegd, omdat met betrekking tot dit schip in 1999 al dergelijke verplichtingen zijn opgelegd voor het in de vaart brengen van 5.187 ton laadvermogen, terwijl het laadvermogen van de "Amistade" thans na hermeting, blijkens de meetbrief van 1 juni 2001 (HN 8374), nog slechts 5.164,549 ton bedraagt.
Vast staat immers dat de "Amistade" aanvankelijk is ondergeijkt op een, blijkens de meetbrief met kenmerk HN 7223, laadvermogen van 4.510,072 ton. Nu het laadvermogen van de "Amistade" na opheffing van de onderijking dus 5.164,549 ton bedraagt, heeft verweerder over het na deze hermeting van het schip in de vaart gebrachte extra laadvermogen van 654,447 ton terecht oud voor nieuw verplichtingen berekend en deze aan appellante opgelegd. Verweerder is terecht uitgegaan van de in de verschillende meetbrieven genoemde tonnages. Het motief van appellante om tot opheffing van de onderijking van het schip over te gaan, is niet van belang.
5.4 Ten aanzien van verweerders afwijzing van de door appellante gevorderde schadevergoeding overweegt het College als volgt.
Appellante heeft om aan de door verweerder aanvankelijk te hoog opgelegde oud voor nieuw verplichtingen te voldoen geen speciale bijdrage betaald, maar wel een hoeveelheid van 38,083 ton teveel gesloopt. Hierdoor heeft zij ten hoogste een schade geleden van (38,083 ton x € 120,00 per ton =) € 4.569,96, exclusief wettelijke rente. Echter, eveneens staat vast dat appellante gedurende de periode van 3 augustus 2001 tot 18 februari 2003 het bedrag dat zij per 3 augustus 2001 aan speciale bijdrage verschuldigd was, welk bedrag door verweerder op € 72.254,26 is bepaald, verzuimd heeft tijdig aan de Staat te betalen. De renteschade die de Staat daardoor heeft geleden (€ 8.318,69), is groter dan de door appellante geleden schade, ook indien ten faveure van appellante rekening wordt gehouden met wettelijke rente. Appellante heeft door te laat te betalen een rentevoordeel gehad. Bij deze stand van zaken zijn voor verweerder geen gronden aanwezig om appellantes verzoek om schadevergoeding te honoreren, zodat het verzoek van appellante daartoe terecht is afgewezen.
5.5 Het College kan het betoog van appellante niet onderschrijven dat in het onderhavige geval is gehandeld in strijd met artikel 6 EVRM, omdat niet binnen een redelijke termijn op het bezwaar en het beroep van appellante is beslist.
Het College overweegt hiertoe dat het tijdsverloop tussen het moment van hermeting van de "Amistade" (1 juni 2001) en verweerders primaire besluit (3 augustus 2001) niet als onredelijk lang kan worden aangemerkt. Ditzelfde geldt voor de verstreken tijdsduur tussen het primaire besluit (3 augustus 2001) en het bestreden besluit (16 februari 2005), waarbij het College rekening houdt met het feit dat appellante pas op 18 februari 2003 aan de haar bij het primaire besluit opgelegde oud voor nieuw verplichtingen heeft voldaan en zij door haar handelwijze tussen 3 augustus 2001 en 18 februari 2003 dus alleen maar (rente)voordeel heeft gehad. Ten slotte kan ook de duur van de procedure bij het College, welke met de ontvangst van appellantes beroepschrift op 24 maart 2005 is aangevangen, mede gelet op de procesincidenten daarna, niet als onredelijk lang worden beschouwd.
5.6 Het vorenstaande brengt mee dat de grieven van appellante tegen de oplegging van oud voor-nieuw verplichtingen niet slagen. Het herziene besluit van 20 februari 2006 kan in stand blijven en het daartegen gerichte beroep moet derhalve ongegrond worden verklaard.
5.7 Verweerder heeft pas na het instellen van het beroep inhoudelijk op het bezwaar van appellante beslist. Het College ziet hierin aanleiding verweerder met toepassing van artikel 8:75 Awb te veroordelen in de proceskosten aan de zijde van appellante. Deze kosten worden op voet van het bepaalde in het Besluit proceskosten bestuursrecht vastgesteld op € 644,-- (1 punt voor het indienen van het beroepschrift en 1 punt voor het verschijnen ter zitting, met wegingsfactor 1 met een gemiddeld gewicht, ad € 322, per punt).