5. De beoordeling van het geschil
5.1 In dit geschil staat centraal de vraag of verweerder op goede gronden zijn besluit tot wijziging van de S&O-verklaring voor 2000 heeft gehandhaafd. Het College overweegt dienaangaande als volgt.
5.2 Ingevolge artikel 25 Wva juncto artikel 2 van de Uitvoeringsregeling dient de S&O-inhoudingsplichtige aan wie een S&O-verklaring is afgegeven, een zodanige projectadministratie bij te houden dat daaruit, voor zover hier van belang, de aard en inhoud van het verrichtte speur- en ontwikkelingswerk op eenvoudige en duidelijke wijze zijn af te leiden.
5.3 Het College stelt vast dat verweerder met betrekking tot het project Slowmover-installatie noch in het besluit van 29 december 2004 noch in het bestreden besluit heeft gemotiveerd waarom de administratie met betrekking tot dit project niet voldoet aan de krachtens de wet gestelde eisen. Verweerder heeft ter zitting geen nadere motivering met betrekking tot de intrekking van dit project kunnen geven. Het College is dan ook van oordeel dat verweerder niet op goede gronden tot intrekking van dit project is overgegaan. Het beroep is in zoverre gegrond en het bestreden besluit dient in zoverre wegens strijd met het in 7:12 van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb) neergelegde motiveringsbeginsel te worden vernietigd.
5.4 Met betrekking tot de overige ingetrokken vier projecten is het College met verweerder van oordeel dat uit de – in het procesdossier aanwezige – stukken die appellante tijdens het controlebezoek heeft overgelegd en de bij brief van 24 september 2004 nagezonden stukken de aard en de inhoud van de verrichtte S&O-activiteiten niet kan worden afgeleid. Met betrekking tot deze projecten bevat de projectadministratie geen relevante technische documenten die aan het tijdvak 2000 kunnen worden toegewezen. Summiere schetsen zonder datum zijn hiervoor onvoldoende.
De stukken uit de projectadministratie die appellante pas in beroep heeft overgelegd, dienen bij de beoordeling van het geschil buiten beschouwing te blijven aangezien het bepaalde in artikel 2 van de Uitvoeringsregeling een belemmering vormt deze informatie alsnog in aanmerking te nemen. Op grond van dat artikel had de administratie uiterlijk twee maanden na afloop van het kalenderkwartaal waarin de werkzaamheden zijn uitgevoerd, aanwezig moeten zijn.
Uit het voorgaande volgt dat appellante niet heeft voldaan aan de uit artikel 25 Wva voortvloeiende administratieverplichting, zodat verweerder op grond van artikel 24, zevende lid, Wva in beginsel bevoegd was tot intrekking van de S&O-verklaring.
5.5 Met betrekking tot het betoog van appellante dat de uitkomst van eerdere onderzoeken bij haar het gerechtvaardigd vertrouwen heeft gewekt dat een op gelijke wijze gevoerde projectadministratie voldoet voor de toekenning van de S&O-verklaringen in latere jaren overweegt het College het volgende.
Het College heeft geen aanleiding om de stelling van appellante dat zij haar projectadministratie in de jaren 1999 – 2002 niet anders heeft ingericht dan in de jaren 1996 – 1998 niet te volgen. Het College acht hierbij mede van belang dat de aard van de bedrijfsvoering van appellante niet is veranderd. Het bedrijf is gericht op het vinden van oplossingen. Kenmerkend voor die bedrijfsvoering is dat veel denkwerk wordt verricht en overleg wordt gevoerd om te bezien of te bepalen of bepaalde ideeën überhaupt het stadium van idee kunnen ontstijgen. Senter heeft in de jaren 1996 – 1998 bij bedrijfsbezoeken aan appellante geen aanleiding gezien op- of aanmerkingen met betrekking de gevoerde projectadministratie te maken. Naar het oordeel van het College heeft Senter daardoor bij appellante het specifieke vertrouwen gewekt dat de wijze waarop zij haar projectadministratie had ingericht ook bij volgende controles in orde zou worden bevonden. Aangezien verweerder nadien niet specifiek aan appellante heeft bericht dat hij strengere eisen aan de projectadministratie ging stellen, dient dit vertrouwen door verweerder te worden gehonoreerd. De omstandigheid dat aan de brochures van Senter mogelijk valt te ontlenen dat hetgeen appellante in 1999 – 2002 met betrekking tot dit soort projecten aan administratie voerde niet toereikend zou zijn, doet hieraan niet af. De in deze brochures neergelegde informatie is te weinig specifiek om daaruit te concluderen dat het appellante duidelijk had moeten zijn dat de eisen met betrekking tot de projectadministratie waren aangescherpt. Ook de omstandigheid dat appellante in maart 2001 een mailing van verweerder heeft ontvangen waarin uitdrukkelijk wordt gewezen op het belang van een goede projectadministratie en welke eisen daaraan worden gesteld, leidt niet tot een ander oordeel. Op dat moment waren de werkzaamheden die betrekking hadden op de S&O-verklaring voor 2000 immers al verricht.
Uit het voorgaande volgt dat het bestreden besluit voor zover daarbij de intrekking van de S&O-verklaring voor vijf projecten op de grond dat voor die projecten geen projectadministratie is bijgehouden is gehandhaafd, is genomen in strijd met het vertrouwensbeginsel. Het beroep is derhalve ook in zoverre gegrond en het bestreden besluit dient vernietigd te worden. Verweerder dient opnieuw op het bezwaar te beslissen en de hoogte van de S&O-afdrachtvermindering vast te stellen met inachtneming van deze uitspraak. Daarbij dient derhalve enkel nog een correctie plaats te vinden ter zake van het door van de door mevrouw C verrichte werkzaamheden.
5.6 Gezien de veroordeling van verweerder in de proceskosten in de uitspraak van het College in de zaak met het procedurenummer AWB 05/336 en de omstandigheid dat het met elkaar samenhangende zaken betreft, die gevoegd ter zitting zijn behandeld, ziet het College geen aanleiding om verweerder in deze zaak met toepassing van artikel 8:75, eerste lid, Awb te veroordelen in de proceskosten van appellante.
Vanwege de onderlinge samenhang met de zaak met het procedurenummer AWB 05/336 is van appellante in deze zaak geen griffierecht geheven.