5. De beoordeling van het geschil
5.1 Het College verwerpt het betoog van appellante dat zij mocht verwachten dat de oud-voor-nieuw verhouding, die in april 1999 1,30:1 bedroeg en in april 2003 tot 0:1 is teruggebracht, in oktober 2001 op minder dan 0,9:1 zou zijn vastgesteld. Het College verwijst in dit verband naar paragraaf 5.4 van zijn uitspraak van 25 februari 2005 (AWB 03/1180, www.rechtspraak.nl, LJN: AT1035). Het betoog van appellante dat het voorschrift van artikel 4, tweede lid, tweede alinea, van de Raadsverordening rechtstreeks moet worden toegepast, aangezien de Commissieverordeningen die de in dat artikel genoemde verhouding hebben verlaagd, daarmee strijdig zijn, wordt verworpen. Een rechtstreekse toepassing van de Raadsverordening is niet mogelijk, niet alleen omdat vaststelling van de verhouding in het eerste lid van het artikel door de Commissie wordt voorgeschreven, maar ook omdat de verlaging afhankelijk is van nader te maken keuzes wat betreft de einddatum en de in acht te nemen termijnen. Dat de opeenvolgende Commissieverordeningen in strijd zijn met de Raadsverordening, wordt niet door het College onderschreven. Weliswaar is de eerdergenoemde verhouding niet steeds in exact even grote tussenstappen en in exact dezelfde tijdspannes verlaagd, maar dat is ook niet noodzakelijk. Hetgeen appellante tegen de bovengenoemde uitspraak tijdens de mondelinge behandeling van het onderhavige beroep bij het College naar voren heeft gebracht, met name het betoog van taalkundige aard, brengt het College niet tot een ander oordeel. Het College ziet dan ook geen aanleiding ter zake alsnog prejudiciële vragen te stellen aan het Hof van Justitie van de Europese Gemeenschappen.
5.2 Het vorenstaande brengt mee dat de inhoudelijke bezwaren van appellante tegen de oplegging van oud-voor-nieuw verplichtingen ongegrond zijn. Nu geen grieven zijn aangevoerd tegen de berekening ervan, kan het besluit van 9 november 2004, waarbij de verplichtingen nader zijn vastgesteld, in zoverre in stand blijven. Het beroep, dat ingevolge artikel 6:19 Awb mede tegen laatstgenoemd besluit gericht geacht wordt, is in zoverre ongegrond.
5.3 Wel heeft appellante terecht aangevoerd dat verweerder bij het besluit van 9 november 2004 heeft verzuimd op haar verzoek om schadevergoeding te beslissen. Het beroep is daarom gegrond en het besluit van 9 november 2004 moet worden vernietigd, voor zover niet op het verzoek tot schadevergoeding is beslist.
5.4 Uit het besluit van 9 november 2004 blijkt dat verweerder het bestreden besluit van 7 juli 2004, voorzover het de hoogte van de verschuldigde oud-voor-nieuw bijdragen betreft, niet onverkort handhaaft. Het beroep tegen dit besluit moet gegrond worden verklaard en dit besluit moet, voorzover het de berekening van de oud-voor-nieuw verplichtingen betreft, worden vernietigd.
5.5 Het College kan de zaak zelf afdoen. De schade die appellante stelt te hebben geleden is het renteverlies over het teveel door haar betaalde bedrag van € 10.054,92 over de periode van 27 augustus 2003 tot 26 november 2004. Echter, vast staat dat appellante gedurende de periode van 31 oktober 2001 tot 27 augustus 2003 het bedrag dat zij per 31 oktober 2001 verschuldigd was – welk bedrag uiteindelijk € 160.955,82 blijkt te zijn – verzuimd heeft aan de Staat te betalen. De renteschade die de Staat hierdoor heeft geleden, is groter dan de door appellante geleden renteschade. Appellante heeft, door te laat te betalen, een rentevoordeel gehad. Bij deze stand van zaken had verweerder geen andere beslissing kunnen nemen dan het verzoek tot schadevergoeding af te wijzen. Het College zal zelf in de zaak voorzien en aldus bepalen.
5.6 Overigens zijn er geen gronden om appellante te veroordelen in de schade die de Staat heeft geleden, aangezien de Awb de bestuursrechter niet een daartoe strekkende bevoegdheid heeft toegekend.
5.7 Het College acht termen aanwezig verweerder met toepassing van artikel 8:75 Awb te veroordelen in de proceskosten aan de zijde van appellante. Deze kosten worden op voet van het bepaalde in het Besluit proceskosten bestuursrecht vastgesteld op € 644,-- (1 punt voor het indienen van het beroepschrift en 1 punt voor het verschijnen ter zitting, met wegingsfactor 1 ad € 322,-- per punt).