5. De beoordeling van het geschil
5.1 De grief van appellante dat er geen reden voor oplegging van een speciale bijdrage is, wordt verworpen. Een bijdrage is op grond van artikel 4 van de Raadsverordening verschuldigd voor het in de vaart brengen van een nieuw schip, waaronder moet worden begrepen een schip waarvan een segment is vervangen door een nieuw gedeelte (zie laatstelijk de uitspraak van het College van 20 januari 2006, AWB 04/1150). In het geval van de Roro I is sprake van segmentsgewijze vernieuwing, zodat een bijdrage verschuldigd is. Terecht heeft verweerder de tonnage van de Roro I die kan worden toegerekend aan het oude gedeelte, van de oplegging van een bijdrage uitgezonderd, en heeft hij de bijdrage gebaseerd op de tonnage die behoort bij het nieuwe gedeelte. Dat de totale capaciteit van de Roro I door diverse maatregelen slechts weinig is vergroot, neemt niet weg dat de capaciteit van het nieuwe gedeelte aanzienlijk te noemen is. Over dat gedeelte moet worden betaald. Dat het oude gedeelte is overgegaan naar de Roro II en aldaar niet tot een vergroting van de capaciteit heeft geleid, is geen omstandigheid die dient te leiden tot het geheel of gedeeltelijk afzien van de oplegging van de speciale bijdrage. De enige in artikel 4 van de Raadsverordening genoemde reden om niet of minder te betalen, is de sloop van het oude schip. Van sloop van het vervangen gedeelte is in dit geval geen sprake.
5.2 Zoals hierboven werd overwogen, dient bij een segmentsgewijze vernieuwing de speciale bijdrage te worden gerelateerd aan de capaciteit van het nieuw in de vaart te brengen gedeelte. Het College heeft in de stukken onvoldoende aanknopingspunten gevonden om te oordelen dat de berekening door de Divisie Scheepvaart van de Inspectie Verkeer en Waterstaat onjuist is en dat verweerder zich hier niet op had mogen baseren. Dat aan het "oude" gedeelte in de oude situatie een grotere tonnage kon worden toegerekend dan in de nieuwe situatie, betekent niet dat appellante nu als het ware ook over de tonnage van het oude gedeelte moet betalen. De grondslag voor de berekening van de speciale bijdrage is immers uitsluitend de tonnage die behoort bij het nieuwe gedeelte.
5.3 Het betoog van appellante dat het voorschrift van artikel 4, tweede lid, tweede alinea, van de Raadsverordening rechtstreeks moet worden toegepast, aangezien de Commissieverordeningen die de in dat artikel genoemde verhouding hebben verlaagd, daarmee strijdig zijn, wordt verworpen. Een rechtstreekse toepassing van de Raadsverordening is niet mogelijk, niet alleen omdat vaststelling van de verhouding in het eerste lid van het artikel door de Commissie wordt voorgeschreven, maar ook omdat de verlaging afhankelijk is van nader te maken keuzes wat betreft de einddatum en de in acht te nemen termijnen. Dat de opeenvolgende Commissieverordeningen in strijd zijn met de Raadsverordening, wordt niet door het College onderschreven. Weliswaar is de eerdergenoemde verhouding niet steeds in exact even grote tussenstappen en in exact dezelfde tijdspannes verlaagd, maar dat is ook niet noodzakelijk (vergelijk de uitspraak van het College van 25 februari 2005, AWB 03/1180, www.rechtspraak.nl, LJN AT1035). Naar aanleiding van hetgeen appellante ter zitting heeft betoogd, volstaat het College ermee te verduidelijken dat met name uit de zesde overweging van de preambule van de Raadsverordening blijkt dat de voorwaarden op een soepele wijze naar gelang van de ontwikkelingen op de markt kunnen variëren en dat een geleidelijke afbouw wordt voorzien. Mede gelet op de diverse door het College geciteerde taalversies heeft het College hieruit afgeleid dat de Commissie langs lijnen van geleidelijkheid tot een afbouw van de verhoudingen diende te komen, waarbij rekening kon worden gehouden met ontwikkelingen op de verschillende deelmarkten. Dit is niet verenigbaar met de interpretatie dat de tussenstappen steeds exact even groot moeten zijn en dat de marktdeelnemers zoals appellante op dergelijke tussenstappen mochten vertrouwen (zie de uitspraak van het College van 28 september 2005, AWB 03/1488, LJN AU4002).
5.4 De grief dat verweerder een onjuist tarief heeft toegepast, faalt eveneens. In zijn uitspraak van 15 oktober 2003, AWB 02/1763, LJN AN8972, heeft het College al overwogen dat niet de toegevoegde tonnage voor de toepassing van artikel 2, tweede lid, van de Commissieverordening, van belang is, maar het laadvermogen van het nieuwe of segmentsgewijze vernieuwde schip.
5.5 Uit het voorgaande volgt dat het beroep ongegrond moet worden verklaard.
5.6 Het College acht geen termen aanwezig verweerder met toepassing van artikel 8:75 van de Awb te veroordelen in de proceskosten aan de zijde van appellante.