5. De beoordeling van het geschil
5.1 Het College verwerpt het betoog van appellante dat zij erop mocht vertrouwen dat de oud-voor-nieuw regeling van Verordening (EEG) nr. 1101/89, die op 28 april 1999 afliep, niet door een nieuwe verordening met gelijksoortige verplichtingen zou worden opgevolgd. Het College verwijst hiervoor naar paragraaf 5.2 van zijn uitspraak van 25 februari 2005 (AWB 03/1180, www.rechtspraak.nl, LJN: AT1035).
5.2 Hetzelfde geldt voor het betoog van appellante dat zij mocht verwachten dat de oud-voor-nieuw verhouding in mei 2000 op 0,75:1 zou zijn vastgesteld. Het College verwijst in dit verband naar paragraaf 5.4 van genoemde uitspraak. Hetgeen appellante tegen deze uitspraak tijdens de mondelinge behandeling van de onderhavige beroepen bij het College naar voren heeft gebracht, met name het betoog van taalkundige aard, brengt het College niet tot een ander oordeel. Het College ziet dan ook geen aanleiding ter zake alsnog prejudiciële vragen te stellen aan het Hof van Justitie van de Europese Gemeenschappen.
5.3 Met betrekking tot de stelling van appellante dat geen rechtsgrond bestaat voor de oplegging van de suppletoire speciale bijdrage, overweegt het College het volgende.
Verweerder heeft met zijn besluit van 23 april 2002 niet anders gedaan dan appellante (alsnog) aan te slaan voor het totaalbedrag dat zij reeds bij het in de vaart brengen van de "B" op grond van de communautaire regelgeving aan speciale bijdrage verschuldigd was. Uit de meetbrief van 28 april 2000 blijkt immers dat het maximum laadvermogen van de "B" 2.765,497 ton bedraagt. Bij het besluit van 14 juli 2000 heeft verweerder de aan appellante opgelegde speciale bijdrage daarentegen abusievelijk berekend over een aan de binnenvaartvloot toegevoegd tonnage van 2.566 ton.
Appellante kon redelijkerwijs weten dat de bijdrage onjuist was vastgesteld, nu zij zelf de "B" in de vaart heeft gebracht en verondersteld mag worden dat zij bekend is met de gegevens van de meetbrief. Het besluit van 23 april 2002 is dan ook niet in strijd met het rechtszekerheidsbeginsel. Evenmin staat artikel 7:11 van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb) aan het nemen van dit besluit in de weg. Immers, ook zonder de indiening van het bezwaarschrift was verweerder verplicht tot wijziging van de opgelegde bijdrage ten nadele van appellante, zodra de fout in de berekening was geconstateerd. Het verbod van reformatio in peius is hier niet van toepassing.
5.4 Het vorenstaande brengt mee dat de inhoudelijke bezwaren van appellante tegen de oplegging van oud-voor-nieuw verplichtingen ongegrond zijn. Nu geen grieven zijn aangevoerd tegen de berekening ervan, kan het besluit van 16 november 2005, waarbij de verplichtingen nader zijn vastgesteld, in stand blijven. De beroepen, die ingevolge artikel 6:19 Awb mede tegen laatstgenoemd besluit gericht geacht worden, zijn in zoverre ongegrond.
Wel heeft appellante terecht aangevoerd dat verweerder bij het besluit van 16 november 2005 heeft verzuimd op haar verzoek om schadevergoeding te beslissen. Dat appellante schade heeft geleden wegens de aanvankelijk onjuist berekende oud-voor-nieuw verplichtingen is niet bij voorbaat ondenkbaar. Het beroep slaagt en in zoverre moet het besluit van 16 november 2005 worden vernietigd.
Uit het besluit van 16 november 2005 blijkt dat verweerder de bestreden besluiten van 23 december 2003, voorzover het de hoogte van de verschuldigde oud-voor-nieuw bijdragen betreft, niet onverkort handhaaft. De beroepen tegen deze besluiten moeten gegrond worden verklaard en deze beroepen moeten, voorzover het de berekening van de oud-voor-nieuw verplichtingen betreft, worden vernietigd. Gelet op het in stand gebleven besluit van 16 november 2005 behoeft verweerder niet opnieuw op de bezwaren te beslissen, behalve ten aanzien van de verzochte schadevergoeding.
5.5 Het College acht termen aanwezig verweerder met toepassing van artikel 8:75 Awb te veroordelen in de proceskosten aan de zijde van appellante. Deze kosten worden op voet van het bepaalde in het Besluit proceskosten bestuursrecht vastgesteld op € 644,-- (1 punt voor het indienen van het beroepschrift en 1 punt voor het verschijnen ter zitting, met wegingsfactor 1 in verband met minder dan vier samenhangende zaken met een gemiddeld gewicht, ad € 322,-- per punt).