5. De beoordeling van het geschil
5.1 Het College stelt voorop dat ingevolge artikel 6, aanhef en onder a, Bp 2000 in verbinding met artikel 20, tweede lid, Wp 2000, GS het bevoegde orgaan vormen in het kader van die regelgeving. Dit brengt gelet op artikel 76 Wp 2000 mee dat de bijdrage voor de exploitatie van het onderhavige (CVV-)vervoer door verweerder aan hen wordt verleend.
Uitsluitend de op 31 mei 2001 tussen (de rechtspersonen waartoe) appellanten (behoren) gesloten bestuursovereenkomst maakt, dat Achterhoek jegens Gelderland (en daarmee GS) aanspraak kan maken op de rijksbijdrage als bedoeld in artikel 76 Wp 2000.
Die aanspraak bestaat dan ook niet op verweerder.
Verweerder heeft gelet op het vorenstaande terecht geconcludeerd dat het belang van Achterhoek niet rechtstreeks bij het besluit inzake de te compenseren BTW over de rijksbijdrage 2003 betrokken is en heeft Achterhoek op goede gronden niet-ontvankelijk verklaard in haar daartegen gerichte bezwaar.
Het beroep van Achterhoek is derhalve ongegrond.
5.2 Met betrekking tot het beroep van GS overweegt het College als volgt.
Vaststaat dat op grond van (het ten tijde van belang geldende) artikel 15, tweede lid, van de Regeling uitsluitend de (6%) BTW over de rijksbijdrage als bedoeld in artikel 76 Wp 2000 (waaronder de bijdrage voor CVV) voor vergoeding door verweerder in aanmerking kan komen. Verweerder heeft derhalve terecht besloten dat de BTW die in 2003 is betaald in verband met gemeentelijke bijdragen aan Achterhoek, op grond van de hier toepasselijke regelgeving niet voor vergoeding in aanmerking komt.
Het College begrijpt het beroep van GS aldus, dat zij zich (met Achterhoek) op het standpunt stellen dat verweerder gelet op het door het memo van 28 augustus 2001 opgewekte, gerechtvaardigde, vertrouwen dat invoering van de BTW-plicht budgettair neutraal zou verlopen, bij het bestreden besluit ten onrechte onverkort aan artikel 15 van de Regeling heeft vastgehouden. Dit standpunt faalt.
Ten eerste wijst het College er op dat genoemd memo, mede gezien het daarin vermelde onderwerp 'Btw-verplichting exploitatie OV', uitsluitend betrekking heeft (en gelet op verweerders portefeuille kan hebben) op openbaar vervoer als bedoeld in de Wp 2000 en vervoer dat ingevolge het Bp 2000 daarmee (o.m. voor de rijksbijdrage) op een lijn kan worden gesteld. Door verweerder is gesteld en door GS is niet betwist dat de in geschil zijnde, door verweerder niet vergoede, BTW over 2003 betrekking heeft op in dat jaar aan Achterhoek betaalde gemeentelijke bijdragen in verband met gehandicaptenvervoer. Dergelijk, naar het College aanneemt op de Wet voorzieningen gehandicapten gebaseerd, vervoer is de verantwoordelijkheid van (samenwerkingsverbanden van) gemeenten en verweerder heeft terzake geen (financiële) bemoeienis. Reeds op grond van het vorenstaande hebben GS er naar het oordeel van het College niet gerechtvaardigd op mogen vertrouwen dat het memo van 28 augustus 2001 mede betrekking zou - kunnen - hebben op gehandicaptenvervoer als hiervoor bedoeld.
Hierbij komt dat verweerder terecht heeft aangevoerd dat het memo, evenals overigens verweerders brief van 27 februari 2003, betrekking heeft op de situatie zoals die gold voor de inwerkingtreding van de Wet op het BTW-compensatiefonds, derhalve de jaren 2001 en 2002. Uit de brief van GS aan verweerder van 7 juli 2003 blijkt dat het hun reeds met betrekking tot die jaren duidelijk was - en gezien het vorenoverwogene naar het oordeel van het College ook moest zijn - dat zowel het memo als evengenoemde brief van verweerder uitsluitend betrekking had op BTW over de uit de rijksbijdrage voor openbaar vervoer betaalde subsidie. Zij hebben tegen de dienovereenkomstig door verweerder vastgestelde BTW-compensatie over 2001/2002 dan ook geen rechtsmiddel aangewend.
Pas in hun bezwaar tegen het primaire besluit van 20 augustus 2004, toen inmiddels (ook) in het gewijzigde artikel 15 van de Regeling uitdrukkelijk was bepaald dat slechts de BTW verband houdende met de op grond van de Wp 2000 betaalde rijksbijdrage voor compensatie door verweerder in aanmerking kon komen, hebben GS een beroep gedaan op de inhoud van het memo van 28 augustus 2001. Aangezien gelet op het vorenoverwogene niet valt in te zien dat GS er gerechtvaardigd vanuit mochten gaan dat dit memo (mede) betrekking zou kunnen hebben op ander vervoer dan vervoer, waarvoor verweerder ingevolge de Wp 2000 een rijksbijdrage verstrekt, en evenmin dat het memo van toepassing zou zijn op over 2003 verschuldigde BTW, kan van schending van het vertrouwensbeginsel geen sprake. Ook het beroep van GS faalt derhalve.
5.3 Het College ziet geen aanleiding voor een proceskostenveroordeling op de voet van artikel 8:75 van de Algemene wet bestuursrecht.