5. De beoordeling van het geschil
5.1 In beroep komt appellante uitsluitend op tegen de aan de ontheffing verbonden voorschriften 2, 3, 4, 13 en 14, zodat de omvang van het geschil hiertoe beperkt is.
5.2 Het College deelt niet het standpunt van verweerder dat appellante wegens het ontbreken van procesbelang niet-ontvankelijk moet worden verklaard. De omstandigheid dat appellante bezig is haar bedrijfsvoering te reorganiseren om aan de Regeling te voldoen, welke reorganisatie overigens nog niet is voltooid, is immers het gevolg van het oorspronkelijke besluit van verweerder tot afwijzing van de door appellante gevraagde ontheffing. Daarbij is van belang dat appellante in het kader van haar verzoek om schadevergoeding belang heeft bij een antwoord op de vraag of het thans bestreden besluit rechtmatig is. Dat appellante geweigerd zou hebben haar medewerking te verlenen aan het inzichtelijk maken van haar bedrijfssituatie, betekent, wat daar van zij, ook niet dat zij geen procesbelang meer heeft.
5.3 Evenmin volgt het College verweerder in zijn standpunt dat het beroepschrift geen gronden bevat en om die reden niet-ontvankelijk moet worden verklaard. Hoewel aan verweerder moet worden toegegeven dat de uiteenzetting van appellante in haar brief van 7 oktober 2004 summier is, heeft zij hierin voldoende duidelijk gemaakt dat en waarom zij het niet eens is met de aan de ontheffing verbonden voorschriften, zodat sprake is van gronden als bedoeld in artikel 6:5, eerste lid aanhef en onder d, Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb).
De conclusie is derhalve dat appellante ontvankelijk is in haar beroep, nu van andere beletselen voor de ontvankelijkheid evenmin is gebleken.
5.4 Partijen houdt verdeeld de vraag of verweerder op juiste gronden de voorschriften 2, 3, 4, 13 en 14 aan de ontheffing heeft verbonden.
Voorop moet worden gesteld dat verweerder op grond van artikel 107, derde lid, Gwd aan een ontheffing voorschriften kan verbinden. Niet is gebleken dat de in geschil zijnde voorschriften in strijd zijn met (het doel van) de Regeling.
Verweerder heeft uiteengezet dat het bedrijf van appellante een verhoogd veterinair risico doet ontstaan, omdat appellante door de verleende ontheffing van een ander B-bedrijf biggen mag aanvoeren. Om het veterinaire risico op dit punt te beperken en in overeenstemming te brengen met doel en strekking van de Regeling heeft verweerder in het tweede voorschrift bepaald dat appellante van haar B-bedrijf jaarlijks naar ten hoogste acht andere D-bedrijven varkens mag afvoeren, in plaats van de in artikel 10, tweede lid, Regeling genoemde twaalf (andere) bedrijven. Voorts heeft verweerder ter zitting verklaard dat in incidentele gevallen ontheffing kan worden verleend van het aantal D-bedrijven waarnaar appellante varkens mag afvoeren. Gelet hierop valt niet in te zien dat verweerder dit voorschrift ten onrechte aan de ontheffing heeft verbonden.
Ten aanzien van de voorschriften 3 en 4 overweegt het College dat deze overeenstemmen met de voorschriften zoals door appellante bij haar verzoek om ontheffing voorgesteld, weergegeven in rubriek 2.1 van deze uitspraak, zodat appellante niet wordt gevolgd in haar stelling dat deze voorschriften onredelijk bezwarend voor haar zouden zijn. Ook overigens komen beide voorschriften het College niet onredelijk voor.
Met betrekking tot voorschrift 14 overweegt het College als volgt. Niet valt in te zien waarom verweerder de inwerkingtreding van de ontheffing niet afhankelijk zou mogen stellen van de goedkeuring van het in voorschrift 5 genoemde protocol, tegen welk laatste voorschrift appellante overigens geen beroep heeft ingesteld. Voorts heeft verweerder niet ten onrechte de inwerkingtreding van de ontheffing afhankelijk gesteld van de indiening en goedkeuring van de aanvraag van een ander B-bedrijf om naar het B-bedrijf van appellante biggen te mogen vervoeren. Immers, eerst aan de hand van de gegevens van dat andere bedrijf kan verweerder nagaan of het vanuit veterinair oogpunt bezien verantwoord is dat dat bedrijf biggen vervoert naar het B-bedrijf van appellante.
Aangezien voorschrift 13 accessoir is aan de overige voorschriften en dit voorschrift het College ook overigens niet onredelijk voorkomt, bestaat geen grond voor het oordeel dat verweerder dit voorschrift in redelijkheid niet aan de ontheffing heeft kunnen verbinden.
5.5 Het hiervoor overwogene leidt tot de conclusie dat het beroep ongegrond moet worden verklaard.
Het College acht geen termen aanwezig voor een proceskostenveroordeling met toepassing van artikel 8:75 van de Awb.