2. De beoordeling van het geschil
2.1 In artikel 4, eerste lid, van Verordening (EG) nr. 718/1999 is, kort gezegd, bepaald dat voor het in de vaart brengen van schepen als voorwaarde geldt dat de eigenaar van het in de vaart te brengen schip ofwel tonnage laat slopen, ofwel in een fonds een speciale bijdrage stort.
2.2 Bij besluit van 1 oktober 1999 heeft verweerder aan A B.V. een speciale bijdrage opgelegd voor vrachtduwbak Condor. De berekening van die speciale bijdrage heeft verweerder destijds gebaseerd op een laadvermogen van afgerond 1297 ton. In het besluit van 1 oktober 1999 heeft verweerder, kort samengevat en voorzover hier van belang, overwogen dat de ijkschalen op verzoek van A B.V. lager zijn geplaatst en dat bij een meting conform de internationale ijkovereenkomst van februari 1966 het laadvermogen op een hoger niveau zou worden vastgesteld, maar dat er gelet op het doel en de strekking van Verordening (EG) nr. 718/1999 geen bezwaar is een meetbrief af te geven waardoor minder capaciteit aan de vloot wordt toegevoegd dan bij maximale ijking. Daarbij heeft verweerder overwogen dat ingeval van een toekomstige hermeting van vrachtduwbak Condor, die ertoe leidt dat een hoger laadvermogen wordt vastgesteld, A B.V. alsnog voor dit extra laadvermogen een speciale bijdrage zal dienen te voldoen, die tenminste - bij gelijkwaardig laadvermogen - gelijk zal zijn aan het produkt van het meerdere laadvermogen ten opzichte van 1297 ton en de voor dat laadvermogen geldende speciale bijdrage per ton.
2.3 Verweerder stelt zich op het standpunt dat de - thans in geding zijnde - verplichting om een speciale bijdrage te betalen, gebaseerd op een hoger tonnage dan 1297 ton, rechtstreeks voortvloeit uit het besluit van 1 oktober 1999, aangezien die verplichting daarin onder opschortende voorwaarde is opgenomen. De speciale bijdrage genoemd in de brief van 11 oktober 2002 volgt volgens verweerder uit de hermeting van het laadvermogen van vrachtduwbak Condor op afgerond 2456 ton en is berekend over het laadvermogen van 1159 ton dat in het besluit van 1 oktober 1999 buiten beschouwing is gelaten. Volgens verweerder heeft de brief van 11 oktober 2002 geen rechtsgevolg en is het om die reden geen besluit in de zin van artikel 1:3, eerste lid, Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb). Verweerder heeft in het bestreden besluit het bezwaar daarom niet-ontvankelijk verklaard.
2.4 Het College is met appellante van oordeel dat de brief van 11 oktober 2002 een besluit is in de zin van artikel 1:3, eerste lid, Awb. Het besluit van 1 oktober 1999 heeft tot gevolg gehad dat A B.V. een speciale bijdrage diende te betalen, gebaseerd op een laadvermogen van slechts 1297 ton. De in dat besluit genoemde mogelijkheid van een toekomstige hermeting op basis waarvan een hogere speciale bijdrage zou worden berekend, is dermate onbepaald dat daarin niet de verplichting kan worden gelezen om een concreet bedrag te betalen. Pas in de brief van 11 oktober 2002 heeft verweerder de verplichting geconcretiseerd en de nadere speciale bijdrage vastgesteld, gebaseerd op de hermeting alsmede op een oud-voor-nieuw verhouding welke voortvloeide uit artikel 1 van Verordening (EG) nr. 1532/2000 van de Commissie. Om die reden is het College van oordeel dat de brief van 11 oktober 2002 gericht is op rechtsgevolg en een besluit vormt als bedoeld in artikel 1:3, eerste lid, Awb. Verweerder heeft het bezwaar daarom ten onrechte niet-ontvankelijk verklaard om de reden dat daartegen geen bezwaar open stond. Aldus berust het bestreden besluit in strijd met artikel 7:12, eerste lid, Awb niet op een deugdelijke motivering.
2.5 Uit het voorgaande volgt dat het beroep gegrond is. Het bestreden besluit dient te worden vernietigd. Verweerder zal worden opgedragen opnieuw op het bezwaar van appellante te beslissen.
2.6 Het College acht termen aanwezig verweerder met toepassing van artikel 8:75 Awb in de proceskosten te veroordelen. Deze kosten worden op grond van het Besluit proceskosten bestuursrecht vastgesteld op € 241,50 (1 punt voor het indienen van het beroepschrift en 1 punt voor het verschijnen ter zitting, ad € 322,-- per punt, vermenigvuldigd met 1 (zaak van gemiddeld gewicht) en 1,5 (4 of meer samenhangende zaken); het totaalbedrag van € 966,-- aan proceskosten is vervolgens in vier gelijke delen toegerekend aan de zaken 04/17 tot en met 04/20).