5. De beoordeling van het geschil
5.1 Het College is met appellanten van oordeel dat de brief van 11 oktober 2002 een besluit is in de zin van artikel 1:3, eerste lid, Awb. Het besluit van 28 april 2000 heeft tot gevolg gehad dat appellante sub 1 een speciale bijdrage diende te betalen, gebaseerd op een laadvermogen van slechts 1297 ton. De in dat besluit genoemde mogelijkheid van een toekomstige hermeting op basis waarvan een hogere speciale bijdrage zou worden berekend, is dermate onbepaald dat daarin niet de verplichting kan worden gelezen om een concreet bedrag te betalen. Pas in de brief van 11 oktober 2002 heeft verweerder de verplichting geconcretiseerd en de nadere speciale bijdrage vastgesteld, gebaseerd op de hermeting alsmede op een "oud voor nieuw"-verhouding welke voortvloeide uit artikel 1 van Verordening (EG) nr. 1532/2000 van de Commissie. Om die reden is het College van oordeel dat de brief van 11 oktober 2002 gericht is op rechtsgevolg en een besluit vormt als bedoeld in artikel 1:3, eerste lid, Awb. Verweerder heeft het bezwaar daarom ten onrechte niet-ontvankelijk verklaard om de reden dat daartegen geen bezwaar open stond. Aldus berust het bestreden besluit in strijd met artikel 7:12, eerste lid, Awb niet op een deugdelijke motivering. Het beroep is in zoverre gegrond en het besluit zal in zoverre worden vernietigd; verweerder zal opnieuw op het bezwaar moeten beslissen.
5.2 Vervolgens staat ter toetsing of verweerder het bezwaar tegen het besluit van 28 april 2000 terecht ongegrond heeft verklaard. Het College verwerpt het betoog van appellanten dat erop mocht worden vertrouwd dat de "oud voor nieuw"-regeling van Verordening (EEG) nr. 1101/89, die op 28 april 1999 afliep, niet door een nieuwe verordening met gelijksoortige verplichtingen zou worden opgevolgd. Het College verwijst hiervoor naar paragraaf 5.2 van zijn uitspraak van 25 februari 2005 (AWB 03/1180, www.rechtspraak.nl, LJN AT1035).
5.3 Ook voor de verwerping van het betoog inzake de bevoegdheid van verweerder wordt verwezen naar de genoemde uitspraak, in het bijzonder naar paragraaf 5.3 daarvan.
5.4 Hetzelfde geldt voor het betoog van appellanten dat mocht worden verwacht dat de "oud voor nieuw"-verhouding in mei 2000 op een lager niveau zou zijn vastgesteld. Het College verwijst naar paragraaf 5.4 van de genoemde uitspraak. Naar aanleiding van hetgeen appellante ter zitting heeft betoogd, volstaat het College ermee te verduidelijken dat met name uit de zesde overweging van de preambule van de Raadsverordening blijkt dat de voorwaarden op een soepele wijze naar gelang van de ontwikkelingen op de markt kunnen variëren en dat een geleidelijke afbouw wordt voorzien. Mede gelet op de diverse door het College geciteerde taalversies heeft het College hieruit afgeleid dat de Commissie langs lijnen van geleidelijkheid tot een afbouw van de verhoudingen diende te komen, waarbij rekening kon worden gehouden met ontwikkelingen op de verschillende deelmarkten. Dit is niet verenigbaar met de interpretatie dat de tussenstappen steeds exact even groot moeten zijn en dat de marktdeelnemers zoals appellante op dergelijke tussenstappen mochten vertrouwen.
5.5 De grief dat verweerder coëfficiënten heeft toegepast op tonnages, terwijl deze op de tarieven dienen te worden toegepast, is niet onderbouwd en vindt ook overigens geen steun in de stukken. Deze grief moet daarom worden verworpen.
5.6 Uit het voorgaande volgt dat verweerder het bezwaar tegen het besluit van 28 april 2000 terecht ongegrond heeft verklaard. In zoverre is het beroep derhalve ongegrond.
5.7 Het College acht termen aanwezig verweerder met toepassing van artikel 8:75 van de Awb te veroordelen in de proceskosten aan de zijde van appellanten. Deze kosten worden op voet van het bepaalde in het Besluit proceskosten bestuursrecht vastgesteld op € 322 (1 punt voor het indienen van het beroepschrift en 1 punt voor het verschijnen ter zitting, met een wegingsfactor 1, ad € 322 per punt, vermenigvuldigd met 1 (zaak van gemiddeld gewicht) en nogmaals 1 (minder dan 4 samenhangende zaken); het totaalbedrag van € 644 aan proceskosten is vervolgens in twee gelijke delen toegerekend aan de zaken 03/1488 en 03/1489).
5.8 Appellanten hebben het College verzocht verweerder te veroordelen in de schade die zij als gevolg van de besluiten van verweerder hebben geleden. Of en, zo ja, hoeveel schade appellanten hebben geleden, kan eerst worden beoordeeld nadat verweerder opnieuw op de bezwaren tegen het besluit van 11 oktober 2002 heeft beslist, zodat het verzoek thans moet worden afgewezen.