5. De beoordeling van het geschil
5.1 Het College verwerpt het betoog van appellante dat zij erop mocht vertrouwen dat de oud-voor-nieuwregeling van Verordening (EEG) nr. 1101/89, die op 28 april 1999 afliep, niet door een nieuwe verordening met gelijksoortige verplichtingen zou worden opgevolgd. Het College verwijst hiervoor naar paragraaf 5.2 van zijn uitspraak van 25 februari 2005 (AWB 03/1180, www.rechtspraak.nl, LJN AT1035).
5.2 Ook voor de verwerping van het betoog inzake de bevoegdheid van verweerder wordt verwezen naar de genoemde uitspraak, in het bijzonder naar paragraaf 5.3 daarvan.
5.3 Hetzelfde geldt voor het betoog van appellante dat zij mocht verwachten dat de oud-voor-nieuwverhouding op 8 augustus 2001 op 0,4:1 zou zijn vastgesteld. Het College verwijst naar paragraaf 5.4 van de genoemde uitspraak. Naar aanleiding van hetgeen appellante ter zitting heeft betoogd, volstaat het College ermee te verduidelijken dat met name uit de zesde overweging van de preambule van de Raadsverordening blijkt dat de voorwaarden op een soepele wijze naar gelang van de ontwikkelingen op de markt kunnen variëren en dat een geleidelijke afbouw wordt voorzien. Mede gelet op de diverse door het College geciteerde taalversies heeft het College hieruit afgeleid dat de Commissie langs lijnen van geleidelijkheid tot een afbouw van de verhoudingen diende te komen, waarbij rekening kon worden gehouden met ontwikkelingen op de verschillende deelmarkten. Dit is niet verenigbaar met de interpretatie dat de tussenstappen steeds exact even groot moeten zijn en dat de marktdeelnemers zoals appellante op dergelijke tussenstappen mochten vertrouwen.
5.4 Appellante heeft tevergeefs aangevoerd dat verweerder de compensatiewaardes van de gesloopte schepen anders zou moeten berekenen dan hij in het besluit van 18 november 2004 heeft gedaan. Wat betreft de "C" heeft verweerder er terecht op gewezen dat aan de betreffende mededeling in een brief van verweerder, anders dan aan een besluit in de zin van artikel 1:3 van de Algemene wet bestuursrecht (Awb), geen doorslaggevende waarde kan worden toegekend. De berekening van verweerder ten aanzien van de gesloopte tonnages van de "C" en de andere twee schepen is overeenkomstig hetgeen de Commissieverordening bepaalt (zie de uitspraak van het College van 15 oktober 2003, AWB 02/1763, LJN: AN8972).
5.5 Het vorenstaande brengt mee dat de inhoudelijke bezwaren van appellante tegen de oplegging van oud-voor-nieuwverplichtingen ongegrond zijn en dat het besluit van 18 november 2004, waarbij de verplichtingen nader zijn vastgesteld, in stand kan blijven. Het beroep, dat ingevolge artikel 6:19 van de Awb mede tegen laatstgenoemd besluit gericht geacht wordt, dient in zoverre ongegrond te worden verklaard.
5.6 Uit het besluit van 18 november 2004 blijkt dat verweerder het bestreden besluit van 13 juli 2004 niet langer onverkort handhaaft. Het beroep tegen dat besluit moet derhalve gegrond worden verklaard en dat besluit moet worden vernietigd, nu appellante stelt daarbij belang te hebben aangezien zij als gevolg van dat besluit schade heeft geleden, hetgeen niet onaannemelijk is. Gelet op het in stand gebleven besluit van 18 november 2004 behoeft verweerder niet opnieuw op het bezwaar te beslissen.
5.7 Het College acht termen aanwezig verweerder met toepassing van artikel 8:75 van de Awb te veroordelen in de proceskosten aan de zijde van appellante. Deze kosten worden op voet van het bepaalde in het Besluit proceskosten bestuursrecht vastgesteld op € 644 (1 punt voor het indienen van het beroepschrift en 1 punt voor het verschijnen ter zitting, met een wegingsfactor 1, ad € 322 per punt).
5.8 Appellante heeft het College verzocht verweerder te veroordelen in de schade die zij als gevolg van het vernietigde besluit van 13 juli 2004 heeft geleden. Het College kan de omvang van deze schade, die er vermoedelijk met name in bestaat dat appellante meer tonnage met het oog op de sloop heeft aangekocht dan zij zou hebben gedaan wanneer de oud-voor-nieuwverplichtingen aanstonds op de juiste wijze waren vastgesteld, thans niet vaststellen. Ter voorbereiding van een nadere uitspraak daarover zal het College, met toepassing van het bepaalde in artikel 8:73, tweede lid, van de Awb, het onderzoek heropenen. Daarbij zullen partijen eerst gedurende enige tijd in de gelegenheid worden gesteld in onderling overleg tot een oplossing van dit geschil te geraken. Tenzij het geschil op die wijze kan worden opgelost en het verzoek derhalve wordt ingetrokken, zal de behandeling plaatsvinden op een nader op verzoek van de meest gerede partij te bepalen zitting van het College.