5. De beoordeling van het geschil
5.1 Verweerder heeft het beroep van appellante om toepassing van categorie 14c (artikel 16 Bhv) afgewezen op de door appellante niet bestreden grond dat de milieuvergunning van 24 maart 1998 niet ziet op een omschakeling van vleesvarkens naar fokzeugen. Er is geen plaats voor het oordeel dat verweerder hiermee een onjuiste toepassing heeft gegeven aan artikel 16 Bhv.
5.2 Om in aanmerking te komen voor toepassing van de categorieën 14 a, 14 d en 19 Bhv, van het Besluit is ingevolge artikel 9, 23, tweede en vierde lid, Bhv in de eerste plaats vereist dat na 1992 en vóór 10 juli 1997, dat wil dus zeggen: uiterlijk op 9 juli 1997, een aanvraag om een milieuvergunning is ingediend. Tussen partijen is in geschil of aan dit vereiste is voldaan.
5.3 Volgens verweerder is de aanvraag om de milieuvergunning door appellante ingediend op 6 november 1997, zijnde de datum die op de beschikking van de gemeente Lelystad van 24 maart 1998 tot verlening van de milieuvergunning is vermeld als ontvangstdatum. Onder verwijzing naar de na de behandeling ter zitting van 13 juli 2004 overgelegde stukken, stelt appellante zich op het standpunt dat de aanvraag is ingediend op een datum gelegen vóór 10 juli 1997. Dienaangaande overweegt het College het volgende.
5.2 Het College acht het niet onjuist dat verweerder voor het bepalen van de datum waarop in gevallen als het onderhavige een milieuvergunningsaanvraag is ingediend, in beginsel uitgaat van een door het bevoegd gezag in een officieel stuk, zoals in dit geval de verleende vergunning vermelde datum. Verweerder moet immers aan de hand van objectief controleerbare gegevens kunnen nagaan op welke datum de aanvraag is ingediend. Dit beginsel lijdt uitzondering in die gevallen waarin betrokkene kan aantonen dat de aanvraag is ingediend op een andere datum dan die door het bevoegd gezag in officiële stukken is vermeld.
5.4 Vast staat dat op de verleende milieuvergunning de indieningsdatum van 6 november 1998 is vermeld. Uitgaande van die datum, waarvan verweerder, bij gebreke van andere objectief controleerbare gegevens, in beginsel mocht uitgaan, is niet voldaan aan het vereiste dat vóór 10 juli 1997 een aanvraag om een milieuvergunning is ingediend.
5.5 Vervolgens moet worden beoordeeld of appellante er in is geslaagd aan te tonen dat haar milieuvergunningaanvraag is ingediend vóór 10 juli 1997. Verweerder heeft in de door appellante bij brief van 7 oktober 2004 nader ingediende stukken onvoldoende aanleiding gevonden om bij de beoordeling van het verzoek van appellante om toepassing van de meergenoemde hardheidscategorieën van een datum gelegen vóór 10 juli 1998 uit te gaan. Naar het oordeel van het College niet ten onrechte, aangezien uit geen van de overgelegde stukken blijkt appellante vóór 10 juli 1997 anders dan bij wijze van vooroverleg met de gemeente Lelystad in contact is getreden. Uit de overgelegde stukken blijkt met name niet dat vóór de datum van 10 juli 1997 daadwerkelijk een aanvraag om een milieuvergunning als bedoeld in het Bhv heeft ingediend. Het College heeft daarbij in aanmerking genomen dat de tekening van I die appellante als een op rechtsgevolg gerichte aanvraag aangemerkt wil zien, niet is voorzien van een door de gemeente C aangebracht ontvangstbewijs zodat niet op basis van objectief verifieerbare gegevens kan worden vastgesteld dat deze tekening - nog daargelaten of zij als (onvolledige) aanvraag kan worden aangemerkt - voor 10 juli 1997 bij de gemeente C is ingediend.
5.6 De slotsom moet zijn dat verweerder in de gegeven omstandigheden gehouden was het verzoek van appellante af te wijzen.
5.7 Gelet op het vorenstaande dient het beroep van appellante ongegrond te worden verklaard. Voor een proceskostenveroordeling bestaat geen aanleiding.