5. De beoordeling van het geschil
5.1 Omtrent de door appellanten naar voren gebrachte procedurele kwesties overweegt het College als volgt. Niet kan worden ingezien dat verweerder verplicht was om in het bestreden besluit in te gaan op stukken die door hem na de hoorzitting in bezwaar waren ontvangen. De Awb beperkt immers in artikel 7:4, eerste lid, de termijn voor het indienen van nadere stukken tot tien dagen voor het horen.
Voor zover appellanten met deze grief beogen van het College een oordeel te verkrijgen over de genoemde bezwaren, wordt het volgende overwogen. Ten aanzien van de bevoegdheid van verweerder geldt dat artikel 4 van de Wet capaciteitsbeheersing binnenvaartvloot, waarin deze bevoegdheid is toegekend, blijkens artikel 14 van de Wet op 23 november 2001 in werking is getreden en terugwerkt tot en met 29 april 1999. Daarmee staat vast dat verweerder bevoegd was tot het nemen van het primaire besluit van 18 november 1999. Deze grief treft derhalve geen doel.
Wat betreft de toepassing van de Commissieverordening zoals deze luidde ten tijde van de beslissing op het bezwaar verwijst het College naar zijn overwegingen in de uitspraak van 15 oktober 2003 (AWB 02/1763, LJN: AN8972). Verweerder heeft derhalve de juiste tekst van de Commissieverordening toegepast.
Het gelijkheidsbeginsel tenslotte komt hierna onder 5.3 aan de orde.
5.2 Het College vat het standpunt van verweerder met betrekking tot de ingebrachte bezwaren inzake de wettigheid van de in geding zijnde Verordeningen aldus op dat er geen taak voor de administratie is om de geldigheid van Verordeningen te beoordelen, zeker niet wanneer de termijn voor de lidstaat Nederland om bij het Hof van Justitie van de Europese Gemeenschappen de onwettigheid van de Verordeningen in te roepen, is verstreken. Het College kan dit standpunt niet voor onjuist houden. Dit laat onverlet dat het een belanghebbende vrij staat de exceptie van onwettigheid in een beroepsprocedure aan de nationale rechter voor te leggen, die de mogelijkheid heeft ter zake een prejudiciële vraag aan het Hof van Justitie te stellen.
Het College verwerpt evenwel het betoog van appellanten dat zij erop mochten vertrouwen dat de oud-voor-nieuwregeling van Verordening (EEG) nr. 1101/89, die op 28 april 1999 afliep, niet door een nieuwe verordening met gelijksoortige verplichtingen zou worden opgevolgd. Het College overweegt daartoe allereerst dat met Verordening (EEG) nr. 1101/89 een sanering van de binnenvaartvloten werd beoogd. Het lag weinig voor de hand dat, na afloop van de saneringsperiode van tien jaren, de markt in één keer geheel vrij zou worden gegeven, aangezien het daarvan te verwachten gevolg zou zijn dat de sanering binnen korte tijd weer ongedaan zou zijn gemaakt. Bovendien zou dan een tamelijk willekeurig onderscheid ontstaan tussen degenen die vlak voor het aflopen van de oude verordening een schip in de vaart zouden brengen (zij zouden nog aanzienlijke verplichtingen opgelegd krijgen) en degenen die dat vlak erna zouden doen (zij zouden geen enkele verplichting opgelegd krijgen).
Het enkele feit dat de oude verordening afliep en zelf niet meer verlengd kon worden (omdat de verordening, die oorspronkelijk voor vijf jaren gold, zelf slechts de mogelijkheid van één verlenging met vijf jaren kende, van welke mogelijkheid in 1994 al gebruik was gemaakt), brengt nog niet mee dat marktpartijen ervan konden uitgaan dat de Raad niet een nieuwe verordening over hetzelfde onderwerp zou vaststellen. Het rechtszekerheidsbeginsel strekt niet zover dat het de wetgever verhindert een aflopende regeling te doen opvolgen door een nieuwe regeling die dezelfde of nagenoeg dezelfde materie behelst.
5.3 Ter zitting is gebleken dat verweerder bij brief van 30 juli 2002 de door hem met de advocaat van appellanten gemaakte afspraak heeft bevestigd, dat een ieder die (alsnog) via de sloop van tonnage aan zijn oud-voor-nieuwverplichtingen wenste te voldoen, daartoe in de gelegenheid wordt gesteld. Anders dan anderen zijn appellanten daartoe echter niet in de gelegenheid gesteld, aangezien zij zelf in 1999 al de keus hadden gemaakt om de speciale bijdrage te betalen en deze betaling ook al daadwerkelijk hadden verricht.
Het College is van oordeel dat verweerder daarmee niet in strijd heeft gehandeld met het gelijkheidsbeginsel. Appellanten onderscheiden zich van de personen die de mogelijkheid hebben gekregen alsnog scheepstonnage te slopen doordat zij zelf reeds de keuze voor het betalen van een bijdrage hadden gemaakt en al geheel aan hun oud-voor-nieuwverplichtingen hadden voldaan. Verweerder was daarom niet gehouden hen in de gelegenheid te stellen gebruik te maken van een regeling die was bedoeld voor belanghebbenden die nog niet aan hun verplichtingen hadden voldaan.
5.4 Het College verwerpt eveneens het betoog dat verweerder zich niet zou mogen beroepen op de formele rechtskracht van het besluit van 20 juli 1999. In dat besluit, waartegen geen bezwaar is gemaakt, zijn de oud-voor-nieuwverplichtingen vastgesteld voor het in de vaart brengen van het motorvrachtschip "Bankert", waarbij rekening is gehouden met een compensatiewaarde van zeven gesloopte motorvrachtschepen. De manier waarop dat is gebeurd, kan thans niet meer ter discussie worden gesteld. In rechte moet er daarom van worden uitgegaan dat het resterende aantal compensatietonnen juist is vastgesteld. Bij zijn besluit van 25 november 2004 mocht verweerder hiervan uitgaan.
5.5 Het vorenstaande brengt mee dat de inhoudelijke bezwaren van appellanten tegen de oplegging van oud-voor-nieuwverplichtingen ongegrond zijn en dat het besluit van 25 november 2004, waarbij de verplichtingen nader zijn vastgesteld, in stand kan blijven. Het beroep, dat ingevolge artikel 6:19 van de Awb mede tegen laatstgenoemd besluit gericht geacht wordt, dient in zoverre ongegrond te worden verklaard.
5.6 Uit het besluit van 25 november 2004 blijkt dat verweerder het bestreden besluit van 19 maart 2003 niet langer onverkort handhaaft. Het beroep tegen dat besluit moet derhalve gegrond worden verklaard en dat besluit moet worden vernietigd, nu appellanten stellen daarbij belang te hebben aangezien zij als gevolg van dat besluit schade hebben geleden, hetgeen niet onaannemelijk is. Gelet op het in stand gebleven besluit van 25 november 2004 behoeft verweerder niet opnieuw op het bezwaar te beslissen.
5.7 Het College acht termen aanwezig verweerder met toepassing van artikel 8:75 van de Awb te veroordelen in de proceskosten aan de zijde van appellanten. Deze kosten worden op voet van het bepaalde in het Besluit proceskosten bestuursrecht vastgesteld op € 644 (1 punt voor het indienen van het beroepschrift en 1 punt voor het verschijnen ter zitting, met een wegingsfactor 1, ad € 322 per punt).
5.8 Appellanten hebben het College verzocht verweerder te veroordelen in de schade die zij als gevolg van het vernietigde besluit van 19 maart 2003 hebben geleden. Het College kan deze schade direct vaststellen. In deze procedure is komen vast te staan dat appellante sub 1 een bedrag van € 37.774,48 achteraf gezien onverschuldigd heeft betaald. Verweerder zal worden veroordeeld dit bedrag, vermeerderd met de wettelijke rente vanaf 25 november 1999, aan appellante sub 1 te betalen. Van andere schade noch van schade van appellante sub 2 is gebleken.
Een en ander leidt tot de volgende beslissing.