5. De beoordeling van het geschil
5.1 Het College overweegt allereerst dat verweerder appellante sub 2 terecht en op goede gronden niet-ontvankelijk heeft verklaard in haar bezwaar.
Naar uit de tenaamstelling blijkt is de GMP-erkenning die bij voornoemd besluit werd opgeschort, immers slechts aan appellante sub 1 verleend. Appellante sub 2 wordt door de opschorting van een erkenning van een andere rechtspersoon niet rechtstreeks in haar belangen getroffen. Zelfs indien, zoals is aangevoerd, sprake is van een verregaande verbondenheid tussen de activiteiten van appellante sub 2 en appellante sub 1, is dat niet anders. Ook in dat geval is immers ten hoogste sprake van een afgeleid belang. Ook de in het "Profiel" van de verklaring van uitgifte opgenomen opmerkingen doen niet af aan de constatering dat de erkenning slechts aan appellante sub 1 is verleend.
Voor zover appellante sub 2 van oordeel is dat het besluit van 6 januari 2003 ten onrechte niet tevens háár erkenning inhoudt, kan slechts worden vastgesteld dat dit besluit in deze procedure niet ter beoordeling staat. Het heeft inmiddels formele rechtskracht verkregen zodat het College in zijn beoordeling van het beroep tegen het besluit van 3 juni 2003 dient uit te gaan van de juistheid van het besluit van 6 januari 2003.
5.2 Het College overweegt voorts dat verweerder terecht heeft vastgesteld dat het GMP-handboek van appellante sub 1 ten tijde van de controle op 11 februari 2003 niet voldeed aan de eisen die in de GMP-regelgeving werden gesteld. Gelet op de duidelijke tekst en strekking van artikel 4.6.1 van bijlage V kon appellante sub 1 niet in haar GMP-handboek opnemen dat voor buitenlandse leveranciers het beschikken over een ISO-certificering volstond. Het is niet aan een individuele deelnemer aan de GMP-regeling om te bepalen dat een bepaalde, niet in de GMP-regeling opgenomen certificering in betekenis gelijk is te stellen aan een GMP-erkenning en dus evenzeer voldoende is.
Dat het GMP-handboek van appellante sub 1 in het kader van de procedure tot het verkrijgen van de erkenning is beoordeeld en goedgekeurd, maakt niet dat op een later tijdstip vastgestelde onjuistheden niet zouden behoeven te worden aangepast.
De opschorting van de erkenning is met name gebaseerd, zo begrijpt het College het bestreden besluit, op de omstandigheid dat appellante sub 1 na op 11 februari 2003 te zijn gewezen op de onjuistheid in haar GMP-handboek, heeft volhard in haar standpunt dat het handboek correspondeert met de GMP-regeling en heeft geweigerd tot aanpassing van het handboek over te gaan. Onder deze omstandigheden heeft verweerder van zijn bevoegdheid gebruik kunnen maken om de erkenning op te schorten. Nadat appellante sub 1 haar handboek alsnog heeft gewijzigd en deze wijziging namens verweerder was geverifieerd, is bij besluit van 1 mei 2003 opnieuw een erkenning verleend.
5.3 De omstandigheid dat de opschorting van de GMP-erkenning voor de verrichtingen MH, TV en HACCP, door de voorzieningenrechter bij uitspraak van 14 maart 2004 is geschorst, doet op zichzelf niet af aan het belang dat appellante sub 1 heeft bij de beoordeling van de onrechtmatigheid van deze opschorting. Verweerder heeft dan ook ten onrechte geoordeeld dat appellante sub 1 door de schorsing van de opschorting geen belang meer zou hebben bij deze beoordeling.
Verweerder heeft echter, gelet op hetgeen het College hierna zal overwegen, in de loop van de procedure voldoende aannemelijk gemaakt dat opschorting van de volledige erkenning gerechtvaardigd was. In dit licht zal het College de aan het bestreden besluit klevende tekortkoming passeren.
5.4 Appellante sub 1 heeft gesteld dat opschorting van de GH-erkenning niet kan leiden tot opschorting van de overige erkenningen, waarbij geen tekortkomingen zijn geconstateerd.
Het College overweegt dienaangaande allereerst dat, gelijk ten verweer is aangevoerd, blijkens de tekst van de Verordening en het besluit tot het verlenen van de erkenning, geen sprake is van verschillende erkenningen, doch slechts van één erkenning, die verschillende verrichtingen bestrijkt.
Verweerder heeft voorts in de loop van deze procedure voldoende duidelijk en aannemelijk gemaakt dat een systeem waarin een erkenning voor bepaalde verrichtingen kan worden opgeschort, maar tegelijkertijd voor andere verrichtingen zijn werking behoudt, in strijd is met doel en strekking van de GMP-regeling. Een gedeeltelijke opschorting zou immers ten gevolg hebben dat een producent het na een erkenning verstrekte kwaliteitslogo onverkort zou mogen blijven voeren, terwijl de daarmee bedoelde kwaliteitsgarantie voor de afnemers in de handelsketen in feite niet alle onder de GMP-regeling vallende verrichtingen dekt. Afnemers zouden dan ook niet langer op de GMP-status kunnen afgaan en de GMP-regeling zou aldus haar doel missen. Het algemene belang dat is gediend bij een goed en naar de afnemers in de handelsketen duidelijk functioneren van de GMP-regeling, dient naar het oordeel van het College zwaarder te wegen dan het belang van appellante sub 1 bij het behouden van haar erkenning voor de verrichtingen MH, TV en HACCP. Het College vermag dan ook niet in te zien dat de wijze waarop verweerder de Verordening toepast bij erkenning, opschorting en intrekking onevenredig of anderszins onrechtmatig zou zijn.
5.4 Op grond van vorenstaande overwegingen dient het beroep ongegrond te worden verklaard.
Hieruit volgt dat er geen aanleiding bestaat verweerder te veroordelen tot vergoeding van de geleden schade.
Het College acht geen termen aanwezig voor een proceskostenveroordeling met toepassing van artikel 8:75 van de Algemene wet bestuursrecht.